Λόγω του Κριμαϊκού πολέμου (1854), διαλύθηκε η πρώτη ρωσική αποστολή στα Ιεροσόλυμα. Το συνέδριο των Παρισιών (1856) δεν θεώρησε τη Ρωσία προστάτρια των Ορθοδόξων. Για την αποκατάσταση του κύρους και της επιρροής της Ρωσίας στην Ανατολή αποφασίστηκε από τον Τσάρο Αλέξανδρο Β΄ η επανίδρυση της ρωσικής αποστολής το 1857. Η προσοχή αυτή τη φορά έπρεπε να στραφεί προς την Αραβική εθνότητα, όχι όμως μέσω του ελληνικού πρίσματος. Ζητήθηκε η άδεια για την Ίδρυση από τις Οθωμανικές αρχές, χωρίς κανόνες της εκκλησίας.
Αφού παραμερίστηκε ο Πορφύριος Ουσπένσκι, ορίστηκε ως αρχηγός της αποστολής ο Αρχιεπίσκοπος Μελιτουπόλεως Κύριλλος. Αυτός έλαβε οδηγίες να μην προβαίνει σε τίποτα χωρίς τη γνώμη του ρώσου προξένου, να τελεί μεγαλοπρεπείς ακολουθίες στα προσκυνήματα, να τελειοποιήσει τα ελληνικά και αραβικά σχολεία, να ιδρύσει βιβλιοθήκη, να συστήσει νοσοκομείο στη Μονή του Σταυρού, να επεκτείνει τη δράση του στα γειτονικά πατριαρχεία Αλεξάνδρειας και Αντιοχείας, να επιδιώξει καλές σχέσεις με τις μονοφυσιτικές εκκλησίες της Ανατολής, να μεριμνήσει για την «καταρέουσαν μονή του Σινά» να ιδρύσει σχολή για την προσέλευση των «βεδουΐνων» στο χριστιανισμό, να φροντίσει για τη διατήρηση του προσκυνηματικού καθεστώτος, και τη συμμετοχή των Λατίνων στην ανοικοδόμηση του θόλου του Ναού της Αναστάσεως.
Διαπιστώνει κανείς από τις Οδηγίες ότι η ρωσική αποστολή επρόκειτο να είναι ένα είδος πολιτικού σωματείου με εξάρτηση από τη ρωσική πολιτεία και όχι την εκκλησία. Ο Ιεροσολύμων Κύριλλος, ευρισκόμενος τότε στην Κωνσταντινούπολη, απέφυγε να θίξει την παράλειψη ζήτησης κανονικής, κατά τη συνάντηση του εκεί με τον Κύριλλο Ναούμωφ, ο οποίος εγκαταστάθηκε τελικά στη Μονή των Αρχαγγέλων το 1858. Λίγο μετά ιδρύθηκε ιδιαίτερη «Παλαιστινιακή Επειτροπή» για αγορά γαιών στην Παλαιστίνη.
Ύστερα από περιήγηση δύο μηνών στην Παλαιστίνη και Συρία κατέληξε ο Κύριλλος Ναούμωφ στα συμπεράσματα ότι το μίσος των αράβων και των βουλγάρων κατά των Ελλήνων είναι κοινό και ότι η ρωσική επιρροή απ’ αυτού έπρεπε να διατηρηθεί. Ότι τα πατριαρχεία Αλεξανδρείας, Αντιοχείας και Ιεροσολύμων πρέπει να αφαιρεθούν από τους Έλληνες. Σ’ αυτούς πρέπει να αφεθεί για λόγους ιστορικούς το πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως, αποδυναμωμένο όμως με την ανεξαρτησία των βουλγάρων και την οικονομική εξάρτησή τους από τη Ρωσία.
Ταυτόχρονα επεξέτεινε τη δράση του προς τις μονοφυσιτικές ανατολικές εκκλησίες. Σύντομα όμως ήρθε σε σύγκρουση με το πρόσφατο ιδρυθέν στην Ιερουσαλήμ ρωσικό προξενείο. Ο ρώσος πρόξενο ζήτησε την ανάκλησή του στη Ρωσία. εκείνος ζήτησε να δικαστεί προηγουμένως από τους ορθοδόξους πατριάρχες και επισκόπους της Ανατολής, τελικά όμως ανακλήθηκε και πέθανε εξόριστος σε μοναστήρι το 1886.
Διάδοχός του διορίστηκε, αφού παραγκωνίστηκε και πάλι ο Πορφύριος Ουσπένσκη ο Αρχιμανδρίτης Λεωνίδας, χωρίς όμως ικανότητες για μία τέτοια αποστολή. Ο τότε πρέσβεις Κωνσταντινουπόλεως Ιγνάτιεφ ζήτησε την κατάργηση της ρωσικής αποστολής για να έχει ελεύθερο πεδίο δράσης στα εκκλησιαστικά ζητήματα. Με ενέργειες του συμφώνησαν η Ρωσία και η Γαλλία για την από κοινού ανακαίνιση του θόλου του Ναού της Αναστάσεως, χωρίς μ’ αυτό να διαταράσονται τα δικαιώματα πού κατοχυρώνει το status quo. Ο Ιγνάτιεφ επέβαλε το σχέδιο του Ρώσου αρχιτέκτονα. Όταν οι Λατίνοι αντιλήφθηκαν το λάθος της ανάμειξης της Ρωσίας στην ανοικοδόμηση, ήταν αργά.
Εν τω μεταξύ η κακή διαγωγή του Αρχιμανδρίτη Λεωνίδα ανάγκασε τον Ιεροσολύμων Κύριλλο να ζητήσει την ανάκλησή του. Η ρωσική εκκλησία εξέλαβε την πράξη αυτή ως προσβολή και απαίτησε να ζητήσει συγνώμη ο πατριάρχης από τη ρωσική σύνοδο. Ύστερα από πολλές αρνήσεις και πιέσεις βρέθηκε τρόπος να γράψει ο πατριάρχης σχετική επιστολή, οπότε ανακλήθηκε ο Λεωνίδας και διορίστηκε στη θέση του ο Αντώνιος Καπούστην.
Υπό την ιδιότητα του αυτή συνέχισε τη γραμμή του Ουσπένσκι και του Κυρίλλου. Ο τρόπος όμως της ζωής του τον έφερε σε προστριβές με το ρωσικό προξενείο των Ιεροσολύμων. Για τον περιορισμό του χρησιμοποιήθηκε «ένοπλος δύναμις καβάσιδων». Για τη στηλίτευση της ζωής του γράφτηκε και μυθιστόρημα με τον τίτλο «Πέις Πασά». Σώθηκε με την προστασία της Τσαρίνας Μαρίας, μητέρας του τσάρου Αλεξάνδρου Γ΄ και με την υποστήριξη του Ιγνάτιεφ, ο οποίος από την Κωνσταντινούπολη αναμειγνυόταν και στο σιναϊτικό ζήτημα και τελικά αφαίρεσε τον περίφημο σιναϊτικό κώδικα της αγίας Γραφής από το Σινά.
Το 1869 περατώθηκαν οι εργασίες του θόλου του Ναού της Αναστάσεως και παραδόθηκαν τα κλειδιά του από το Γάλλο πρόξενο στο διοικητή των Ιεροσολύμων, ο οποίος μπροστά στο Ρώσο πρόξενο τα παρέδωσε στον πατριάρχη Ιεροσολύμων. Από τότε έμεινε στους ορθοδόξους το δικαίωμα του καθορισμού του θόλου του Ναού της Αναστάσεως . Έτσι τηρήθηκε το status quo των προσκυνημάτων.
Το 1869 παραχωρήθηκε στον αυτοκράτορα Φραγκίσκο της Αυστρίας, πού επισκέφτηκε τους Αγίους Τόπους, ο οίκος του Ιωακείμ και της Άννης, τόπος γεννήσεως της Θεοτόκου. Ταυτόχρονα σχεδόν ήρθε στα Ιεροσόλυμα ο διάδοχος της Πρωσσίας, Φρειδερίκος, στον οποίο παραχωρήθηκε μέρος του τόπου Maristan στα ερείπια του αρχαίου ξενώνα της Ευδοκίας, πλησίον του ναού της Αναστάσεως. Σ’ αυτό τον τόπο ιδρύθηκε αργότερα μεγαλοπρεπείς προτεσταντικός ναός του Σωτήρα, πού εγκαινιάστηκε από τον αυτοκράτορα της Γερμανίας.
Απέναντι του ναού αυτού απόκτησε τμήμα γης ο Αντώνιος, στον οποίο διεξήχθηκαν ανασκαφές και βρέθηκαν τμήμα του αρχαίου τείχους των Ιεροσολύμων και υπολείμματα των Κωνσταντινείων ναών. Στον ίδιο τόπο εγκαθιδρύθηκε αργότερα η «ρωσική παλαιστίνιος εταιρεία». Ο Αντώνιος επεξέτεινε τη δράση του για αγορά ιστορικών και αρχαιολογικών χωρών στην παλαιστίνη όπως είναι ο χώρος παρά τη Δρύ του Μαμβρύ στη Χεβρώνα. Τη δράση του Αντωνίου χαρακτήριζε ο Ιγνάτιεφ «ειρηνικό-μυστικό-αρπακτικήν».
Με τη δεύτερη ρωσική αποστολή τέθηκαν οι βάσεις για περαιτέρω δράση των ρώσων προς αφύπνιση της εθνικής συνείδησης των αράβων και εκτοπισμό των ελλήνων από τους αγίους Τόπους. Οι ενέργειες αυτές στηρίχτηκαν σε θεωρίες ότι πριν το 1534 το πατριαρχείο ήταν αραβικό. «Υπήρξαν, όπως είδαμε και άραβες εντόπιοι πατριάρχες σε ορισμένες περιόδους. Δεν υπήρχε όμως εθνικιστική ένταση μεταξύ ελλήνων και Αράβων. Και οι δύο πλευρές θεωρούσαν τους αυτούς τους ως ορθόδοξους, ανεξάρτητα από την εθνικότητά τους. Αυτή θα ήταν η ενδεδειγμένη λύση και για το παρόν.
