Ο ρώσος αγιοταφίτης Αρσένιος, πού είχε σταλεί για έρανο στη Ρωσία από τον Πατριάρχη Πολύκαρπο (1808 κ. εξ.) πρότεινε πρώτος στον Τσάρο την Ίδρυση ρωσικού μοναστηριού στα Ιεροσόλυμα για την περίθαλψη των ρώσων προσκυνητών. Η πρόταση αυτή επαναλήφθηκε από ρώσους προξένους του Λιβάνου με σκέψεις παραχώρησης από το πατριαρχείο ή αγοράς απ’ αυτό της μονής του Σταυρού ή των αγίων Θεοδώρων και του Αβραάμ. Ο πατριάρχης Αθανάσιος απέκρουσε το σχέδιο αυτό και ανέλαβε με έξοδα της αδελφότητος την επισκευή των αγίων Θεοδώρων γιά τους ρώσους προσκυνητές και της Αγίας Αικατερίνης για τις προσκυνήτριες. Σύνταξε μάλιστα και ειδικό κανονισμό, τον οποίο επικύρωσε η ρωσική κυβέρνηση το 1841.
Ένας έτος αργότερα ο αρχικαγκελάριος της Ρωσίας Νεσελρώφ υπέβαλε στον Τσάρο υπόμνημα, με τον οποίο υποδείκνυε την ανάγκη αποστολής ρώσου κληρικού στα Ιεροσόλυμα «για την υποστήριξη της ελληνικής εκκλησίας στην Παλαιστίνη, εναντίον των προπαγανδιστών». Ο κληρικός αυτός, λόγω της ιδιότητάς του α) «θα μπορούσε να αναμειγνύεται στην κατάσταση της ορθόδοξης εκκλησίας», β) «θα υποδείκνυε στον ελληνικό κλήρο το ενδιαφέρον της ρωσικής εκκλησίας, θα ήταν μεσάζων μεταξύ κλήρου και της ρωσικής συνόδου και μ’ αυτόν τον τρόπο θα τον ενίσχυε ηθικά». Προηγουμένως όμως έπρεπε να σταλεί μυστικά ρώσος κληρικός, για να μελετήσει την κατάσταση εκ του πλησίον, και να εξακριβώσει «αν είναι η παραμονή ρώσου πράκτορα στην Ιερουσαλήμ ωφέλιμη για την ορθόδοξη εκκλησία. Τότε με οποιαδήποτε πρόφαση θα παραταθεί η παραμονή του, υπό τον όρο ότι θα λαμβάνει οδηγίες και θα συνεννοείται με το ρώσο πρόξενο, ούτως ώστε τα θρησκευτικά ζητήματα να συμβιβάζονται προς τα πολιτικά».
Το υπόμνημα αυτό επικύρωσε ο τσάρος (1842) και σύνοδος υπέδειξε ως κατάλληλο πρόσωπο τον Αρχιμανδρίτη Πορφύριο Ουσπένσκι. Από την Πετρούπολη έλαβε οδηγίες «να μεταβεί στην Ιερουσαλήμ με την ιδιότητα του προσκυνητή και μόνο, να μην δώσει καμία υπόνοια, να προσπαθήσει να αποκτήσει την εμπιστοσύνη του ανατολικού κλήρου, για να μάθει έτσι τις πραγματικές ανάγκες της Εκκλησίας Ιεροσολύμων και τον τρόπο σκέψεων και ενεργειών των ορθοδόξων, να μην δώσει καμία διαταγή, να μελετήσει με ποια μέτρα θα επιτευχθεί η αναγέννηση και η ευημερία της εκκλησίας της Παλαιστίνης και να υποβάλει έκθεση για όλα αυτά στο ρώσο πρεσβευτή της Κωνσταντινούπολης, αφού προηγουμένως συζητήσει μ’ αυτόν το σχέδιο της έκθεσης και ιδιαίτερα τα σημεία διαφορετικών απόψεων». Οι κρίσεις του πρεσβευτή θα ήταν «γνώμονας για την αξιολογία των προτάσεων του κληρικού, επειδή ο πρεσβευτής γνωρίζει καλλίτερα τα εκκλησιαστικά και πολιτικά ζητήματα».
Παρόμοιες οδηγίες έλαβε ο Πορφύριος Ουσπένσκι και από τη ρωσική πρεσβεία της Κωνσταντινούπολης. Απ’ αυτήν του υποδείχθηκε επιπλέον να λάβει πληροφορίες και από τους ιθαγενείς, να κάνει λόγο για την εκκλησία και όχι για τη Ρωσία, για να μη φανερωθεί ότι υπό θρησκευτικά προσχήματα κρύβονται πολιτικοί σκοποί, να μην ελέγχει τον κλήρο για τις ελλείψεις του, αλλά να διδάσκει με το παράδειγμά του.
Δυστυχώς όμως ο Πορφύριος από την αρχή της αποστολής του σκέφτηκε να συντάξει πρόγραμμα ανατροπής των εκκλησιαστικών καθεστώτων της Ανατολής. Μόλις έφθασε στη Συρία τον Οκτώβριο του 1843 σκέφτηκε να δημιουργήσει αραβικό ζήτημα. Φρόντισε να βρεί πηγές και ελλείψεις του ανατολικού κλήρου και να τις μεγαλοποιεί. Οι κρίσεις του για πρόσωπα και καταστάσεις εξαιτούνταν από μονομερείς και ανεξακρίβωτες πληροφορίες και από στιγμιαίες ψυχικές διαθέσεις.
Όταν το Δεκέμβριο του 1843 έφθασε στα Ιεροσόλυμα, δε δέχτηκε να παραμείνει στο πατριαρχείο αλλά πήγε στη μονή των αγίων Θεοδώρων πού ήταν για τους ρώσους προσκυνητές. Ο σκοπός του ήταν ήδη γνωστός, γι’ αυτό και αντιμετωπίστηκε από την αδελφότητα με δυσπιστία. Αυτό τον εξερέθισε, του έβαλε μίσος κατά του ελληνικού κλήρου, του οποίου την ηθική ζωή περιέγραφε με ζοφερά χρώματα. Τον αραβικό λαό επαινούσε, αλλά και κατέκρινε ως εμπορευόμενο την θρησκεία του. Προσπαθούσε, όπως και ετερόδοξοι, να του εμβάλει τη φυλετική, ότι δηλαδή εφόσον μιλάει την αραβική, δεν ήταν ελληνικής καταγωγής και άρα πρέπει να εξεγερθεί κατά την ιεραρχίας και της αδελφότητος. Για τη στάση της αδελφότητος έναντι του σχεδίου ιδρύσεως ρωσικής αποστολής και γενικά για «Όλα τα συμβαίνοντα σ’ αυτή, έπαιρνε πληροφορίες από το Βούλγαρο μητροπολίτη Βηθλεέμ Διονύσιο.
Επιστρέφοντας στην Κωνσταντινούπολη το 1844 έδωσε στο ρώσο πρεσβευτή δύο εκθέσεις, στις οποίες περιέγραψε ως οικτρή την κατάσταση της εκκλησίας Ιεροσολύμων και υποδείκνυε την αποστολή ρώσου επισκόπου με συνοδεία μορφωμένων κληρικών για την εξυγίανσή της. Η αποστολή αυτή θα διηύθυνε τη σύνοδο και την αγιοταφιτική αδελφότητα. Πρότεινε επιπλέον να ιδρυθεί ρωσική σχολή για τη μόρφωση των ιθαγενών, να μαθαίνουν οι ρώσοι κληρικοί την αραβική, για να μεταφράζουν σ’ αυτή ρωσικά βιβλία και να τα διαμοιράζουν στις εκκλησίες Συρίας Παλαιστίνης και Αιγύπτου. Να ιδρυθεί ακόμη Σχολή ζωγραφικής φιλανθρωπικά καταστήματα και να γίνουν προσπάθειες για την ένωση των ουνιτών με τη ορθοδοξία. Ως έδρα της επισκοπής όριζε τη Μονή των Αρχαγγέλων των Ιεροσολύμων και υποδείκνυε ανεξαρτησία από το μέλλον ρωσικό προξενείο. Η έκθεση του Ουσπένσκι διαβιβάστηκε στη ρωσική σύνοδο από τον πρεσβευτή και με προσωπικές του παρατηρήσεις.
Ενώ προωθούσε τα σχέδια αυτά ο Ουσπένσκι, πέθανε ο πατριάρχης Αθανάσιος (1844), αφού ξόφλησε το χρέος της αδελφότητος και ίδρυσε εφτά σχολές στην Ιερουσαλήμ, Γιάφφα, Ναζαρέτ και Πτολεμαΐδα. Ως διάδοχό του το Θαβωρίου Ιερόθεο, ο οποίος υποχρεώθηκε να παραιτηθεί από την Υποψηφιότητά του, ύστερα από διαβήματα αντιπάλων του στη ρωσική πρεσβεία Κωνσταντινούπολης.
Με ενέργειες της πρεσβείας αυτής ορίστηκε για πρώτη φορά, ύστερα από πολλούς αιώνες να γίνεται η εκλογή του πατριάρχου Ιεροσολύμων όχι στην Κωνσταντινούπολη από τους προκρίτους του Γένους και την εκεί σύνοδο και μάλιστα ύστερα από υπόδειξη του προηγούμενου πατριάρχη, αλλά στην Ιερουσαλήμ από την Αγιοταφιτική αδελφότητα. Σ’ αυτό το σημείο ο Ουσπένσκι λέγει ότι : «η απώλεια του δικαιώματος εκλογής εν Κωνσταντινούπολη θα παραγάγει κόμματα εν τη αδελφότητα, εν εκλογή θα αναφαίνωνται ασυμφωνίαι, έριδες, ραδιουργίαι, δεκασμοί, Πάσα δε οικία μερισθείσα καθ’ εαυτήν καταστραφήσεται».
Ως διάδοχος του Αθανασίου εκλέχτηκε από την Αφελφότητα ο Κύριλλος Β΄ (1845-1872). Στο εξής ο πατριάρχης διέμενε στην Ιερουσαλήμ και επόμενο ήταν να δημιουργηθεί προβλήματα σχέσεων πατριάρχη και αδελφότητος. Η σχέση αυτή δεν πρέπει να είναι ούτε απολυταρχική εκ μέρους του πατριάρχη ούτε αυτονομιστική εκ μέρους της συνόδου ως αντιπροσώπου της αδελφότητος. Η συνοδική παράδοση της ορθοδοξίας πρέπει να είναι γνώμονας γι’ αυτή τη σχέση. Ο πατριάρχης Κύριλλος έκλινε ως εκ χαρακτήρος προς την απολυταρχία, διέθεσε όχι με υπευθυνότητα ορισμένες προσόδους του πατριαρχείου, επέτρεψε ιδιόρρυθμη ζωή στην αδελφότητα, μερίμνησε όμως για την παιδεία, ίδρυση σχολών και μόρφωση κληρικών.
Εν των μεταξύ ο Ουσπένσκι ανέλαβε περιοδεία στα μοναστήρια του Σινά, της Αιγύπτου και του αγίου Όρους. Συγκέντρωσε πολύτιμο υλικό για επιστημονικές εργασίες από τις από τις βιβλιοθήκες, αλλά αφαίρεσε και πολλά φύλλα κωδίκων, πού φυλάσσονται στις βιβλιοθήκες της Ρωσίας. Το 1845 ήρθε στην Πετρούπολη και πέτυχε έγκριση για ίδρυση της αποστολής, όχι όμως και τη χειροτονία του σ’ επίσκοπο. Ως σκοπός της αποστολής ορίστηκε η τέλεση μεγαλοπρεπών τελετών, η ανύψωση του επιπέδου του κλήρου και η προσέλκυση στην ορθοδοξία της μερίδας του λαού, πού ταλαντεύεται στην πίστη μας.
Ο Πορφύριος, δυσαρεστημένος από τις οδηγίες αυτές, ήρθε και εγκαταστάθηκε στη Μονή των Αρχαγγέλων ως αρχηγός της αποστολής το Φεβρουάριο του 1848. Κρύπτοντας τους σκοπούς του, απόχτησε την εμπιστοσύνη του πατριάρχη Κυρίλλου και της αδελφότητος, εισήλθε σ’ όλες τις λεπτομέρειες της ζωής τους και τις κατέγραψε μ’ επιμέλεια στο Ημερολόγιό του πού εκδόθηκε έπειτα σ’ οκτώ τόμους. Θεώρησε ευτυχή τον εαυτό του, γιατί έγινε «ο πρωτεργάτης της πνευματικής μορφώσεως δύο ορθοδόξων λαών, του αραβικού και βουλγαρικού». Έγινε συνεργάτης και σύμβουλος του πατριάρχη Κυρίλλου και σ’ άλλα θέματα και στην επανίδρυση της Σχολής των Ιεροσολύμων, της οποίας η διεύθυνση ανατέθηκε στο Διονύσιο Κλεόπα το 1849.
Ο Κλεόπας ήταν άριστος επιστήμονας, έγινε αναγεννητής των γραμμάτων στην Ιερουσαλήμ, εξέδωσε πολλά επιστημονικά έργα και με δικές τους προτάσεις ο πατριάρχης Κύριλλος ίδρυσε τυπογραφείο στην Ιερουσαλήμ (1853), σχολές στην ύπαιθρο και τη Σχολή του Σταυρού. Με ενέργειες του Πορφύριου έφθασαν στην Ιερουσαλήμ ο Χάρτης και τα τυπογραφικά στοιχεία και τυπώθηκαν στην αραβική ο Απόστολος και η Κατήχηση (1854). Ο Πορφύριος επεξέτεινε την δραστηριότητά του στη διανομή χρημάτων, στην περιποίηση των δυσαρεστημένων και του πατριαρχείου και στη δημιουργία εθνικής συνείδησης των αραβορθοδόξων. καλές σχέσεις σύναψε και με τους ετεροδόξους. Την Ιερουσαλήμ εγκατέλειψε το 1854 λόγω της εκρήξεως του Κριμαϊκού πολέμου.
