Ο πατριάρχης Ιεροσολύμων Θεοφάνης ο Γ΄(1608-1644) ανέλαβε αμέσως μετά την εκλογή του τη συμπλήρωση ανέγερσης του εικονοστασίου του καθολικού του Ναού της Αναστάσεως πού είχε αρχίσει επί του προκατόχου του Σωφρονίου. Η σχετική μετά την ανακαίνιση επιγραφή τα εξής περίπου: «Ανακαινίσθη το τέμπλο του Παναγίου και Ζωοδόχου Τάφου κατά το χιλιοστόν εξακοσιοστόν όγδοον υπ’ εμού Μακαρίου Ιερομονάχου εκ νήσου Κρήτης ο Σταύρος πατριαρχούντος του μακαριωτάτου κύρ Θεοφάνους. Ότε δε εφέραμεν το τέμπλον ην ο μακαριώτατος κυρ Σωφρόνιος (όστις) τον αυτόν χρόνον ετελιώθη. Τον αυτόν χρόνον κατεσκευάσθη και ο τρούλος της αγίας Τραπέζης, δια συνδρομής ημετέρας, άπαντα εκ της νήσου Κρήτης…» (Την Κρήτην κατείχαν οι ενετοί μέχρι το 1669, πού την κατάλαβαν οι Τούρκοι).
Ενώ βρισκόταν στην Κωνσταντινούπολη ο Θεοφάνης, απόσπασε διάταγμα (1611) για το δικαίωμα τελετής του αγίου Φωτός, από τους ορθοδόξους, επειδή οι Αρμένιοι κατ’ έτος δημιούργησαν ταραχές. Στα διάστημα της απουσίας του αντιμετώπισε η αδελφότητα με επιτυχία τις ενέργειες των Λατίνων για ολοκληρωτική κατάληψη του σπηλαίου της Βηθλεέμ, χωρίς όμως να τους απομακρύνει τελειωτικά. Οι Λατίνοι ισχυρίστηκαν ότι ο Ναός και το σπήλαιο ανήκαν σ’ ατούς από την εποχή του Ομάρ.
Επιτυχέστερες υπήρξαν οι ενέργειες για το πρόβλημα των 12 μαγαζιών, πού υπήρχαν κάτω από το κεντρικό μοναστήρι της αδελφότητος και τα είχε αποκτήσει αυτή, αφού έδωσε για αντάλλαγμα βακούφικα κτήματα της, στην οικογένεια των Αλεμιδών. (Αυτοί κατοικούσαν από τις ημέρες του Σαλαχαδίν στη θέση του παλαιού πατριαρχείου, πού ήταν δυτικά του Ναού της Αναστάσεως και βόρεια του Αγίου Κωνσταντίνου. Σήμερα είναι εκεί ο τέμενος το ονομαζόμενο «Χάνκε»). Οι Αλεμίδες ζητούσαν και τα μαγαζιά (εμπορικά καταστήματα) εκείνα, και συνεχώς ενοχλούσαν την αδελφότητα.
Το 1612 ο Πατριάρχης Θεοφάνης απόσπασε διάταγμα για την παύση κάθε περαιτέρω ενόχλησης από τους Αλαμίδες. Το ίδιο έτος ανακαίνισε και επέκτεινε τη Μονή του αγίου Κωνσταντίνου, μέσα στην οποία συμπεριέλαβε και τη Μονή της αγίας Θέκλας, αφού την αγόρασε από τους Ίβηρες. Διεύρυνε επίσης και το ναό του μοναστηριού, των αγίων δηλαδή Κωνσταντίνου και Ελένης. Μαρτυρίες για την ύπαρξη του ναού αυτού έχουμε από το 1599. Χειρόγραφο του 1604 μας περιγράφει το ναό ως εξής : «Ο άγιος Κωνσταντίνος και η αγία Ελένη, μέσα στο Πατριαρχείον, εις τον οποίον ναόν είναι ένα παραθύρι μέσα εις το άγιον Βήμα, πλησίον εις την πρόθεσην κοιτάζει μέσα εις τον Άγιον Τάφον». Επειδή ο ναός αρχικά ήταν μικρός, γίνονταν κατά καιρούς διάφορες προσθήκες, πού συντελέσανε στο να μην είναι σήμερα συμμετρικός (αυτός πού έχει κανονικές αναλογίες). Το Πατριαρχείο την εποχή αυτή ήταν πάνω από την εκκλησία του αγίου Ιακώβου.
Το 1619 μετέβηκε από πρόσκληση, στη Ρωσία, όπου χειροτόνησε αρχιερείς κήρυξε κι επανέφερε στην ορθοδοξία πλήθη λαού, πού είχαν παραπλανηθεί στον ουνιτισμό. (Ουνίτες ή Ελληνόρυθμοι είναι μέλη της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας, πού διατηρούν έθιμα της ανατολικής εκκλησίας, στην οποία ανήκαν προηγουμένως. Αποτελούνται από μειονότητες Ρώσων, Σέρβων, Ρουμάνων, Ελλήνων, Αράβων, Αρμενίων κ.ά. ανατολικών λαών).
Πολλές φορές στη διάρκεια της πατριαρχείας του μετέβηκε στην Κωνσταντινούπολη και απέσπασε ευεργετικές αποφάσεις για την Εκκλησία των Ιεροσολύμων. Το 1622 έλαβε μέρος σε σύνοδο για την ανακήρυξη του Αγίου Γερασίμου του νέου ή του εν Κεφαλληνία, του οποίου από τότε γιορτάζεται η μνήμη στις 20 Οκτωβρίου. Ταυτόχρονα συνεργάστηκε με τον τότε πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Κύριλλο Λούκαρη κατά της λατινικής προπαγάνδας. Στην επιστροφή του βρισκόταν η αδελφότητα σε τόση φτώχεια ώστε αναγκάστηκε να εκποιήσει ιερά σκεύη και αυτήν ακόμη τη μίτρα του. Η πράξη αυτή και η είδηση ότι ο πατριάρχης μεταρρύθμισε κοινοβιακή την αδελφότητα και απετέλεσαν όλοι οι μοναχοί ένα κορμί και μια ψυχή, ένα σακούλι και μίαν έξοδον» συγκίνησαν κάποιο χριστιανό της Εκκλησίας Αλεξάνδρειας και αγόρασε τα ιερά σκεύη ξανά από τους μωαμεθανούς και έστειλε και 8.000 χρυσά φλωριά για την εξόφληση των χρεών.
Το 1625 αποκορυφώθηκε ο ανταγωνισμός Φραγκισκανών και Ιησουϊτών πού είχαν έλθει για να βοηθήσουν δήθεν τους Έλληνες, στην ουσία όμως, για να καταλάβουν εκείνοι τα προσκυνήματα. Στο εσωτερικό αυτό θέμα των Λατίνων ήταν περίεργη η στάση του Θεοφάνη, γιατί σκέφτηκε προς στιγμήν να παραχωρήσει στους Ιησουίτες το μοναστήρι των Αρχαγγέλων, προκειμένου να τους χρησιμοποιήσει κατά των Φραγκισκανών. Ευτυχώς πού τελικά αποφεύχθηκε. Ένα έτος αργότερα (1625) αποσπάσανε οι Λατίνοι, με τη μεσολάβηση του Γάλλου πρεσβευτή στην Κωνσταντινούπολη, φιρμάνι για πλήρη κυριότητα στα προσκυνήματα : «ο Τάφος του Χριστού ως και της αγίας Παρθένου και το μοναστήριον της Βηθλεέμ μετά των κήπων αυτού ανήκουσιν εις τους φράγκους μοναχούς είτε αγοράς, είτε εκ κληρονομίας». Για την αναίρεση αυτού του φιρμανιού έμεινε 5 ολόκληρα έτη στην Κωνσταντινούπολη ο πατριάρχης Θεοφάνης, χωρίς όμως ουσιαστικά αποτελέσματα. Υποβοηθούμενοι από την ευνοϊκή αυτή προσκυνηματική κατάσταση οι Λατίνοι, αποπειραθήκανε το 1629 να αμφισβητήσουν το δικαίωμα της λιτανείας, και της εισόδου από τη βόρεια και εξόδου από τη νότια πύλη του σπηλαίου της Γεννήσεως, πού είχε αποκτήσει, όπως είδαμε ο πατριάρχης Γερμανός και κατέχουμε μέχρι σήμερα. Ο πατριάρχης διέκοψε την τελετή των Χριστουγέννων και διαμαρτυρήθηκαν στον ιεροδικαστή των Ιεροσολύμων. Ο διοικητής όμως της πόλης δωροδοκήθηκε από τους Λατίνους, φυλάκισε τον πατριάρχη και σκεφτόταν να τον φονεύσει. Για μήνες έμεινε κρυμμένος σε κάποιο μοναστήρι των Ιεροσολύμων και ντυμένος με λευκό γυναικείο εντόπιο ένδυμα, δραπέτευσε στη μονή του προφήτη Ηλία την ημέρα της πανήγυρης και απ’ εκεί μέσω της Πτολεμαΐδος έφτασε στην Κωνσταντινούπολη, και ορκίστηκε να μην επιστρέψει στα Ιεροσόλυμα, αν δεν εκδιώξει προηγουμένως από το σπήλαιο τους φράττους (μέλη των θρησκευτικών αδελφοτήτων).
Στην Κωνσταντινούπολη βρήκε συμπαράσταση τον Κύριλλο Λούκαρη. Έγραψε επιστολή στον εφημέριο της Ολλανδικής πρεσβείας ζητώντας βοήθεια. Είναι λυπηρό το γεγονός ότι οι ορθόδοξοι πατριάρχες καταφεύγανε σε προτεστάντες παρακαλώντας για βοήθεια κατά των Λατίνων.
Το 1630 πάλι ο Γάλλος Πρεσβευτής απόσπασε και άλλο φιρμάνι, το οποίο έλεγε ότι και αυτή η συνθήκη του Ομάρ είναι ψευδής και ότι τα προσκυνήματα ανήκουν στους Λατίνους. Ο ισχυρισμός αυτός είναι τόσο αληθινός, όσο είναι αληθινός και ο ισχυρισμός «ότι το Βατικανό της Ρώμης, ο ναός του Αγίου Πέτρου και οι κατακόμβες της Ρώμης με τα κλειδιά τους ανήκουν στους Έλληνες κληρικούς».
Το 1631 απόσπασε άλλο αντίθετο διάταγμα ο Πατριάρχης και επέστρεψε στα Ιεροσόλυμα για την εφαρμογή του. Ενήργησε στο εξής επί τη βάση αυτού του διατάγματος για να επιστραφούν τα προσκυνήματα στους Ορθοδόξους. Συνάντησε όμως ανυπέρβλητες δυσκολίες και μάλιστα φυλακίστηκε. Μετά την αποφυλάκισή του συνεργάστηκε με τον Κύριλλο Λούκαρη πάνω στην εφαρμογή του διατάγματος, πρόσκρουσε όμως πάλι στην αντίδραση των Λατίνων κι έτσι το ζήτημα παραπέμφθηκε για εξέταση στην Κωνσταντινούπολη.
Το 1633 συγκροτήθηκε συνέλευση στην εκεί Ολλανδική πρεσβεία, επειδή όμως δεν έφθασαν σε συμβιβαστική λύση, ανέθεσαν το θέμα στις οθωμανικές αρχές. Σ’ αυτή τη συνέλευση της Ολλανδικής Πρεσβείας κατηγόρησε ο Κύριλλος Λούκαρης τους Λατίνους παρουσία του πατριάρχη Θεοφάνη με τις εξής λέξεις : «υμείς οι φράγγοι παραπλανάτε τους ορθοδόξους και προσελκύετε αυτούς εις τον παπισμόν, διεστρέψατε ήδη την Βηθλεέμ, ιδρύετε σχολεία δια τα τέκνα ημών ή αποστέλλετε αυτά εις την Ρώμην, ίνα σπουδάσωσι…» Ο προτεστάντης πρέσβυς της Ολλανδικής Πρεσβύας απάντησε στον Κύριλλο Λούκαρη ως εξής : «εάν οι άλλοι διδάσκουσι τα τέκνα υμών και υμείς επιτρέπετε αυτό, το όνειδος ανήκει υμίν». Ήθελε να εκφράσει με αυτά λόγια τη δυσαρέσκειά του για την άρνηση της ίδρυσης προτεσταντικών σχολειών. Βλέπουμε ότι η τακτική αυτή της προσέλκυσης πιστών μέσω των σχολειών επικρατούσε από αυτούς τους χρόνους. Στις περιοχές αυτές τα σχολεία είναι ένα ισχυρό μέσο συγκράτησης των πιστών στην ορθή πίστη.
Στην οθωμανική συνέλευση του 1633, όπου είχε παραπεμφθεί το προσκυνηματικό ζήτημα, παρευρίσκονταν οι πρεσβείες της Ενετίας και της Γαλλίας και παρενέβηκαν υπέρ των Λατίνων οι πρεσβευτές της Αγγλίας και της Αυστρίας. Οι Λατίνοι ζήτησαν έπειτα την εκδίκαση του ζητήματος στο Χαλέπι της Συρίας. Την πραγματοποίηση αυτού του σχεδίου ανέτρεψε Ο Κύριλλος Λούκαρης, ο οποίος κατόρθωσε να επισκεφτεί ο πατριάρχης Θεοφάνης το σουλτάνο Μουράτ Β΄ να του δώσει υπόμνημα και να του εκθέσει πώς η αληθινή κατάσταση των προσκυνημάτων. Αυτό έγινε το 1633 μετά την ανάρρηση του Λούκαρη στον πατριαρχικό θρόνο, απ’ όπου τον είχαν εξορίσει οι Ιησουΐτες από τις οθωμανικές αρχές και τη μεταφορά των κλειδιών στην Κωνσταντινούπολη το 1634. Σ’ αυτό το έτος εξορίστηκε στην Τένεδο για δεύτερη φορά ο πατριάρχης Κύριλλος Λούκαρης.
Στις δύσκολες αυτές περιστάσεις βρήκαν την ευκαιρία οι Αρμένιοι να καταλάβουν το μοναστήρι της Ελαίας, όπου ήταν η οικία του Άννα, καθώς και την οικία του Καϊάφα, αφού παραβίασαν τις συμφωνίες ενοικίου. Παράλληλα δημιούργησαν ταραχές στην τέλεση του Αγίου Φωτός.
Στα προβλήματα αυτά έδιδε το δικαίωμα να θέσει ο σουλτάνος με τρία διατάγματα το 1634. Το πρώτο έδιδε το δικαίωμα στους ορθοδόξους να προηγούνται των Αρμενίων στην τέλεση του Αγίου Φωτός, το δεύτερο απαγόρευε στους Λατίνους να ενοχλούν τους ορθοδόξους στο Ναό της Αναστάσεως και το τρίτο απόδιδε τα προσκυνήματα στους ορθοδόξους. Απόσπασμα αυτού του διατάγματος περιέχει τα εξής: Εξεδόθη ο υψηλός ορισμός, ίνα η Βηθλεέμ και ο Καμαμές και τα κανδήλια και αι καμάραι και τα κλειδιά παραδοθώσι εις τας χείρας των καλογήρων Ρωμαίων, και να μη γίνεται η παραμικρά ενόχληση εις αυτούς από μέρους των φράγκων, εναντίον της αρχαίας τάξεως και συνηθείας, και εάν θελήσωσιν οι φράγκοι να προσκυνήσωσι να πηγαίνωσι με την άδειαν και γνώμην του πατριάρχου των Ρωμαίων».
Το διάταγμα του 1634 ήταν μεγάλη επιτυχία στην ιστορία των προσκυνημάτων. Αναγνώστηκε επίσημα το ίδιο έτος στα Ιεροσόλυμα και εκτελέστηκε εν συνεχεία. Παραδόθηκαν δηλαδή στους ορθοδόξους μοναχούς ο Ναός της Βηθλεέμ με το Σπήλαιο της Γεννήσεως, πού επί εννέα μήνες ήταν σφραγισμένο, και ο Ναός της Αναστάσεως.
ΤΕΛΕΥΤΑΙΑ ΕΤΗ ΤΗΣ ΠΑΤΡΙΑΡΧΕΙΑ ΤΟΥ ΘΕΟΦΑΝΗ ΣΥΝΕΡΓΑΣΙΑ ΜΕ ΤΟΝ ΚΥΡΙΛΛΟ ΛΟΥΚΑΡΗ
Μετά την ανάκτηση των προσκυνημάτων το 1634, ο πατριάρχης Θεοφάνης προσπάθησε να αντιμετωπίσει τα οικονομικά της αδελφότητος με εράνους είτε γράφοντας επιστολές είτε αποστέλλοντας αντιπροσώπους κυρίως στη Ρωσία. Προκειμένου να εξοφλήσει τα χρέη των Σέρβων μοναχών και να εξαγοράσει τα μοναστήρια, πού αυτοί κατείχαν, για να μην πράξουν τούτο οι Λατίνοι και οι Αρμένιοι, πήγε ο ίδιος στο Ιάσιο της Μολδαβίας, παρουσιάστηκε στον Έλληνα ηγεμόνα Βασίλειο Βοεβόδα και κρατώντας ένα σχοινί είπε: «πνίξον με ίνα με πνίξωσιν οι οθωμανοί δυνάστες». Ο ηγούμενος αντιλήφθηκε, τι εννοούσε ο πατριάρχης, και του χορήγησε 50.000 φλωριά, τη μεγαλύτερη δωρεά μετά την άλωση της Πόλης, όπως αναφέρει ο Ιεροσολύμων Δοσίθεος.
Τα προσκυνηματικά διατάγματα του 1634 προσπάθησαν να ακυρώσουν εκ νέου οι Λατίνοι το 1636, αυτή τη φορά με τη βοήθεια του Λουδοβίκου ΙΓ΄ της Γαλλίας και του Κύριλλου Κονταρή, πού είχε αντικαταστήσει στο θρόνο τον Κύριλλο Λούκαρη, εξορισθέντα για Πέμπτη φορά. Ο Λούκαρης όμως επανήλθε και κατόρθωσε να εκδόσει άλλο διάταγμα του 1637, πού επανέφερε σε ισχύ το διάταγμα του 1634. Δυστυχώς όμως ο Κύριλλος Κονταρής κατηγόρησε για συνομωσία τον Κύριλλο Λούκαρη και κατάφερε τη καταδίκη του σε θάνατο με πνιγμό το 1638. Στην πράξη αυτή καθώς και στην εν συνεχεία ανάρρησή του στο θρόνο, βοηθήθηκε ηθικά και χρηματικά από τους Ιησουΐτες. Ο πατριάρχης Θεοφάνης βρισκόταν τότε στην Προύσα την Μικράς Ασίας για εράνους. Μεταγενέστερες τοπικές ορθόδοξες σύνοδοι κατεδίκασαν την Λουκάρειο ομολογία σαν καλβινίζουσα προτεσταντίζουσα. η ομολογία αυτή είναι μάλλον νόθη. Γράφτηκε από άγνωστο, πού έθεσε σαν συγγραφέα τον Κύριλλο, αντί τον εαυτό του. Ερωτηματικά αφήνει η στάση του Κυρίλλου απέναντί της. Ούτε την αναγνώρισε επίσημα ούτε όμως και την αποκήρυξε.
Ο πατριάρχης Ιεροσολύμων Θεοφάνης αφού ανέλαβε και άλλες περιοδείες για συλλογή εράνων και άλλες προσπάθειες για έκδοση προσκυνηματικών διαταγμάτων υπέρ της αδελφότητος, πέθανε το 1644 στην Κωνσταντινούπολη και τάφηκε στην παρά την Χάλκη μονή της Θεοτόκου. Πατριάρχευσε 37 έτη.
