Στα έτη 1830-1832 η Αίγυπτος κίνησε πόλεμο κατά της Παλαιστίνης, επειδή μια ομάδα αποστατών Αιγυπτίων κατέφυγε στα πασά της Πτολεμαΐδας. Ο Ιμβραήμ πασάς γιός του Μεχμέτ Αλή, βασιλιά της Αιγύπτου, κατέλαβε τη Γάζα, την Ιόππη, την Πτολεμαΐδα, την Ιερουσαλήμ και την υπόλοιπη Παλαιστίνη καθώς και τη Συρία. Οι Αιγύπτιοι άφησαν ανενόχλητους τους χριστιανούς. Οι Αρμένιοι όμως επωφελήθηκαν την ευκαιρία της πολιτικής αυτής αλλαγής και δημιούργησαν προσκυνηματικά ζητήματα στους ορθοδόξους.
Το μέγα Σάββατο του 1834 πέθαναν στο Ναό της Αναστάσεως από συνωστισμό 43 ορθόδοξοι και 111 Αρμένιοι και κινδύνεψε να πεθάνει και ο ίδιος ο Ιμβραήμ πασάς. Ύστερα απ’ αυτό το επεισόδιο δόθηκε η άδεια στους ορθοδόξους να ανοίξουν τα παράθυρα του Ναού, πού ήταν κλεισμένα με πέτρες. Το Μάιο του ιδίου έτους (1834) δυνατός σεισμός ράγισε το θόλο του Καθολικού του ναού της Αναστάσεως και του αγίου Τάφου, το θόλο του προσκυνήματος επί του όρους των ελαιών και προξένησε βλάβες στο Ναό και το μοναστήρι της Βηθλεέμ. το προσκύνημα επί του όρους των Ελαιών επισκεύασαν από κοινού και οι τρεις κοινότητες, το θόλο του καθολικού του Ναού οι ορθόδοξοι, αφού άνοιξαν οκτώ παράθυρα, και το ναό της Βηθλεέμ πάλι οι ορθόδοξοι.
Την Κυριακή της Σταυροπροσκυνήσεως του επομένου έτους (1835) αποπειράθηκαν οι Λατίνοι να διαβούν μπροστά από το κουβούκλιο κατά την ώρα της λειτουργίας των ορθοδόξων, για να μεταβούν στο Γολγοθά, ενώ η συνήθεια ήταν να περνούν πίσω από το κουβούκλιο. Επακολούθησε συμπλοκή με τους προσκυνητές και στη συνέχεια δίκη, κατά την οποία απαγορεύτηκε η διέλευση των Λατίνων μπροστά από το κουβούκλιο κατά την ώρα της λειτουργίας των ορθοδόξων.
Εν τω μεταξύ συνεχίζονταν οι μάχες μεταξύ Αιγυπτιακού στρατού και των αποστατών φελάχων σ’ όλη την Παλαιστίνη (Σαμάρεια, Χεβρώνα) και την Υπεριορδανία (Κάρακ). Τελικά του εξολόθρευσε ο Μεχμέτ Αλή της Αιγύπτου και επιβλήθηκε ως ηγεμόνας Αιγύπτου, Συρίας και Παλαιστίνης. Σ’ αυτόν. ως διοικητή της Παλαιστίνης κατέφυγαν οι Λατίνοι και διεκδίκησαν και έλαβαν τον παρά το Σεράϊο τόπου του Χάμπες ελ Μασίχ (Φυλακή του Χριστού), κατόρθωσαν επιπλέον να τους αποδοθεί το μεγαλύτερο τμήμα του Ναού της Αναστάσεως, ο Ναό της Γεσθημανής, της Βηθλεέμ μαζί με το σπήλαιο, και των ποιμένων.
Ταυτόχρονα απέσπασαν οι Αρμένιοι τρία σουλτανικά διατάγματα από την Κωνσταντινούπολη πού τους έδιναν το δικαίωμα να ανακαινίσουν όσα προσκυνήματα έπαθαν από το σεισμό. Πρόλαβαν και ανοικοδόμησαν νέο ναό επί του όρους των Ελαιών, ο οποίος κατεδαφίστηκε με διάταγμα του νέου Σουλτάνου Αβδούλ Μετζίτ (1839), διάδοχο του Μαχμούτ. Η κατεδάφιση του ναού αυτού έγινε με τρόπο ανάρμοστο στη χριστιανική και μοναχική ιδιότητα, λόγω μίσους και φανατισμού. Οι ενέργειες της επιτροπής των ορθοδόξων στην Κωνσταντινούπολη με επικεφαλής τον οικουμενικό πατριάρχη Γρηγόριο Στ (1835-1840) αλλά και στην Αίγυπτο ανέκοψαν τις προσπάθειες των Αρμενίων να επισκευάσουν όλα τα προσκυνήματα.
Ήδη όμως η αιγυπτιακή κατοχή της Παλαιστίνης έβαινε προς το τέλος της. Το 1840 υπογράφτηκε στο Λονδίνο συνθήκη μεταξύ Αγγλίας, Πρωσίας, Αυστρίας και Ρωσίας από το ένα μέρος και της υψηλής Πύλης από το άλλο. Αυτή αναγνώριζε το Μεχμέτ Αλή ως ισόβιο διοικητή της Αιγύπτου και της Παλαιστίνης. Όταν εκείνος απέρριψε τη συνθήκη, συνασπίστηκαν οι συμβληθείσες δυνάμεις και τον απομάκρυναν από τις περιοχές, πού είχε καταλάβει. τότε η Παλαιστίνη περιήλθε πάλι στη διοίκηση της Υψηλής Πύλης. Προτάσεις της Αγγλία και αργότερα και της Ρωσίας να περιέλθουν οι χριστιανοί των Ιεροσολύμων υπό την προστασία των πέντε μεγάλων δυνάμεων, απέτυχαν, λόγω ασυμφωνίας. Οι κυριότερες από τις προτάσεις αυτές είναι:
1. Οι χριστιανοί θα εξαρτώνται αποκλειστικά από τους χριστιανούς πρέσβεις
2. Οι άγιοι Τόποι θα περιέλθουν στην κυριότητα των ευρωπαϊκών δυνάμεων, αλλά θα εξαγοράζονται από τους τωρινούς κατόχους τους
3. Οι χριστιανοί θα αποτελούν 4 κοινότητες, Λατινική, Ελληνική, Αρμενική και Προτεσταντική
4. Θα διορίζονται 3 πρέσβεις εκ περιτροπής, ένας από τη Γαλλία και Αυστρία για τους Λατίνους ένας από τη Ρωσία για τους Έλληνες και τους Αρμενίους, και ένας από την Αγγλία και την Πρωσία για τους Προτεστάντες.
Ανεξάρτητα απ’ αυτές τις προτάσεις μετά τη λήξη της Αιγυπτιακής κατοχής της Παλαιστίνης οι ορθόδοξοι μοναχοί ζήτησαν από το σουλτάνο την επικύρωση των αποφάσεων του προκατόχου του για την ανακαίνιση των προσκυνημάτων τού έπαθαν από το σεισμό, μόνο από τους ορθοδόξους. Μ’ ένα φιρμάνι του 1841 ο σουλτάνος διέταξε να κλειστούν τα λατινικά σχολεία της Βηθλεέμ και της Μπετζάλλας. Αυτό εφαρμόστηκε το 1852, έτος κατά το οποίο προσήλθαν στην ορθοδοξία εκατό λατινικές οικογένειες Βηθλεεμιτών. Με δεύτερο φιρμάνι του 1841 διέταξε να επισκευαστούν τα σεισμοπαθή προσκυνήματα μόνο από τους ορθοδόξους. Αντενέργειες υπήρξαν εκ μέρους των Αρμενίων και των Λατίνων χωρίς όμως αποτέλεσμα. Αφού στάλθηκαν από τον Ιεροσολύμων Αθανάσιο, πού ήταν στην Κωνσταντινούπολη, το υλικά και οι εργάτες, άρχισαν οι επισκευές του θόλου του Ναού, ανακόπηκαν όμως από λατινικές και αρμενικές ενέργειες. Πρόλαβαν μόνο να τον περιζώσουν με μεγάλους σιδερένιους κρίκους.
Οι επισκευές του Ναού της Βηθλεέμ έγιναν χωρίς επεισόδια, οι επισκευές όμως του σπηλαίου παρεμποδίζονταν από τους Λατίνους μέχρις ότου κατόρθωσαν να τοποθετήσουν τον αστέρα τη νύκτα της 22ας Δεκεμβρίου. Οι ορθόδοξοι άφησαν απαρατήρητο γεγονός, μέχρι να περάσουν οι γιορτές. Εν τω μεταξύ όμως εξέδωσαν και παρουσιάστηκαν φιρμάνια οι Αρμένιοι, βάση των οποίων υποχρεώθηκαν οι ορθόδοξοι να κατεδαφίσουν την κλίμακα που είχαν κατασκευάσει, για να κατεβαίνουν από δεξιά και αριστερά στο καθολικό. Κατέλαβαν επιπλέον μια πύλη της Βασιλικής και τη βόρεια πύλη του σπηλαίου και κρέμασαν καντήλες και πολυέλαιο στο δικό τους μέρος.
Ύστερα από έντονη διαμαρτυρία του πατριάρχη Αθανάσιου προς το σουλτάνο, ύστερα από δίκες πού επακολούθησαν και ύστερα από κακουχίες και αγώνες των ορθοδόξων, αναγνωρίστηκαν ως νόμιμες οι επισκευές των ορθοδόξων στο Ναό της Βηθλεέμ, επειδή ανήκε σ’ αυτούς, υποχρεώθηκαν οι Αρμένιοι να κατεβάσουν τις καντήλες, αφού τους παραχωρήθηκε δικαίωμα στη μικρή σιδερένια πύλη του Ναού της Βηθλεέμ. Ανεκτέλεστη έμεινε η επισκευή του θόλου του Ναού της Αναστάσεως. Οι επισκευές έγιναν αυτή τη φορά σχεδόν εξ ολοκλήρου από τους ορθοδόξους, επικυρώθηκαν τα δικαιώματα οριστικά, δεν έλειψαν όμως στο μεταξύ τα προβλήματα, πού άρχισε να δημιουργεί η βουλιμία των μεγάλων δυνάμεων για τους αγίους Τόπους και η προσπάθειά τους να αυξήσουν την επιρροή τους στέλνοντας αντιπροσώπους, συλλόγους, αποστολές κ.ο. Μ’ αυτό τον τρόπο άρχισαν να ενισχύονται οι Λατίνοι και οι προτεστάντες και δόθηκε η αφορμή να αναλάβει η Ρωσία την προστασία των ορθοδόξων. Οι αντιζηλίες όμως μεταξύ των μεγάλων χριστιανικών δυνάμεων κατέληξαν σε πόλεμο.
