Σχετική ειρήνη επικράτησε στην εκκλησία Ιεροσολύμων μετά την παύση των ωριγενιστικών έριδων για μισό περίπου αιώνα (555-614). Στο διάστημα αυτό η Ιερουσαλήμ ήκμαζε. Είχε μεγάλη θρησκευτική κίνηση, πού δεν επαναλήφθηκε πια στην ιστορία της. Προσκυνητές συνέρρεαν άφθονοι, ναοί υπήρχαν πολλοί, όπως μοναστήρια και ξενώνες. Στα μοναστήρια καλλιεργούνταν τα γράμματα. Σ’ ιδιαίτερη ακμή βρισκόταν την εποχή αυτή το Φροντιστήριο του Αγίου Θεοδοσίου. Καραβάνια μετέφεραν εμπορεύματα από την Περσία, Αραβία, Αφρική και Μικρά Ασία. Θέατρα, δικαστήρια, δημόσια λουτρά και άλλα οικοδομήματα στόλιζαν τους δρόμους και τους λόφους της. Ήταν μ’ ένα λόγο η σπουδαιότερη πόλη της περιοχής μετά την Αλεξάνδρεια και Αντιόχεια. Παράλληλα ήκμαζαν στην περιοχή αυτή η Καισάρεια, η Ναζαρέτ, η Πανειάς, η Ασκάλων και η Γάζα σαν κέντρο νεοπλατωνικών σπουδών.
Τις παραπάνω πληροφορίες γι’ αυτή την εποχή αντλούσε από τον Ιωάννη τον Μόσχο ή Ευκρατά (619), και από τον Σωφρόνιο το Σοφιστή (638), μετέπειτα Πατριάρχη Ιεροσολύμων. Ήταν και οι δύο μοναχοί της μονής του Αββά Θεοδοσίου και περιόδεψαν μαζί τα μοναστήρια της Παλαιστίνης, Αιγύπτου, Σινά, Συρίας, Μικρασίας και νησιών της Ελλάδος. Τις εντυπώσεις του κατέγραψε ο πρώτος στο έργο του «Λειμώνα ή Λειμωνάριον», πού το ονόμασε έτσι, επειδή παραθέτει περιστατικά, αποφθέγματα και χαρακτηρισμούς μοναχών ανάμικτα, όπως είναι τα άνθη του λειμώνα (λιβαδιού). Είναι γραμμένο σε δημώδη γλώσσα, δίδει πολιτιστικές πληροφορίες, αναφέρει ονόματα πολλών μονών, απεικονίζει σαν πίνακας τη μοναστηριακή ζωή της εποχής, γι’ αυτό και διαβάστηκε πολύ σ’ όλες τις εποχές. Ο Σωφρόνιος, σαν μοναχός, έγραψε το βίο και τα θαύματα «Κύρου και Ιωάννου» εθνικών αγίων της Αιγύπτου, και το βίο «Οσίας Μαρίας της Αιγυπτίας» Τα δύο αυτά έργα έχουν θεολογική και ιστορική αξία και δίδουν πολύτιμα στοιχεία της τοπογραφίας των Αγίων Τόπων.
Την άνθηση αυτή στη θεολογία και στα γράμματα ανέκοψαν οι Πέρσες. Το 611 κατέκτησαν την Αντιόχεια, Έδεσσα της Συρίας, την Καισάρεια της Καππαδοκίας, το 613 τη Δαμασκό και το 614 την Καισάρεια, Διόσπολη και τέλος την Ιερουσαλήμ, αφού διαβήκαν τον Ιορδάνη. Ο Ναός της Αναστάσεως μεταβλήθηκε σ’ ερείπιο, η πόλη αποτεφρώθηκε, πολλοί μοναχοί, μεταξύ των οποίων και αγιοσαββίτες, και χιλιάδες κάτοικοι σφάχτηκαν ή μετοικίστηκαν σαν αιχμάλωτοι στην Περσία. Πολλοί αγοράστηκαν από τους Ιουδαίους και εκτελέστηκαν. Ο Πατριάρχης Ζαχαρίας μεταφέρθηκε αιχμάλωτος στην Περσία μαζί με τον Τίμιο Σταυρό. την καταστροφή των Ιεροσολύμων θρήνησε σε ποίημά του ο μοναχός Σωφρόνιος. Λεπτομερή περιγραφή αυτής της καταστροφής μας δίδει ο αγιοσαββίτης μοναχός Αντίοχος Στρατήγιος στο έργο του «περί αλώσεως της Ιερουσαλήμ υπό των Περσών». Εκείνος μας αναφέρει ότι ο αριθμός των φονευθέντων ανήλθε σε 70.000 κι’ ότι οι τόποι εκτελέσεως ήταν η δεξαμενή της Μαμίλλας, Ο Ναός της Αναστάσεως, η Νέα εκκλησία της Θεοτόκου, η πηγή του Σιλωάμ και ο λόφος Σιών.
Άγγελος παρηγορίας στη συμφορά αυτή παρουσιάστηκε ο ηγούμενος της μονής του αββά Θεοδοσίου και τοποτηρητής (αναπληρωτής, αντικαταστάτης) του θρόνου των Ιεροσολύμων για όσο διάστημα ο πατριάρχης Ζαχαρίας ήταν στην εξορία, Ιερομόναχος Μόδεστος. Εμψύχωσε και βοήθησε έμπρακτα το λαό. Ανέλαβε την ανοικοδόμηση των κατεδαφισθέντων, με τους χίλιους εργάτες και την οικονομική ενίσχυση πού του έστειλε ο πατριάρχης Αλεξανδρείας Ιωάννης ο Ελεήμων. Πρώτα ανοικοδόμησε τους τρεις ναούς, πού υπήρχαν στους τόπους των παθών και της Αναστάσεως του Χριστού, σύμφωνα με το σχέδιο από την εποχή του Μεγάλου Κωνσταντίνου, προσθέτοντας μόνο τον θόλο, πού είχε παρουσιαστεί με το βυζαντινό ρυθμό. Έπειτα ανοικοδόμησε άλλους ναούς, μοναστήρια και ιδρύματα.
Eν τω μεταξύ ο Ηράκλειος είχε εκστρατεύσει κατά των Περσών (622-629), τους οποίους νίκησε ολοκληρωτικά στην γ΄ εκστρατεία στη Νινευή. Έλαβε τον Τίμιο Σταυρό και τον Πατριάρχη Ζαχαρία, ήρθε στην Κωνσταντινούπολη και εν συνεχεία στα Ιεροσόλυμα, όπου στις 14 Σεπτεμβρίου του 629 έγινε θριαμβευτικά η Ύψωση του Τιμίου Σταυρού στο Γολγοθά με τον ύμνο «Σώσον Κύριε τον λαόν σου…». Το γεγονός αυτό μαζί με την πρώτη Ύψωση από την Αγία Ελένη γιορτάζουμε μέχρι σήμερα στις 14 Σεπτεμβρίου. Μετά από λίγα έτη (632) πέθανε ο πατριάρχης Ζαχαρίας και τον διαδέχτηκε ο Μόδεστος (632-634).
