Το πρώτο μοναστήρι στην Παλαιστίνη ήταν του Αγίου Ιλαρίωνα, μαθητού του Αγίου Αντωνίου. Χτίστηκε γύρω στα 328 στην περιοχή της Γάζας όχι σαν οργανωμένο κοινόβιο με κοινές διατάξεις, πού καθόριζαν τα καθήκοντα των μοναχών και τις σχέσεις τους με τον ηγούμενο, αλλά σαν σύνολο από πολλά κελιά εγκατεστημένα στην έρημο με κέντρο το κελί του Αγίου Ιλαρίωνα. Δεν υπήρχε κοινός μοναστηριακός ναός. Οι μοναχοί εκκλησιάζονταν στους ναούς των γειτονικών πόλεων. Σε ορισμένες εποχές του έτους τους επισκεπτόταν ο Άγιος Ιλαρίωνας, τους νουθετούσε και τους χειραγωγούσε. Προσπαθούσε να συνδέει την ζωή των μοναχών με την ευεργετική δράση και επίδραση στον κόσμο. Κήρυττε, βάπτιζε, θεράπευε, επισκεπτόταν μαζί με μοναχούς τους οίκους των πιστών και αγίαζε τα έργα τους.
Στην ίδια περίπου εποχή (330) ίδρυσε στη Φαράν (σημερινό ΄Αϊν Φάρα) μεγάλη λαύρα ο Άγιος Χαρίτων. Ο τρόπος ζωής της λαύρας ήταν διαφορετικός από τον τρόπο ζωής των μοναχών του Αγίου Ιλαρίωνα. Στην Λαύρα ήταν τα κελιά συγκεντρωμένα, οι μοναχοί είχαν άμεση επαφή με τον ηγούμενο και συγκεντρώνονταν σε ορισμένες ώρες της ημέρας για κοινή προσευχή στον κοινό ναό της Λαύρας. Επειδή ο άγιος ήθελε περισσότερη ησυχία, αναχώρησε και ήρθε στο Σαραντάριο όρος, όπου αναγκάστηκε να κτίσει νέα Λαύρα, την γνωστή με το όνομα Δούκα, επειδή προσήλθαν κι εδώ άλλοι μοναχοί ζητώντας του να αναλάβει την πνευματική τους καθοδήγηση. Θέλοντας περισσότερη ησυχία, αναχώρησε πάλι ο Άγιος για τα σπήλαια της Θεκωέ, παρά την Νεκρά θάλασσα, όπου ίδρυσε και Τρίτη Λαύρα με το όνομα «Παλαιά Λαύρα» ή «Λαύρα του Σουκά», επειδή κι εδώ κατέφθασαν μοναχοί. Τον υπόλοιπο χρόνο της ζωής του έζησε ως αναχωρητής σε κοντινό σπήλαιο. Συνετέλεσε πολύ στην διάδοση του μοναχισμού και στην εξάπλωση του μοναχισμού στην Παλαιστίνη.
Στην ίδια περίπου εποχή (326 και εξής) συγκροτείται ιδιαίτερο τάγμα από μοναχούς, οι οποίοι έχουν ως κύριο έργο τους την προσευχή και την διακονία στους τόπους των παθημάτων του Χριστού, όπου είχε ιδρυθεί ο Ναός της Αναστάσεως. Αυτοί είχαν την φροντίδα για την τέλεση των αγρυπνιών και άλλων τελετών. Επειδή δε σπούδαζαν (δηλαδή επαγρυπνούσαν, καταγίνονταν, ασχολούνταν επιμελώς με αυτό το έργο) γι’ αυτό ονομάσθηκαν «Σπουδαίοι» ή «Τάγμα των Σπουδαίων», πού στην αρχή είχαν τα κελιά τους στην τοποθεσία του «Πύργου του Δαυίδ» ύστερα δε κοντά στον Ναό της Αναστάσεως, στον οποίο εισέρχονταν από εσωτερική πύλη. Οι ανάγκες του έργου των «Σπουδαίων» γέννησαν τα διάφορα διακονήματα, όπως του «Σταυροφύλακος» πού είχε την Ευθύνη για τη φύλαξη του Τιμίου Σταυρού και του «Σκευοφύλακος» πού είχε την ευθύνη για τη φύλαξη γενικά των Ιερών σκευών. Η Αγιοταφιτική Αδελφότητα έχει τις αρχές της στο τάγμα αυτό των Σπουδαίων. Ιστορικές μαρτυρίες γι’ αυτό μας δίνουν ο Κύριλλος Ιεροσολύμων ο Κατηχητής και η Σύλβια στο οδοιπορικό της του δ΄ αιώνα.
Ο Ωριγένης (185-254) είναι από τους πιο μεγαλοφυείς άνδρες της ανθρωπότητας και από τους πιο μεγάλους εκκλησιαστικούς συγγραφείς. Πιθανόν να είναι ο πολυγραφότερος συγγραφέας όλων των αιώνων. Έγραψε τόσα πολλά πού λίγοι άνθρωποι θα μπορούσαν να τα διαβάσουν σ’ όλη τους τη ζωή. Τα έργα του είναι κριτικά, (αποκάθαρση και διόρθωση του κειμένου της Παλαιάς και Καινής Διαθήκης), ερμηνευτικά, δογματικά, αντιαιρετικά. Αναζητεί την αλήθεια στα έργα του αυτά χρησιμοποιώντας την Ελληνική φιλοσοφία και την αλληγορική μέθοδο, την βίβλο και την εκκλησιαστική παράδοση, προσπαθώντας να συνδυάσει γνώση και πίστη και τονίζοντας το πνεύμα του μαρτυρίου και της χριστιανικής αγάπης. Στην προσπάθειά του αυτή υπέπεσε σ’ ορισμένες πλάνες, οι οποίες έβλαψαν κυρίως γιατί χρησιμοποιήθηκαν από τους οπαδούς του, για να στηρίζουν δικές τους απόψεις. Σωστά χρησιμοποιώντας το έργο του Ωριγένη ο Μέγας Αθανάσιος και οι Καππαδόκες πατέρες παίρνοντας και προβάλλοντας ό,τι ωφελούσε και συμφωνούσε με την αγία Γραφή και την Παράδοση της Εκκλησίας και αφήνοντας κατά μέρος ό,τι έβλαπτε και ήταν αντίθετο σ’ αυτή. Ήταν δηλαδή εκλεκτικοί. Πίστευαν από τις εσφαλμένες απόψεις του Ωριγένη είναι :
1. Διδασκαλία προΰπαρξης των ψυχών
2. Διδασκαλία περί μετεμψύχωσης
3. Άρνηση ανάστασης των σωμάτων
4. Άρνηση ύπαρξης πραγματικής κολάσεως και πραγματικού παραδείσου
5. Διδασκαλία αποκατάστασης των πάντων (συγχώρησης όλων κι αυτού ακόμα του διαβόλου).
Οι διδασκαλίες του αυτές χρησιμοποιήθηκαν με διάφορους τρόπους από τους οπαδούς και τους αντιπάλους του.
Αδιάλλακτος αντίπαλος του Ωριγένη ήταν ο Επιφάνιος από την Ελευθερούπολη της Παλαιστίνης, μαθητής του Αγίου Ιλαρίωνα και μετέπειτα επίσκοπος Σαλαμίνας της Κύπρου. Είχε αγιότητα βίου και μόρφωση μεγάλη, πού απόκτησε μόνος του και όχι σε σχολές, γι’ αυτό και δεν μπόρεσε να εννοήσει τα συγγράμματα του Ωριγένη, όπως οι μεγάλοι πατέρες της Εκκλησίας. Θεωρούσε υπό της ελληνικής παιδείας «τυφλωθέντα» και τον αποκαλούσε αρχηγέτη όλων των αιρέσεων. Όταν το 392 ήρθε για επίσκεψη στην Ιερουσαλήμ, βρήκε σύμμαχο τον Ιερώνυμο, μεταφραστή της Αγίας Γραφής στην Λατινική και κάτοικο τότε της Βηθλεέμ. Χωρίς να ανακοινώσει τίποτε προηγουμένως στον επίσκοπο Ιεροσολύμων Ιωάννη, επιτέθηκε με σφοδρότητα εναντίον των Ωριγενιστών σε ομιλία του στο Ναό της Αναστάσεως και απαίτησε την καταδίκη του Ωριγένη. Ο Ιωάννης απόκρουσε την πρόταση λέγοντας ότι ναι μεν υπάρχουν εσφαλμένες απόψεις στον Ωριγένη, αλλά στο σύνολό του είναι άνδρας πιστός και ευσεβής. Μετά από αυτό ο Επιφάνιος ήρθε σε μοναστήρι, πού είχε ιδρύσει στην Ελευθερούπολη και ανέλαβε αγώνα κατά του Ιωάννη συμβουλεύοντας τους μοναχούς της περιοχής να διακόψουν την επικοινωνία μ’ αυτόν. Επί πλέον συνέπραττε με τον Ιερώνυμο, τον αδελφό του οποίου χειροτόνησε αντικανονικά σε πρεσβύτερο.
Ο Ιερώνυμος παρέμενε στην Βηθλεέμ, αλλ’ η ωριγενιστική έριδα μεταφέρθηκε στη Ρώμη, γιατί εκεί είχε μεταβεί άλλος εκκλησιαστικός συγγραφέας της Δύσης, πού έμενε στο όρος των Ελαιών, ο Ρουφίνος, ο οποίος μετέφρασε στην Λατινική το έργο του Ωριγένη «περί Αρχών» και στην εισαγωγή κατέταξε τον Ιερώνυμο μεταξύ των θαυμαστών του Ωριγένη. Ο Ιερώνυμος αντεπετέθηκε με επιστολές ανέμεινε τον επίσκοπο της Ρώμης Αναστάσιο και Ιεροσολύμων Ιωάννη και συνέχισε τον αγώνα μέχρι το 402, οπότε επενέβη ο επίσκοπος Ιππώνος της Αφρικής, ιερός Αυγουστίνος, και κατεύνασε τα πνεύματα υποδεικνύοντας το άτοπο των διαπληκτισμών, μάλιστα μεταξύ εκκλησιαστικών ανδρών.
Ο Ιερώνυμος, δυστυχώς, δεν υποχώρησε, αλλά βρήκε σύμμαχο τον Θεόφιλο, επίσκοπο Αλεξανδρείας, άνδρα ευμετάβολο και πρώην Ωριγενιστή, πού κατέστρεψε ορισμένες μονές Ωριγενιστών στην Αίγυπτο και έπειτα τους κατεδίωξε. Αυτοί ζήτησαν καταφύγιο στην εκκλησία των Ιεροσολύμων, αλλά επειδή δεν έγιναν δεκτοί, ζήτησαν την προστασία του Αγίου Ιωάννη του Χρυσοστόμου στην Κωνσταντινούπολη. Όταν ο Θεόφιλος κλήθηκε στην Κωνσταντινούπολη, για να απολογηθεί συμπαράσυρε και τον Επιφάνιο επίσκοπο Σαλαμίνας, ο οποίος ήρθε στην Κωνσταντινούπολη, αλλά αναχώρησε αμέσως και στην επιστροφή του το 403 απέθανε. Παρέμεινε ο Θεόφιλος, πού με τις ραδιουργίες του κατόρθωσε να εκθρονιστεί ο Άγιος Ιωάννης ο Χρυσόστομος, να εξοριστεί δύο φορές και να πεθάνει στην εξορία στην Κουκουσό το 407. Από την εξορία ο Ιωάννης ο Χρυσόστομος έγραψε επιστολές στον Ιωάννη Ιεροσολύμων. Από τα παραπάνω αποσπάσματα των επιστολών εκείνων φαίνεται η αγάπη μεταξύ των δύο ανδρών και η εκτίμηση, πού έτρεφε ο Άγιος Ιωάννης ο Χρυσόστομος προς τον Ιωάννη των Ιεροσολύμων, για τους αγώνες του υπέρ της ειρήνης της εκκλησίας «απωκίσθημεν εις Κουκουσόν, της δε αγάπης της υμετέρας ου μετωκίσθημεν» Δηλαδή, μεταφερθήκαμε με τη βία στην Κουκουσό, από την αγάπη όμως προς το πρόσωπό σας δεν μετατεθήκαμε, γιατί το πρώτο εξαρτάτο από άλλους, το δεύτερο, όμως, από εμάς. «Παρακαλούμεν υμών την ευλάβειαν, την ανδρείαν, ην εξ αρχήν επεδείξασθε… ταύτην και νύν διατηρείντο». »’Ισμεν (γνωρίζουμε), όσην περί ημάς αγάπην επιδείκνυσαι, δια των πραγμάτων αυτών μαθόντες».
Οι Ωριγενιστικές έριδες έληξαν προς στιγμήν με το θάνατο του Ιερωνύμου το 410 στην Μεσσήνη της Σικελίας.
