Ως διάδοχος του Δοσιθέου εκλέχτηκε ο ανεψιός του Χρύσανθος Νοταράς σε σύνοδο στην Κωνσταντινούπολη από κληρικούς και λογάδες (εκλεκτούς, προκρίτους) του έθνους. Η προσωρινή αυτή παρέμβαση στα διοικητικά άλλης τοπικής εκκλησίας μάλλον επιβαλλόταν από τις δύσκολες περιστάσεις, πού επικρατούσαν τότε στην Ιερουσαλήμ. Όταν μετά δύο έτη έφθασε στην Ιερουσαλήμ (1709) συγκάλεσε σύνοδο αγιοταφιτών, στην οποία καθορίστηκαν οι αρχιερατικές επαρχίες του θρόνου των Ιεροσολύμων, σύμφωνα με την τάξη, πού επικρατούσε μέχρι τότε. Σε μεταγενέστερους χρόνους επήλθαν ορισμένες τροποποιήσεις. Στη συνοδική πράξη αναφέρεται ότι «εν των παρόντι αιώνι μητροπολίται του θρόνου των Ιεροσολύμων εισίν ούτοι:
1. Ο Καισαρείας της Παλαιστίνης, Υπέρτιμος (υπέρτιμος: πολύτιμος, τιμητικός τίτλος για τους μητροπολίτες ορισμένων μητροπόλεων της ορθοδόξου Εκκλησίας) και έξαρχος πρώτης Παλαιστίνης.
2. Ο Σκυθοπόλεως, υπέρτιμος και έξαρχος (έξαρχος: αρχηγός, ηγούμενος, κορυφαίος, τιμητικός τίτλος για τους μητροπολίτες ορισμένων μητροπόλεων της ορθόδοξου Εκκλησίας) δευτέρας Παλαιστίνης,
3. Ο Πέτρας, υπέτιμος και έξαρχος τρίτης Παλαιστίνης και Πετραίας Αραβίας,
4. Ο Πτολεμαΐδος, Υπέτιμος και έξαρχος πάσης Φοινίκης,
5. Ο Βηθλεέμ, υπέρτιμος και έξαρχος πάσης Ιουδαίας,
6. Ο Ναζαρέτ, υπέρτιμος και έξαρχος πάσης Γαλιλέας.
Αρχιεπίσκοποι δε:
1. Ο Λύδδης, υπέρτιμος,
2. Ο Γάζης, υπέρτιμος,
3. Ο Σιναίου, υπέρτιμος
4. Ο Ιόππης, υπέρτιμος
5. Ο Νεαπόλεως και Σαμαρείας,
6. Ο Σεβαστείας,
7. Ο Θαβωρίου όρους.
Επίσκοπος δε εις ο Φιλαδελφείας, ός αναφέρεται εις την μητρόπολιν Πέτρας». Αυτά αναφέρονται επί πλέον στο έργο του Χρυσάνθου: «Συνταγμάτιον περί ορίων… και περί των πέντε αγιωτάτων πατριαρχικών θρόνων…». Προέβη έπειτα ο Χρύσανθος στη διευθέτηση ορθής χρησιμοποίησης μεγάλης δωρεάς για τη θρησκευτική αγωγή του ορθοδόξου λαού, καθώς και τον καθορισμό αγιοταφιτών με τους Αρμενίους σε προσκυνηματικά ζητήματα. Υπογράφηκε συμφωνία «πρωτείων των ορθοδόξων έναντι των Αρμενίων, στις ακολουθίες και κυρίως σ’ αυτές του Αγίου Φωτός, κατά την οποία εισέρχεται στον άγιο Τάφο ο πατριάρχης των Ρωμαίων και έπειτα ο Βαρταμπέτης των Αρμενίων.
Όσον αφορά τους Συριάνους, Χαμπεσίους και Κόπτες, αυτοί υποτάσσονται στους Αρμενίους σύμφωνα με την τάξη, πού επικρατούσε πριν από εκατό χρόνια. Για το μοναστήρι του Αγίου Ιακώβου δε θα εγείρουν αξιώσεις οι Ρωμαίοι, εφ’ όσον οι Αρμένιοι τηρούν τους όρους της συμφωνίας». Με τους Λατίνους, οι οποίοι το 1710 είχαν λάβει φιρμάνι επισκευής των προσκυνημάτων, δεν μπόρεσε να έρθει σε συνεννόηση. Ανέλαβε περιοδεία για συλλογή εράνων στην Κωνσταντινούπολη, όπου και απέσπασε διάταγμα ανακαίνισης του μικρού κουβουκλίου (1711). Στο χρονικό αυτό διάστημα αποφάσισε να χειροτονήσει αρχιερείς ορισμένους ηγουμένους παραδουναβείων περιοχών με τον ευνοϊκό όρο να επιστρέψουν και πάλι στα μετόχια, δεν εφήρμοσε όμως την απόφασή του, γιατί η αδελφότητα τη θεώρησε άδικη και διαμαρτυρήθηκε. Επιστρέφοντας στα Ιεροσόλυμα έφερε το λείψανο του πατριάρχη Δοσιθέου και το εναπόθεσε στο παρεκκλήσιο των 40 μαρτύρων. Όσον αφορά στην ανακαίνιση των προσκυνημάτων, δέχτηκε να έρθει σ’ επαφή, μετά από πολλούς δισταγμούς και πολλές προσκλήσεις, με τον πρεσβευτή της Γαλλίας στην Κωνσταντινούπολη.
Επειδή οι ορθόδοξοι έφεραν εμπόδια, δεν μπορούσαν οι Λατίνοι να εφαρμόσουν το φιρμάνι του 1710. Ο Χρύσανθος απέκρουσε την πρόταση κοινής επισκευής του Ναού της Αναστάσεως από ορθοδόξους και Λατίνους. Σε πρώτο στάδιο απαίτησε να μείνουν τα πράγματα, όπως έχουν, και σε επόμενες διαπραγματεύσεις δέχτηκε συμφωνία να παραμείνουν άθικτα τα συνολικά μέρη του Ναού και κάθε φυλή να ανακαινίσει τους δικούς της εξιδιασμένους χώρους (ειδικούς). Η συμβιβαστική αυτή λύση ήταν τελική και η ορθή, για να αρχίσει να μειώνεται η ένταση της διαμάχης.
Η τακτική αυτή των επισκευών των ειδικών χωρών από την κοινότητα, στην οποία ανήκουν, ακολουθείται μέχρι σήμερα. Οι κοινοί όμως χώροι επισκευάζονται και από τις τρεις κοινότητες μαζί. τότε κατόρθωσε ο πατριάρχης Χρύσανθος να εκδώσει διάταγμα ανακαίνισης από τους ορθοδόξους και το χώρο εντός και εκτός του Ναού, πού δεν ανήκαν σε κανένα. Αυτό έγινε μέσω των Οθωμανικών αρχών μετά την πρώτη συμφωνία. Οι ανακαινιστικές εργασίες κράτησαν δύο έτη περίπου (1719-20)χωρίς κανένα επεισόδιο μεταξύ των Λατίνων και των ορθοδόξων. Έφοροι των επισκευών και των τριών φυλών ήταν οι ορθόδοξοι. Αργότερα ο πατριάρχης Χρύσανθος ανακαίνισε τη Μονή των Αρχαγγέλων. Συγγράμματα του Χρυσάνθου: Εισαγωγή εις τα γεωγραφικά και σφαιρικά: Ιστορία και περιγραφή της αγίας Γης και της Αγίας Πόλεως Ιερουσαλήμ.
Εκτός από το Ναό της Αναστάσεως ο πατριάρχης Χρύσανθος ενήργησε να επισκευαστεί το πατριαρχείο και άλλες μονές εντός και εκτός των Ιεροσολύμων. Προέβηκε επιπλέον στην ίδρυση πνευματικών ιδρυμάτων, πού ήταν απαραίτητα για την ορθόδοξοι χριστιανική παιδεία του ορθοδόξου λαού και την προφύλαξή του από τον λατινικό προσηλυτισμό. Έτσι το 1722 ίδρυσε τη Σχολή της Ιόππης και έλαβε ενεργό μέρος στη Σύνοδο της Κωνσταντινουπόλεως, πού καταδίκασε πλάνες του λατινισμού, όπως το πρωτείο και το αλάθητο του πάπα, το φιλιόκβε και τα άζυμα.
Το 1729 προέβηκε στη σύσταση νοσοκομείου του αγίου Γεωργίου (μεταξύ της Μονής των Αρχαγγέλων και των Φραγκισκανών) για «τη θεραπεία καί την περίθαλψη των ασθενών και αδυνάτων πατέρων και των επιδημούντων προσκυνητών, πού προσβάλλονται από ασθένειες, μέχρι να επανακτήσουν την υγιεία τους». Ο ίδιος ο πατριάρχης διόρισε ηγούμενο του νοσοκομείου με βοηθό ιερομόναχο, καντηλάπτη, πορτάρη και δύο μοναχές για την υπηρεσία των αρρώστων με την ανάλογη μα μικρή ετήσια αντιμισθία για τον κάθε ένα, και σύνταξε και κανονισμό για τον τρόπο λειτουργίας του. Οι δαπάνες της ίδρυσης και της συντήρησης καλύφθηκαν από δωρεά 5.000 γροσίων κάποιου ευσεβούς Νικολάου Καρά. Το υπόλοιπο της δωρεάς «δόθηκε στο κοινό ταμείο του πατριαρχικού θρόνου, ήτοι το λεγόμενο Σεντούκιο της ιεράς συνάξεως για φύλαξη».
Το 1731, μετά από πατριαρχεία 24 ετών, πέθανε ο πατριάρχης Χρύσανθος στην Κωνσταντινούπολη, αφού προηγουμένως συνέγραψε το έργο «Διδασκαλία ωφέλιμος περί μετανοίας και εξομολογήσεως» και αφού υπέδειξε ως διάδοχο του το μητροπολίτη Καισαρείας Μελέτιο. Χωρίς αμφιβολία το σημαντικότερο έργο της πατριαρχείας του Χρυσάνθου ήταν η επισκευή του Ναού της Αναστάσεως, με την οποία οι ορθόδοξοι επανάκτησαν μέρος των δικαιωμάτων τους.
