Ένα έτος μετά την παύση των διωγμών, τον Πατριάρχη Ιεροσολύμων Έρμωνα διαδέχτηκε ο Μακάριος ο Α΄ (314-333). Κατατάσσεται μεταξύ των Αποστολικών ανδρών του δ΄ αιώνα. Καταπολέμησε τον Αρειανισμό και έλαβε μέρος στην Α΄ Οικουμενική Σύνοδο το 325. Με τον Α΄ κανόνα αυτής της Συνόδου αποδόθηκε και πάλι τιμητική θέση στον επίσκοπο Ιεροσολύμων, λόγω των Αγίων Τόπων της Πόλεως Αυτής. Ο κανόνας λέγει : «Επειδή συνήθεια κεκράτηκεν, ώστε τον εν Αιλία επίσκοπον τιμάσθω, εχέτω την ακολουθίαν της τιμής, τη Μητροπόλη σωζομένου του οικείου αξιώματος». Η Μητρόπολη, δηλαδή Καισαρείας διατηρείται και δεν δίδεται στον επίσκοπο Ιεροσολύμων Μητροπολιτικό ή Πατριαρχικό αξίωμα, απλώς πρεσβεία τιμής, όπως π.χ. το να προεδρεύει στις συνόδους (ας έχει το προβάδισμα, την προτεραιότητα, τα πρωτεία ανάμεσα στους άλλους επισκόπους υπό τον όρο, ότι η Μητρόπολη της Καισαρείας θα διατηρήσει την Μητροπολιτική της θέση).
Στη Σύνοδο φαίνεται, ότι ο Ιεροσολύμων Μακάριος, μίλησε στον Μ. Κωνσταντίνο για τους ναούς και τα είδωλα των εθνικών πού υπήρχαν πάνω στα Άγια Προσκυνήματα. Αποτέλεσμα αυτής της συνομιλίας ήταν η αποστολή της αγίας Ελένης στους Αγίους Τόπους το επόμενο έτος 326, οπότε εγκαινιάζεται νέα εποχή για την εκκλησία Ιεροσολύμων. Αρχίζουν ανασκαφές για την ανεύρεση του Γολγοθά και του Αγίου Τάφου, πού κατά την Σταύρωση του Χριστού βρισκόταν έξω από το τείχος της πόλεως. «Διό και Ιησούς έξω της πύλης έπαθε». (Εβρ.13,12) Τώρα βρισκόταν εντός του τρίτου τείχους πού είχε ανεγείρει ο Ηρώδης ο Αγρίππας, και τους κάλυπτε ναός της Αφροδίτης. Τους τόπους γνώριζαν καλά οι Χριστιανοί μέχρι το 134 μ.Χ., οπότε κατέφυγαν στην Πέλλα της Δεκάπολης και παρέμειναν μέχρι το 135 μ.Χ. οπόταν επετράπη η επιστροφή στην Ιερουσαλήμ. Οι γεροντότεροι από αυτούς διατηρούσανε στην μνήμη τους τη θέση των Αγίων Τόπων και την γνώρισαν και στους νεώτερους, πού επέστρεψαν. Από το 135-326, οπότε αρχίζουν οι ανασκαφές, στην ιστορία της εκκλησίας Ιεροσολύμων δεν έχουμε χάσματα. Υπάρχουν πάντοτε χριστιανοί, πού γνώριζαν τους Αγίους Τόπους και τώρα καθοδηγούν τους εργάτες της Αγίας Ελένης.
Με τις ανασκαφές ανακαλύφθηκε ο λόφος του Γολγοθά, το σπήλαιο του Αγίου Τάφου μέσα σε βράχο και πολύ πλησίον ο Σταυρός του Χριστού, ο οποίος διακρίθηκε από τους σταυρούς των δύο ληστών με την θαυματουργική θεραπεία μιας άρρωστης γυναίκας. Τμήμα του Τιμίου Σταυρού στάλθηκε στον Μ. Κωνσταντίνο, ο οποίος έδωσε εντολή να ανεγερθεί ένα συγκρότημα ναών και στους τρεις αυτούς τόπους, το οποίο θα υπερέχει από όλους τους άλλους ναούς άλλων πόλεων. Πληροφορίες για τους ναούς αυτούς μας δίδει ο εκκλησιαστικός ιστορικός Ευσέβιος και το Οδοιπορικό της Σιλβίας ή Αιθέριας τον δ΄ αιώνα. Σύμφωνα με αυτές τις πληροφορίες στην τοποθεσία και των τριών αυτών τόπων κτίστηκε μεγάλη Βασιλική της Αναστάσεως του Χριστού. Τα προπύλαια και οι βαθμίδες (Ε) του Ναού αυτού ήταν από ανατολάς, μέσα στην αγορά στο σημείο περίπου, πού είναι σήμερα το ιερό της ρωσικής εκκλησίας του Αγίου Αλεξάνδρου. Αμέσως μετά τα προπύλαια υπήρχε αίθριο, δηλαδή ξέφωτο, αυλή με στοές και δύο εξέδρες. Μετά το ξέφωτο ακολουθούσαν τρεις πύλες, πού οδηγούσαν στον Κυρίως Ναό, στην Κυρίως Βασιλική η Μαρτύριο η Βασιλική του Αγίου Κωνσταντίνου, πού ήταν πεντάκλιτη. Απέναντι από τις τρεις πύλες, στο βάθος της βασιλικής, βρισκόταν το «κεφάλαιο του παντός», δηλαδή η κεφαλή, το σπουδαιότερο σημείο, ένα ημισφαίριο, πού στηριζόταν σε δώδεκα κίονες και κάλυπτε το τρίκογχο ιερό. Πίσω από το Ιερό του Γολγοθά υπήρχε δεύτερο μεγάλο πλακόστρωμα αίθριο. Στη συνέχεια του αιθρίου υπήρχε κυκλικό Μαρτύριο, τάφος, ιερό, βωμός ή μνημείο, πού περιέκλειε τον Πανάγιο Τάφο, ο οποίος στεγαζόταν από χρυσό κουβούκλιο. Πέριξ του Μαρτυρίου υπήρχε ο τρίτος Ναός, κυκλοτερής (ροτόντα), πού ονομαζόταν «Ανάσταση» ή «Ναός της Αναστάσεως».
Εκτός από τους τρεις ναούς πού ανήγειρε η Αγία Ελένη στον τόπο της Σταύρωσης και της Ανάστασης του Χρηστού, η Αγία Ελένη ίδρυσε και άλλους, σε τόπους, πού συνδέονταν με την ζωή του Χριστού:
1. ναό στο Υπερώο της Σιών
2. ναό στον τόπο της Ανάληψης
3. ναό στο σπήλαιο της Γέννησης στην Βηθλεέμ
4. ναό στους τάφους των Πατριαρχών στη Χεβρώνα (Χαλίλ, αραβιστί)
5. ναό στον τόπο του ευαγγελισμού των Ποιμένων (Μπεϊτ Σαχούρ)
6. ναό τάφο του Αγίου Γεωργίου στη Διόσπολη η Γεωργιούπολη
7. ναό στο Θαβώρ
