Διάδοχος του Θεοφάνη εκλέχτηκε ο Παΐσιος, από τους αγιοταφίτες πού βρίσκονταν στη Μολδοβλαχία, προκειμένου να προλάβουν επέμβαση του Κωνσταντινουπόλεως Παρθενίου, ο οποίος ανέκαθεν δεν συμπαθούσε τον Παΐσιο, λόγω ζηλοτυπίας και φιλοχρηματίας, «την ανάγκην όμως φιλοτιμίαν ποιούμενος» έσπευσε να τον χειροτονήσει, μαζί μ’ άλλους τρεις αρχιερείς στο Ιάσιο της Μολδαβίας, το 1645.
Ο Παΐσιος ήταν υποτακτικός του Πατριάρχου Σωφρονίου και ήταν πριν την εκλογή του, ηγούμενος του αγιοταφιτικού μετοχίου στο Ιάσιο. Ήταν ακτήμονας, ζηλωτής των θείων, ανδρείος, εκκλησιαστικός, ειλικρινής, και μεγαλοπρεπής.
Μετά την εκλογή του ζήτησε την επικύρωση των πατριαρχικών του διακιωμάτων από το σουλτάνο Ιμβραήμ και ήρθε στα Ιεροσόλυμα, όπου έγινε δεκτός με μεγάλες τιμές. Ασχολήθηκε αρχικά με το σιναϊτικό ζήτημα, περιόδεψε στις παραδουνάβιες χώρες και τη Ρωσία για πνευματική καθοδήγηση πού υπήρξε πραγματικά επωφελέστατη. Συνεργασία με τον Κωνσταντινουπόλεως Ιωαννίκιο έστειλε εγκύκλιο : « να δίδει ο καθένας χριστιανός πάντων των ρουσφετιών (δωρεών) εν άσπρον την κάθε εβδομάδα από τον κόπον και την δούλευσιν της εβδομάδος… εις τα κουτία εκείνα, όπου θέλει πέμψει ο Μακαριώτατος με τους επιτρόπους του, όπου θέλει καταστήσει επιστάτας εις αυτό». Σ’ άλλη εγκύκλιο λέγει ότι «δίκην αλήτου περιπλανάται από τόπου εις τόπον ζητών ελεημοσύνην παρά των ορθοδόξων, ίνα σώζη τον Άγιον Τάφον».
Η κατάσταση αυτή της μοναχικής φτώχειας και ακτημοσύνης είναι μάλλον συμφερότερη για την εκκλησία από την οικονομική ευχέρεια και άνεση. Η πρώτη κρατάει την εκκλησία κοντά στο πνεύμα του Ευαγγελίου, ενώ η δεύτερη είναι δυνατόν να εκτρέψει σε χαλάρωση και παραμέληση των ιερατικών καθηκόντων. Η εντολή του Χριστού στους μαθητές του ήταν «μη κτήσησθε χρυσόν μηδέ άργυρον χαλκόν εις τας ζώνας υμών, μη πήραν εις οδόν μηδέ δύο χιτώνας μηδέ υποδήματα μηδέ ράβδον» (Ματθ. 10,10).
Με τα ελέη των χριστιανών αντιμετώπισε ο Παΐσιος προβλήματα της τελετής του αγίου Φωτός και της μιας πύλης του σπηλαίου της Βηθλεέμ, πού δημιούργησαν οι Αρμένιοι. Έγινε δίκη στην Κωνσταντινούπολη μεταξύ ορθοδόξων και Αρμενίων από τον Μεχμάτ πασά τον Κιοπρούλη και εκδόθηκε απόφαση να προπορεύονται οι ορθόδοξοι στην τελετή του αγίου Φωτός, να μην δοθεί η πύλη της Βηθλεέμ στους Αρμενίους, να υπάγονται οι Αβυσινοί στον ορθόδοξο πατριάρχη. Στην έκδοση αυτής της σημαντικής απόφασης βοήθησε ο Κωνσταντινουπόλεως Ιωαννίκιος, ο ορθόδοξος λαός της Κωνσταντινουπόλεως, οι προύχοντές του και τα συλλεχθέντα ελέη των χριστιανών. Με την απόφαση αυτή επανακατάλαβαν οι ορθόδοξοι τη Μονή του Αγίου Ιακώβου, αλλά λίγο αργότερα δόθηκε αυτή πάλι στους Αρμενίους με ενέργειες του Σκευοφύλακα Ανθίμου. Την πράξη του αυτή δεν του τη συγχώρεσε ο πατριάρχης ούτε στο θάνατό του. Ενώ βρισκόταν στο μετόχι του Αγίου Τάφου στην Κωνσταντινούπολη κατηγορήθηκε από τους Αρμενίους ότι κάποια μέτρα πού είχε δώσει για επιδιόρθωση, προοριζόταν για στέμμα του τσάρου της Ρωσίας και υπέστη γι’ αυτό βασανιστήρια και κινδύνεψε να απαγχονιστεί. Μάρτυρας των δυσκολιών αυτών παρέστη ο Δοσίθεος, μετέπειτα πατριάρχης, ο οποίος ο ίδιος αναφέρει «νέον ων τότε, περίπου τα οκτώ και δέκα έτη, και ανυπόδητος, χωρίς σανδαλίων, υπερέτει αυτώ… ανυπόδητος, διότι ούτως, τω καιρώ εκείνω, επαιδαγώγουν ημάς οι προεστώτες και ούτως εφέρομεν την παιδαγωγίαν, γνώμη ευπειθεί και αιδοί προς τους προεστώτας ημών» το παράδειγμα του Παϊσίου είχε τότε ευεργετική επίδραση στην ψυχή του τότε νεαρού Δοσιθέου.
Άλλα έργα του πατριάρχη Παϊσίου είναι επίσης η ανέγερση μεγάλης Μονής στην Ιόππη για την υποδοχή των προσκυνητών, πού κατέφθαναν τότε εκεί, καθώς και η ανέγερση ναού του αγίου Γεωργίου στη Λύδδα, πάνω στο μισό τμήμα του αρχαίου ναού πού κατείχαν οι οθωμανοί. Το υπόλοιπο μισό κατέχουν μέχρι σήμερα. Μερίμνησε επίσης για τον ακριβή καθορισμό των ακολουθιών στο Ναό της Αναστάσεως.
Για την αντιμετώπιση των οικονομικών δυσκολιών της αδελφότητος ανέλαβε έρανο μέχρι και την Ιβηρία (Γεωργία, χώρα μεταξύ του Καυκάσου και Αρμενίας), όπου πληροφορήθηκε τις βιαιότητες ενός Βελλή, διοικητού των Ιεροσολύμων. Αυτός σκότωνε μοναχούς και λαϊκούς. Κάποτε κρέμασε μερικούς μοναχούς στο συνοδικό (αίθουσα συνεδριάσεων της Ιεράς Συνόδου) του αγίου Κωνσταντίνου. Ντυνόταν με ιερατικά και έμπαινε στο Ναό του Αγίου Κωνσταντίνου δήθεν για θυμίαμα ή άλλες ιερουργίες. Σκότωνε λαϊκούς και τους άφηνε μπροστά στις πύλες των μοναστηρίων για να ενοχοποιήσει τους μοναχούς ή να ζητήσει έπειτα μ’ εκβιασμό υπέρογκα ποσά.
Ο πατριάρχης Παΐσιος έσπευσε στα Ιεροσόλυμα, προκειμένου να ανακόψει αυτές τις βιαιότητες και να προλάβει την ανάκτηση της μονής του Αγίου Ιακώβου από τους Αρμενίους. Δυστυχώς όμως δεν πρόλαβε γιατί πέθανε στο Καστελόριζο (νησί της Ελλάδας ανατολικά της Ρόδου) το 1660. Ο συνοδός του Δοσίθεος ανήγγειλε στην Κωνσταντινούπολη το θάνατο του και εκεί έγινε σύνοδος το 1661 για την εκλογή νέου πατριάρχου. Για την εκλογή αυτή έλαβαν υπ’ όψιν ότι ο πατριάρχης Ιεροσολύμων είναι διδάσκαλος του λαού, ότι πρέπει να γνωρίζει την αγία Γραφή και την παράδοση της Εκκλησίας. Ότι πρέπει να ανήκει στον κλήρο της εκκλησίας των Ιεροσολύμων και να γνωρίζει καλά τα ζητήματα και τις συνήθειές της.
Ως πρόσωπο πού συγκέντρωνε τα προσόντα αυτά θεωρήθηκε και εκλέχτηκε ο διαπρεπής σιναΐτης μοναχός Νεκτάριος (1661-1669), ο οποίος ήταν φύση μάλλον θεωρητική και γι’ αυτό δεξί του χέρι στην διακυβέρνηση της εκκλησίας Ιεροσολύμων απέβη ο Δοσίθεος. Μετά την εκλογή του παρέμεινε ο Νεκτάριος στην Ιερουσαλήμ για να γνωρίσει το λαό της. Αντιμετώπισε χρέη της αδελφότητος, κυρίως τα ελέη, χρήματα και τρόφιμα, των πολλών προσκυνημάτων πού κατέφθασαν το έτος εκείνο (1661), οπότε είχε επιπέσει λόγω των ακρίδων φοβερός λιμός.
Μετά τη διευθέτηση των ως άνω ζητημάτων, αναχώρησε για έρανο στην Κωνσταντινούπολη. Δύο φορές συνελήφθη από πειρατές και τελικά διασώθηκε στην Κύπρο. Όταν ήρθε στην Κωνσταντινούπολη, φρόντισε να εκδώσει διάταγμα να μην ενοχλούνται από τους μουσουλμάνους οι Χριστιανοί της Βηθλεέμ και της Μπετζάλλας και να μην πληρώνουν φόρους οι προσκυνητές, πού μετέβαιναν στον Ιορδάνη.
Μετά από περιοδεία αυτού και του αρχιδιακόνου του Δοσιθέου στις παραδουνάβιες χώρες και τα νησιά του Αιγαίου, επέστρεψε στην Ιερουσαλήμ φέροντας αρκετά χρήματα και πολύτιμα κειμήλια για τον Ναό της Αναστάσεως: Πολύτιμο σταυρό σ’ ανάστημα ανθρώπου, θήκη για τι τίμιο ξύλο, θήκες για τα άγια λείψανα και τα Ιερά σκεύη. Μετά την επιστροφή του επισκεύασε το σύνθρονο του ιερού βήματος του Ναού της Αναστάσεως, τη Μονή των Αρχαγγέλων και του Αγίου Σάββα, στην οποία μάλιστα ανήγειρε και ξενώνα.
Αντιμετώπισε τους Λατίνους, οι οποίοι είχαν λάβει Χοτζέτιο (δικαστική απόφαση) από το διοικητή των Ιεροσολύμων να τελούν την λιτανεία της Κυριακής των Βαΐων πριν τους ορθοδόξους και να καταλάβουν το ναό της Θεοτόκου της Γεσθημανής. Για την αναίρεση αυτού του Χοτζετίου έσπευσε στην Κωνσταντινούπολη και ο Δοσίθεος, πού εν των μεταξύ είχε χειροτονηθεί μητροπολίτης Καισαρείας, και ο πατριάρχης Νεκτάριος.
Στην Κωνσταντινούπολη το 1668 ανακοίνωσε ο πατριάρχης Νεκτάριος στο Δοσίθεο την απόφαση του να παραιτηθεί του θρόνου. Οι λόγοι ήταν προφανείς. Αφ’ ενός μεν είχε καταβληθεί από τους μόχθους, αφ’ ετέρου είχε αντιμετωπίσει προβλήματα δυσεπίλυτα. Το χρέος του Αγίου Τάφου ήταν βαρύτατο, πολλοί ναοί κινδύνεψαν να καταπέσουν, τα Ιβηρικά μοναστήρια λόγω χρέους κινδύνευαν να πέσουν στα χέρια των Λατίνων και των Αρμενίων. Ο Δοσίθεος ζήτησε να γίνει η εκλογή στην Ιερουσαλήμ, για να μην εκλεγεί πρόσωπο ακατάλληλο, αλλά δεν εισακούστηκε. Για την έγκριση εκλογής πατριάρχη ήρθε στη Λάρισα, όπου διέμενε τότε ο σουλτάνος. Όταν επανήλθε στην Κωνσταντινούπολη, συνήλθε εκεί σύνοδος (1669), η οποία τον εξέλεξε ομόφωνα πατριάρχη Ιεροσολύμων σε ηλικία μόλις 28 ετών. (Γερμανού, Σωφρονίου, Θεοφάνους, παϊσίου, Νεκταρίου, Δοσιθέου).
Η μονή αγίου Ιακώβου του Ζεβεδαίου είναι αυτή, πού σήμερα κατέχεται από τους αρμενίους, στα νοτιοδυτικά των Ιεροσολύμων. Πιστεύεται ότι εκεί ετάφη ο άγιος Ιάκωβος ο απόστολος, Υιός του Ζεβεδαίου και αδελφός του Ευαγγελιστή Ιωάννου, γι’ αυτό και υπάρχει και εκεί ναός προς τιμήν του. Οι Αρμένιοι την κατέλαβαν οριστικά επί μονής υπάρχει το μοναστήρι της Ελαίας, όπου ήταν οικία του Άννα, πεθερού του Καϊάφα. Και οι δύο αυτές μονές είναι εντός των τειχών. Οι Ιουδαίοι ήγαγον τον Χριστόν πρώτον προς Άνναν, και έπειτα ο Άννας απέστειλε δεδεμένον προς Καϊάφαν τον Αρχιερέα, στην οικία του, όπου αρνήθηκε το Χριστό ο Πέτρος και όπου υπέρχει σήμερα σ’ ανάμνηση της αλεκτοροφωνίας εκκλησίας του αγίου Πέτρου. (St. Peter in Calicantu εν τη αλεκτοροφωνία) qallus, i αλέκτωρ cantus, us ωδή, φωνή.
