Είχαμε πεί ότι υπήρξαν ταραχές στην εκκλησία των Ιεροσολύμων αμέσως μετά την Δ΄ Οικουμενική Σύνοδο (451), ενώ ακόμη πατριάρχης Ιεροσολύμων ήταν ο Ιουβενάλιος. Επίσης ότι ο Βασιλικός εξέδωσε τον Εγκύκλιο κατά της Δ΄ Οικουμενικής Συνόδου. Ο αυτοκράτορας Ζήνωνας πού έκτισε την εκκλησία της Θεοτόκου στο Γαριζίν, χάραξε ενωτική πολιτική για χάρη της ενότητας του κράτους. Για να ικανοποιήσει και τις δύο μεριές, εξέδωσε το λεγόμενο «Ενωτικό» (482), το οποίο καταδίκαζε τον Νεστόριο και τον Ευτυχή, όριζε την ένωση των δύο φύσεων του Χριστού, χωρίς όμως να κάνει λόγο για μια ή δύο φύσεις μετά την ένωση. Δεχόταν τις αποφάσεις της Συνόδου της Χαλκηδόνας, χωρίς όμως να την μνημονεύει σαν Οικουμενική. Παραμέριζε τη φράση «εν δύο φύσεσι» πού σκανδάλιζε τους μονοφυσίτες και τη μια φράση «μια φύσις» πού σκανδάλιζε τους ορθοδόξους. Ζητούσε, δηλαδή τη μέση οδό και επέβαλε την παύση συζητήσεων του θέματος.
Όσοι από τους μονοφυσίτες δεν δέχτηκαν τη συμβιβαστική λύση, αποσπάστηκαν από τον μονοφυσίτη επίσκοπό τους Πέτρο τον Μογγό και γι’ αυτό ονομάστηκαν «ακέφαλοι». Την τακτική του Ζήνωνα επέκτεινε στα άκρα ο διάδοχός του μονοφυσίτης αυτοκράτορας Αναστάσιος ο Δίκορος (491-518). Από τον σύγχρονό του Πατριάρχη Ιεροσολύμων Ηλία Α΄ (494- 516), για τον οποίο κάναμε λόγο, ζήτησε την καταδίκη της Δ΄ Οικουμενικής Συνόδου με τοπική Σύνοδο. Ο Πατριάρχης του έστειλε αντί της καταδίκης θαρραλέα ομολογία πίστεως και συνάμα τον άγιο Σάββα σε ηλικία 73 ετών το 512, μαζί με άλλους ηγουμένους, για να προλάβει ενδεχόμενες αυτοκρατορικές αποφάσεις με συνέπειες. Ο άγιος Σάββας εξήγησε στον Αναστάσιο την στάση του πατριάρχου Ηλία, τον καταπράυνε, με αποτέλεσμα να αναβάλει κάθε καταδίωξη προς το παρόν, και τον προδιάθεσε ευνοϊκά, ώστε να δώσει διάφορες δωρεές στα μοναστήρια της Παλαιστίνης και να τα απαλλάξει από βαριές φορολογίες.
Κατά την παραμονή του ο άγιος Σάββας στην Κωνσταντινούπολη μετέστρεψε πολλούς μονοφυσίτες μοναχούς στην ορθοδοξία. Αυτά ήταν τα ευεργετικά αποτελέσματα της πρώτης αποστολής του αγίου Σάββα στην Κωνσταντινούπολη, πού οφειλόταν στον σεβασμό, πού έτρεφαν προς τη μορφή του αγίου Σάββα αυτοκράτορες, αξιωματούχοι, κληρικοί και απλοί μοναχοί.
Δυστυχώς όμως οι διαθέσεις του αυτοκράτορα κράτησαν μόνο , όσο διάστημα ήταν ο άγιος Σάββας στην Κωνσταντινούπολη. Μετά την αναχώρησή του ο Αναστάσιος εξόρισε τον ορθόδοξο Πατριάρχη Αντιοχείας, διόρισε τον μονοφυσίτη Σεβήρο και απαίτησε να τον αναγνωρίσει ο Ιεροσολύμων Ηλίας. Τότε ο Άγιος Σάββας συγκέντρωσε τους μοναχούς της ερήμου στα Ιεροσόλυμα, εξήγειρε το λαό και αναθεμάτισε τον αυτοκράτορα και τον Σεβήρο. Αυτό είχε σαν συνέπεια την εξορία του Ιεροσολύμων Ηλία στην Αιλάν (Εϊλάτ) το 516 και την εκλογή του Ιωάννου του Γ΄, επειδή δέχτηκε να επικοινωνήσει με τους μονοφυσίτες. Εκ των υστέρων όμως μεταπείστηκε από τον άγιο Σάββα ο νέος πατριάρχης και επακολούθησε δεύτερος αναθεματισμός του αυτοκράτορα και των οπαδών του στα ναό του αγίου Στεφάνου στα Ιεροσόλυμα από πλήθη λαού και 10.000 μοναχούς με πρωταίτιους τον άγιο Σάββα και τον άγιο Θεοδόσιο. Ο λόγος του αναθεματισμού ήταν η απαίτηση του αυτοκράτορα να καταδικαστεί η Δ΄ οικουμενική Σύνοδος. Τις τιμωρίες του Πατριάρχη και των μοναχών γι’ αυτές τις ενέργειες ανάκοψε ο θάνατος του Αναστασίου το 518, έτος θανάτου και του πατριάρχη Ηλία στην εξορία.
Διαφορετική πολιτική έναντι της ορθοδοξίας ακολούθησαν οι διάδοχοι του Αναστασίου αυτοκράτορες Ιουστίνος (518-527) και Ιουστινιανός (527-565), επί της αυτοκρατορίας των οποίων απορρίφτηκε το ενωτικό και αποκαταστάθηκε η Δ΄ Οικουμενική.
Στην αρχή της αυτοκρατορίας του Ιουστινιανού συντάραξε η εκκλησία της Παλαιστίνης η στάση των Σαμαρειτών και Ιουδαίων. αυτή καταπνίγηκε έγκαιρα, αλλά οι χριστιανοί τιμώρησαν αυστηρά τους Ιουδαίους για όσα είχαν διαπράξει εις βάρος τους. Ο Ιουστινιανός διέταξε τότε την τιμωρία των χριστιανών της Παλαιστίνης. Η αποτροπή αυτή της τιμωρίας ήταν και ο λόγος της δεύτερης αποστολής του αγίου Σάββα στην Κωνσταντινούπολη, το 531, σε ηλικία 92 ετών, από τον πατριάρχη Ιεροσολύμων Πέτρο. ο άγιος Σάββας έγινε δεκτός με σεβασμό και μεγάλες τιμές από τον Ιουστινιανό και την σύζυγό του Θεοδώρα, κατόρθωσε να αποτρέψει την τιμωρία κατά των χριστιανών, να απαλλάξει και απ’ άλλους φόρους τη Α΄ και Β΄ Παλαιστίνη και να αποσπάσει εντολή και οικονομική ενίσχυση από τον αυτοκράτορα για ίδρυση και διακόσμηση νέων ναών και ιδρυμάτων, στα οποία ανέλαβαν την επιστασία της ανοικοδόμησης.
Τα έργα αυτά του Ιουστινιανού, πού έγιναν με τη μεσολάβηση του αγίου Σάββα είναι περίπου τα εξής :
1.Πλουτισμός με κειμήλια του Ναού της Αναστάσεως κι άλλων ναών
2.Ίδρυση του Ναού της Θεοτόκου, ή αλλιώς της Νέας Εκκλησίας στην περιοχή του ναού του Σολομώντα και ξενώνες γύρω από αυτή την Εκκλησία.
3.Ναός της Θεοτόκου στην κατωφέρεια του Όρους των Ελαιών καθώς και στην Ιεριχώ.
4.Ναός του αγίου Γεωργίου στη Διόσπολη (Λύδδα).
5.Ανακαίνιση των μονών της περιοχής του Ιορδάνη, κατασκευή στερνών σ’ αυτά.
6.Ανακαίνιση του ναού του Φρέατος του Ιακώβ και του παρεκκλησίου του Ζήνωνα στο Γαριζίν.
7.Ανέγερση της Μονής του Σινά
