Η Αραβική κατάκτηση της Παλαιστίνης (638) σήμανε το τέλος της αρχαίας ιστορίας της Εκκλησίας Ιεροσολύμων (33-638) και στην αρχή της μέσης (638- 1517).Στους τέσσερις πρώτους αιώνες (638- 1099) της μέσης ιστορίας της η Εκκλησία Ιεροσολύμων τέθηκε υπό αλλόθρησκη πολιτική εξουσίας, την Αραβική μουσουλμανική, αντικατέστησε την Βυζαντινή χριστιανική. Επόμενο ήταν, ύστερα από την αλλαγή αυτής της πολιτικής εξουσίας, να υπάρχει πρόβλημα καθορισμού σχέσεων μεταξύ του νέου μουσουλμανικού καθεστώτος και του οργανισμού της Εκκλησίας. Στη ρύθμιση των σχέσεων αυτών επέδρασε ευνοϊκά το γεγονός ότι οι Άραβες θεωρούσαν τα Ιεροσόλυμα, ως Ιερή Πόλη, ότι έτρεφαν εκτίμηση προς το θεσμό της μοναχικής ζωής και σεβασμό προς το πρόσωπο του Χριστού ως προφήτης. Πιο αποτελεσματικά όμως ακόμη υπέρ της Εκκλησίας επέδρασαν οι διατάξεις του Κορανίου, πού ορίζουν ότι δικαίωμα ζωής έχουν μόνο οι πιστοί του. Οι «άπιστοι», Ιουδαίοι και Χριστιανοί, αν δεν ασπαστούν το Κοράνιο, μπορούν μέσα στο μουσουλμανικό κράτος, πληρώνοντας ως αντάλλαγμα για το δικαίωμα ζωής τον κεφαλικό φόρο, αυτό δηλαδή πού επιβάλλεται κατά κεφαλή, κατ’ άτομο (χαράτσι). Όσοι πληρώνουν αυτό το φόρο ονομάζονται «Ζίμμη» (αυτοί πού φέρουν βάρος στον αυχένα). Το δικαίωμα του «ζίμμη» αφαιρείται από κάποιον, όταν διατηρεί σχέσεις μ’ εχθρική χώρα, όταν δραπετεύσει, όταν δεν πληρώνει τον κεφαλικό φόρο, όταν καθυβρίζει τον Προφήτη ή το Κοράνι κι’ όταν προσηλυτίζει.
Στις ευνοϊκές αυτές διατάξεις του Κορανίου για τους μη μουσουλμάνους βασίστηκε ο σχηματισμός κι η διοργάνωση των θρησκευτικών κοινοτήτων από τις μη μουσουλμανικές χριστιανικές και ιουδαϊκές μειονότητες μέσα στο μουσουλμανικό κράτος. Στις ανοργάνωτες αυτές αρχικά μειονότητες δόθηκε νομική υπόσταση θρησκευτικής και εθνικής κοινότητας. Έγιναν δηλαδή αυτόνομοι οργανισμοί, ως «κράτος εν κράτει». Τους παραχώρησαν προστατευτικά δικαιώματα και προνόμια, όπως η ελεύθερη εξάσκηση της λατρείας, η αυτόνομη εσωτερική οργάνωση, η διοίκηση από πνευματικό αρχηγό με θρησκευτική και εθνική δικαιοδοσία, η ελεύθερη εκπαίδευση, η αφορολογησία του κλήρου και τα εκκλησιαστικά δικαστήρια. Οι αυθύπαρκτες αυτές θρησκευτικές κοινότητες ονομάστηκαν «μιλλέτ» κι επιζούν μέχρι σήμερα. Είναι οι κοινότητες των Ορθοδόξων, των Νεστοριανών, των Μονοφυσιτών. Των Ιουδαίων η θρησκευτική κοινότητα ήρθε στη θέση του κράτους.
Ειδικά οι σχέσεις της ορθόδοξης θρησκευτικής κοινότητας προς τη μουσουλμανική πολιτεία διατυπώθηκαν στην έγγραφη συνθήκη (Αχτιναμέ) μεταξύ του Χαλίφη Ομάρ και του Πατριάρχου Σωφρονίου. Η συνθήκη αυτή αρχίζει ως Εξής : «Εις το όνομα του Θεού του ελεούντος και ελεήμονος. Ομάρ υιός Χατάμπ… Το παρόν εδόθη τω σεβασμίω Πατριάρχη του βασιλικού έθνους Σωφρονίου, εν τω όρει των Ελαιών ως συνθήκη και υπόσχεσης δια την περίθλαψιν των υποτελών και ιερών και καλογήρων και δια την κυριότητα επί των προσκυνημάτων των εντός και εκτός της Ιερουσαλήμ, ήτοι του Καμαμέ (Ναός Αναστάσεως), της εκκλησίας και του σπηλαίου εν Βηθλεέμ. Και τα εκεί (εις τα προσκυνήματα δηλαδή) ευρισκόμενα λοιπά χριστιανικά έθνη, Φράγκοι, Κόπται, Συριάνοι, Αρμένιοι, Νεστοριανοί, να είναι υποκείμενα και ακόλουθα εις τον ρηθέντα πατριάρχην και αυτός να πρωτεύει και να προηγείται αυτών. Εγράφη τω ιζ΄ (17) έτη της προφητικής φυγής» (Έτος της προφητικής φυγής είναι το 622και έτη 17 αργότερα, δηλαδή το 639 είναι το έτος συγγραφής του Αχτιναμέ).
