Η ελληνική επανάσταση του 1821 επόμενο ήταν να κατακτήσει ύποπτη στα μάτια των Τούρκων και την αδελφότητα, με την κατηγορία κυρίως της απόκρυψης Ρώσων στρατιωτών. Ως απεσταλμένος της Φιλικής εταιρίας στα Ιεροσόλυμα ήρθε ο Εμμ. Ξάνθος. Οι υποψίες αυξήθηκαν όταν εγκαταστάθηκε Ρώσος πρόξενος στην Παλαιστίνη για την εξυπηρέτηση Ρώσων προσκυνητών, πού το 1819 υπερέβησαν τους 100. Η κατοίκησή του στην ορθόδοξη μονή της Γιάφας και η επαφή του με έλληνες ορθόδοξους μοναχούς πολλαπλασίασε τις υποψίες, με αποτέλεσμα εκείνος μεν να δραπετεύσει, μοναχοί δε και χριστιανοί να φυλακιστούν και να αναγκαστούν να «μαυροφορήσουν». Αν και οι κατηγορίες αποδεικνύονταν ψευδείς, εν τούτοις μόνο με χρήματα ήταν δυνατό να αποφυλακιστεί κανείς. Η αδελφότητα τότε σύναψε δάνεια με τόκους και διέλυσε και χώνεψε πολλά χρυσά και αργυρά κειμήλια του ναού της Αναστάσεως και τα κατέβαλε ως λύτρα.
Κακουχίες υφίσταντο και οι μοναχοί των μοναστηριών της υπαίθρου, όπως της λαύρας του Αγίου Σάββα, την οποίαν κατέλαβαν και καταλήστεψαν οι σκηνίτες Αμπεντίντες, μέχρι να τους δώσουν οι μοναχοί τα απαιτούμενα χρήματα, για να απελευθερώσουν κρατούμενους στην Ιερουσαλήμ. Τα μοναστήρια του Σταυρού, του Προφήτη Ηλία και της Βηθλεέμ μετατράπηκαν σε κρησφύγετα και ορμητήρια . Μόλις το 1824 άρχισαν να διαλύονται οι υποψίες κατά της αδελφότητας και να επιστρέφονται τα καταληφθέντα. τότε κατέλαβαν οι Αρμένιοι τμήμα του λόφου της Σιών, το οποίο κατέχουν σήμερα και απόκτησαν τα ίδια με τους Λατίνους δικαιώματα στο κουβούκλιο του αγίου Τάφου.
Από την έναρξη της ανοικοδόμησης του Ναού της Αναστάσεως μέχρι και τα πρόσφατα θλιβερά γεγονότα, πατριάρχης των Ιεροσολύμων ήταν ο Πολύκαρπος (1827). Μετά το θάνατό του πατριάρχης Ιεροσολύμων εκλέχτηκε στην Κωνσταντινούπολη ο Αθανάσιος ο Ε΄ (1827-1845), πού βρήκε την αδελφότητα με δυσβάστακτο χρέος. Όταν πέθανε ο Πατριάρχης Άνθιμος, άφησε χρέος 1.000.000 επειδή δεν είχε εργαστεί για την ανόρθωση των οικονομικών της αδελφότητος. Με την ανοικοδόμηση του Ναού της Αναστάσεως και την αντιμετώπιση των προσκυνηματικών και των μουσουλμανικών επιθέσεων επί Πολυκάρπου, ανήλθε το χρέος αυτό σε 30.000.000. Ο πατριάρχης Αθανάσιος κατόρθωσε να υποβιβάσει ορισμένους από τους τόκους σε 4 τοις εκατό και αποτάθηκε στον Κωνσταντινουπόλεως Αγαθάγγελο για έγκριση διεξαγωγής εράνων σε ολόκληρο το γένος, επειδή πραγματικά η αδελφότητα κινδύνευε να διαλύσει. Τότε ο Κωνσταντινουπόλεως καθόρισε τα καθήκοντα της επιτροπής εράνων με πατριαρχικό και συνοδικό σιγίλιο γράμμα. Σύμφωνα μ’ αυτό η επιτροπή είχε :
1. Πληρεξουσιότητα ελέγχων των κατάστιχων εσόδων και εξόδων και συσκέψεων υπό την επιστασία του πατριάρχη Ιεροσολύμων για τη λήψη αποφάσεων,
2. αρμοδιότητα να συγκεντρώνει τα συναγόμενα από οπουδήποτε στην κάσα της επιτροπής,
3. δικαίωμα διορισμού ενός δικού της ταμία. Παράλληλα διόριζε έναν και ο πατριάρχης,
4. Οι διοριζόμενοι στα μοναστήρια και τις εξαρχίες οφείλουν να αποδίδουν κατά έτος λεπτομερή λογαριασμό εσόδων και εξόδων για να παραδίδουν το πλεονέκτημα στην Επιτροπή, η οποία θα το αποστέλνει στον πατριάρχη
5. Τα πρακτικά της επιτροπής και οι πάσης φύσεως οικονομικές διευθετήσεις της θα επιθεωρούνται κατά έτος από γενική συνέλευση
6. Η ανανέωση των μελών της επιτροπής θα γίνεται με εκλογή τους από τα ρουσφέτια (εργατικά σωματεία), μετά από αίτηση του πατριάρχη Ιεροσολύμων και εγκριτικό έγγραφο του οικουμενικού πατριάρχη.
Τα εκλεγέντα όμως μέλη δείλιασαν προ του βάρους της ευθύνης και παραιτήθηκαν. Τότε ο Ιεροσολύμων Αθανάσιος απευθύνθηκε προς το νέο οικουμενικό πατριάρχη Κωνσταντίνο Α΄ τον από Σιναίου, και σε νέες συνδιάσκεψη αποφασίστηκε η κατάργηση των τόκων του αγίου Τάφου και δόθηκε δεκαετής προθεσμία για την εξόφλησή τους. Το 1832 ορίστηκε με νέα εγκύκλιο φόρος ενός γροσίου από τον κάθε ορθόδοξο Έλληνα για την απόσβεση του χρέους. Οι αποφάσεις αυτές έπρεπε να επικυρωθούν και από το σουλτάνο Μαχμούτ, ο οποίος έδωσε δωρεά 500.000 γροσίων. Το ίδιο ποσό χορήγησε και ο Ηγεμόνας της Σερβίας Μίλος Οβρένοβιτς. Με τις δύο αυτές δωρεές απαρχή και τις κατόπιν συνδρομές των ορθοδόξων χριστιανών ξοφλήθηκε το χρέος του αγίου Τάφου.
