Ο πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως Νεστόριος δίδασκε ότι άλλος ο Λόγος του Θεού, πού γεννήθηκε προ πάντων των αιώνων από τον Πατέρα και άλλος ο άνθρωπος Χριστός, πού γεννήθηκε από την Παρθένο Μαρία. Στον άνθρωπο Χριστό, πού γέννησε η Παναγία, ήρθε και κατοίκησε ο Θεός Χριστός, ο, Λόγος του Θεού. Χώριζε δηλαδή τις δύο φύσεις του Χριστού σε σημείο, πού δημιούργησε δύο ξεχωριστά πρόσωπα. Την Παναγία ονόμαζε Χριστοτόκο και όχι Θεοτόκο. Την διδασκαλία αυτή καταδίκασε η Γ΄ Οικουμενική Σύνοδος, πού συγκλήθηκε από τον αυτοκράτορα Θεοδόσιο Β΄ στην Έφεσο το 431 και δογμάτισε, ότι «εις Χριστός, εις Κύριος, εις Υιός, τέλειος Θεός και τέλειος άνθρωπος», σαρκωθείς από την Παρθένο Μαρία κατά το «ο Λόγος σάρξ εγένετο» (Ιω.1,14).
Τις εργασίες της Συνόδου διεύθυνε για ένα διάστημα ο Ιεροσολύμων Ιουβενάλιος, ο ποίος θεώρησε κατάλληλη την ευκαιρία να ζητήσει Μητροπολιτική δικαιοδοσία στις τρεις Παλαιστίνες. Η πρώτη Παλαιστίνη περιλάμβανε την αρχαία Ιουδαία μέχρι και την Σαμάρεια υπό την Καισάρεια. Η Β΄ Παλαιστίνη την Γαλιλαία και τα βόρεια της Παλαιστίνης υπό την Σκυθόπολη. Η τρίτη Παλαιστίνη την Πετραία Αραβία μέχρι την Ερυθρά θάλασσα υπό την Πέτρα. Ζήτησε επί πλέον δικαιοδοσία επί της Φοινίκης και της Αραβίας και ανεξαρτητοποίηση από την εκκλησία της Αντιόχειας. Απώτερος σκοπός του ήταν το πατριαρχικό αξίωμα. Οι αξιώσεις του όμως κρίθηκαν από την σύνοδο υπερβολικές και δεν επικυρώθηκαν.
Την εφαρμογή τους πέτυχε το 449 με την πολιτική υποστήριξη του Θεοδοσίου του Β΄. Επειδή διαμαρτυρήθηκε ο Αντιοχείας Μάξιμος, παραπέμφθηκε το πρόβλημα για διαιτησία από τον επόμενο αυτοκράτορα Μαρκιανό στην Δ΄ Οικουμενική Σύνοδο (451). Αφορμή για τη σύγκληση της Δ΄ Οικουμενικής Συνόδου έδωσαν Ο Ευτύχιος και ο Διόσκορος, πατριάρχες Αλεξανδρείας. Αυτοί δίδασκαν ότι στο πρόσωπο του Χριστού δεν υπάρχουν δύο φύσεις, επειδή η ανθρώπινη απορροφήθηκε από τη θεία και ταυτίστηκε μ’ αυτήν μετά την Σάρκωση. Τους Μονοφυσίτες καταδίκασε η Δ΄ Οικουμενική Σύνοδος, πού αποφάνθηκε, ότι ο Χριστός έχει δύο φύσεις, την θεία και την ανθρώπινη, ενωμένες ασυγχύτως σε μια υπόσταση, σ’ ένα και τι αυτό πρόσωπο, τον Ιησού Χριστό.
Την Εκκλησία Ιεροσολύμων είχαν αντιπροσωπεύσει στη Σύνοδο αυτή ο Ιουβενάλιος και την Εκκλησία Αντιοχείας ο Μάξιμος. Μετά από φιλονικία για τις γνωστές διαφορές δικαιοδοσίας κατέληξαν σε συμφωνία, πού την επικύρωσε και η σύνοδος στην 7η της συνεδρία. Σύμφωνα μ’ αυτή τη συμφωνία η Φοινίκη και η Αραβία έμειναν στον Αντιοχείας, παραχωρήθηκαν δε στον Ιουβενάλιο οι τρεις επαρχίες της Παλαιστίνης, οι λεγόμενες τρεις Παλαιστίνες. Από τότε ο Ιεροσολύμων αναγνωρίστηκε Πατριάρχης με Πέμπτη θέση στη σειρά των πατριαρχών (Ρώμης, Κωνσταντινουπόλεως, Αλεξανδρείας, Αντιοχείας, Ιεροσολύμων).
Από το 444 διέμενε μόνιμα στο Ιεροσόλυμα η αυτοκράτειρα Ευδοκία, (Ευδοκία σημαίνει καλή θέληση, διάθεση, επιδοκιμασία, εύνοια, χάρη) σύζυγος του Θεοδοσίου του Β΄. Η παρουσία της ευνόησε την Εκκλησία Ιεροσολύμων. Ίδρυσε ναούς, ξενώνες, φιλανθρωπικά ιδρύματα, επισκοπείο. Ανοικοδόμησε τα τείχη της Ιερουσαλήμ «και εν τη ευδοκία σου οικοδομηθήτω τα τείχη Ιερουσαλήμ». Έθεσε τα θεμέλια του ναού του Αγίου Στεφάνου προς βορρά των Ιεροσολύμων κοντά στην πύλη της Δαμασκού. «Εκκλησίας ότι πλείστας τω Χριστώ ωκοδόμησε, μοναστήρια και πτώχεια και γηροκομεία» (Κυρίλλου Σκυθοπολίτου, Βίος οσίου Ευθυμίου). Ασπάστηκε το μονοφυσιτισμό, αλλ’ επέστρεψε στην ορθοδοξία από τον Συμεών τον Στυλίτη και τον Μέγα Ευθύμιο.
