Στη δεκαετία του 1685-1695 η αδελφότητα κλήθηκε να αντιμετωπίσει σοβαρά προσκυνηματικά ζητήματα, πού προκάλεσε η Γαλλία. Είναι γνωστό ότι η Τουρκία είχε πόλεμο κατά της Αυστρίας, Πολωνίας και Ενετίας. Η τελευταία είχε κατορθώσει να καταλάβει την Πελοπόννησο με το Μαροζίνη. Στη συμμαχία των τριών προστέθηκαν και η Ρωσία, πού νίκησε την Τουρκία στην Κριμαία το 1688. Τότε η Γαλλία αξίωσε να παραχωρηθούν τα προσκυνήματα στους Λατίνους μοναχούς και απείλησε ότι σ’ ενάντια περίπτωση θα συμμαχούσε με τους αντιπάλους της Τουρκίας. Η Τουρκία υποχώρησε τελικά, λόγω πιέσεων, και εξέδωσε φιρμάνι το 1689, το οποίο παραχωρούσε στους Λατίνους τους δύο θόλους του Ναού της Αναστάσεως, την Αποκαθήλωση, το ήμισυ του Γολγοθά, το δικαίωμα λειτουργίας στον Άγιο Τάφο και το σπήλαιο της Βηθλεέμ με τα κλειδιά του. η εφαρμογή του διατάγματος έγινε με τρόπο επονείδιστο.
Οι Λατίνοι απομάκρυναν τις εικόνες, τους σταυρούς και τα κανδήλια από το Ναό της Αναστάσεως, της Γεσθημανής και της Βηθλεέμ, του οποίου μάλιστα κατασύντριψαν το καλιτεχνικότατο τέμπλο. πολλοί αγιοταφίτες με τον πατριάρχη επίτροπο κατέφυγαν στη Δαμασκό, λόγω διωγμού. Οι ορθόδοξοι έμειναν για πολύ χρόνο αλειτούργητοι. πολλοί προσηλυτίστηκαν στο λατινισμό. Διαδόθηκε ότι ο πατριάρχης Δοσίθεος απαγχονίστηκε στην Κωνσταντινούπολη, ενώ στην πραγματικότητα είχε φροντίσει να εκδοθεί διάταγμα για την ασφάλεια των αγιοταφιτών και την επιστροφή τους στην Ιερουσαλήμ.
Οι Λατίνοι έγραψαν παντού ευχαριστήρια γράμματα καυχούμενοι ότι επήραν τα προσκυνήματα, επειδή ήταν καθολικοί ορθόδοξοι. Χαρακτηριστικότατα αντικρούει ο Δοσίθεος την άποψη αυτή σ’ επιστολή του γράφοντας ότι «δεν είναι κανείς ορθόδοξος, μόνο με το να κατέχει τα προσκυνήματα». Η αλλαγή αυτή των πραγμάτων απογοήτευσε ορισμένους ορθοδόξους ιερείς, σε σημείο πού άρχισαν να αποτρέπουν την προσέλευση των προσκυνητών, λέγοντας ότι τα προσκυνήματα έχουν καταληφθεί από τους λατίνους. Τις φήμες αυτές αναίρεσε ο Δοσίθεος σε εγκύκλιό του προς το ορθόδοξο γένος. Σ’ αυτή την εγκύκλιο εκθέτει συνοπτικά την ιστορία των προσκυνημάτων, αναφέρει ποια προσκυνήματα έχουν απομείνει στην αδελφότητα, ποια είναι τα φιλανθρωπικά της ιδρύματα, και κατακρίνει όσους αποτρέπουν τους πιστούς από την επίσκεψη του αγίου Τάφου. Παρά τη μεγάλη του λύπη έβρισκε την ψυχική δύναμη να ενθαρρύνει τον επίτροπό του Αρχιεπίσκοπο Γάζης Χριστόδουλο γράφοντάς του σ’ επιστολή του 1690 ότι και σε προηγούμενες εποχές υπέστη πολλά δεινά η εκκλησία Ιεροσολύμων: Ότι «τριακόσιους δέκα χρόνους πρωτύτερα ήταν ο Άγιος Τάφος ναός της Αρτέμιδος, και τα εξακόσια δέκα πέντε έτη της σωτηρίας τον έκαυσαν οι Πέρσαι και εις τους οκτακοσίους δώδεκα κατέκοψαν τους χριστιανούς της αγίας Πόλεως και της Παλαιστίνης και εις εννεακοσίους εβδομήκοντα πέντε έκαυσαν τον ναόν του αγίου Τάφου και Ιωάννην τον πατριάρχην και εις τους χιλίους εννενήντα εννέα επήγαν οι Φράγγοι εις τα Ιεροσόλυμα και έκαμαν τα περισσότερα εις τα μοναστήρια και εφθάρησαν πόλεις και χώραι και τα προσκυνήματα και κατεπάτησαν και τους Χριστιανούς ηφάνησαν, και ο Θεός όλα τα εδιόρθωσε και τώρα εχάλασε ο κόσμος όπου».
