Διάδοχος του Μοδέστου υπήρξε ο Σωφρόνιος ο Σοφιστής (634-638), μοναχός της μονής του αββά Θεοδοσίου. Ως μοναχός θρήνησε για την περσική εισβολή στα Ιεροσόλυμα, ως πατριάρχης αναγκάστηκε να παραδώσει την πόλη αυτή στους μουσουλμάνους Άραβες (638). Προηγουμένως είχαν καταλάβει τα Βόστρα και τη Δαμασκό της Συρίας, είχαν νικήσει τους βυζαντινούς στη μάχη του ποταμού Ιερομίακα (Γιαρμούκ), παραποτάμου του Ιορδάνη στο ύψος περίπου της Τιβεριάδας θάλασσας. Ύστερα απ’ αυτή τη μάχη (636) κατέλαβαν και άλλες πόλεις της Συρίας και Παλαιστίνης και πολιόρκησαν για δύο χρόνια την Ιερουσαλήμ. Λόγω της πολιορκίας, τα Χριστούγεννα γιορτάστηκαν στην Ιερουσαλήμ και όχι στη Βηθλεέμ, όπως ήταν η συνήθεια. Τότε εκφώνησε τους δύο προαναφερθέντες λόγους ο πατριάρχης Σωφρόνιος. Όταν πλέον είχε πειστεί για το ότι η περαιτέρω αντίσταση ήταν ανώφελη, παρέδωσε την πόλη στον αρχηγό των Αράβων Ομάρ Χατάμπ, στο όρος των Ελαιών. Έχει διασωθεί, με ορισμένες μεταγενέστερες μεταβολές, το κείμενο της συμφωνίας, πού παρέδιδε την πόλη με ορισμένες θρησκευτικές και κοινωνικές εγγυήσεις για τους χριστιανούς. Οι άραβες, ως γνωστόν παραχωρούσαν ορισμένα προνόμια όπως της ζωής και της θρησκευτικής ελευθερίας, στις πόλεις, πού παραδίδονταν. Με την αραβική κατάκτηση της Παλαιστίνης (638) κλείνει η πρώτη περίοδος της ιστορίας της Εκκλησίας των Ιεροσολύμων, η περίοδος πού άρχισε το 33 μ. Χ., πού χαρακτηρίζεται ως ο χρυσός αιώνας της εκκλησίας Ιεροσολύμων υπό την επικράτεια των Βυζαντινών, πού χάθηκε στο εξής οριστικά.
ΑΡΑΒΙΚΗ ΚΑΤΑΚΤΗΣΗ ΤΗΣ ΠΑΛΑΙΣΤΙΝΗΣ
Το 634 οι Άραβες κατέλαβαν το Βόστρα, πόλη της Συρίας, σε απόσταση 80 χιλιομέτρων ανατολικά της λίμνης Γεννησαρέτ. Ένα έτος αργότερα έπεσε η Δαμασκός. Οι πόλεις της Συρίας και της Παλαιστίνης συνθηκολογούσαν η μια μετά την άλλη. Η τελική μάχη, στην οποία νικήθηκαν οι βυζαντινοί έγινε το 636 στον ποταμό Ιερομίακα (Γιαρμούκ), παραπόταμο του Ιορδάνη προς ανατολάς. Μετά την μάχη αυτή οι Άραβες κατέλαβαν συστηματικά όλες τις πόλεις της Παλαιστίνης, εκτός από την Ασκάλωνα και την Καισάρεια, και πολιόρκησαν την Ιερουσαλήμ. Τα Χριστούγεννα δε γιορτάστηκαν στη Βηθλεέμ, όπως επικρατούσε η συνήθεια, αλλά στην Ιερουσαλήμ, λόγω της πολιορκίας. Ο Πατριάρχης Σωφρόνιος εξεφώνησε αυτό το έτος δύο από τους θαυμασιώτερους λόγους του : α) «Εις την Γέννηση του Σωτήρος» και β) « Εις το Άγιον Βάπτισμα». Επειδή δεν υπήρχαν δυνατότητες αποτελεσματικής αντίστασης, ο πατριάρχης αποφάσισε να παραδώσει την πόλη στο χαλίφη Ομάρ Χατάμπ προσωπικά, πού ειδοποιήθηκε να έρθει από την Αραβία. Στο Όρος των Ελαιών έγινε η ιστορική συνθήκη μεταξύ Σωφρονίου και Ομάρ και εν συνέχεια παραδόθηκε η πόλη (638). Μ’ αυτό τον τρόπο εξασφαλίζονται τα προνόμια, πού παραχωρούσαν οι μουσουλμάνοι, σ’ όσους παραδίδονταν με τη θέλησή τους χωρίς να φέρουν καμιά αντίσταση.
Με την αραβική κατάκτηση τερματίστηκε η περίοδος ή αλλιώς η αρχαία ιστορία της Εκκλησίας Ιεροσολύμων, πού εκτείνεται από το 33 μέχρι 638 μ. Χ. και μπορούμε να την χαρακτηρίσουμε σαν Χρυσό αιώνα της Εκκλησίας Ιεροσολύμων, γιατί ναι μεν υπέστη διωγμούς και μαρτύρια η Εκκλησία ολόκληρη, κυρίως μετά την καταστροφή της Ιερουσαλήμ το 70 μ. Χ. από το 313 όμως κι’ έπειτα μπήκε σε στάδιο νέας ζωής. Στο χρονικό αυτό διάστημα άφησαν τα ίχνη τους οι ναοί του Μεγάλου Κωνσταντίνου και της Αγίας Ελένης στα Άγια Προσκυνήματα (326-336), τα μοναστήρια των πρώτων εισηγητών του μοναχικού βίου στην Παλαιστίνη, Αγίου Ιλαρίωνος κι’ Αγίου Χαρίτωνα, (330), κι’ η θεολογική Φυσιογνωμία Κυρίλλου του Κατηχητού (350). Ναι μεν ταράχτηκε η Εκκλησία από τις αιρέσεις του Αριανισμού, του Ωριγενισμού, του Πελαγιανισμού και του Μονοφυσιτισμού, αλλ’ όλες αυτές τις αιρέσεις τις αντιμετώπισε μ’ επιτυχία, χάρις στις προσπάθειες του Αγίου Κυρίλλου, του Αγίου Ευθυμίου, του Αγίου Σάββα και του Αγίου Θεοδοσίου. Των τριών τελευταίων βιογράφος έγινε ο Κύριλλος ο Σκυθοπολίτης. Στο μέσο του 5ου αιώνα (451) η Εκκλησία Ιεροσολύμων προβιβάστηκε σε Πατριαρχείο. Στις αρχές του 7ου (614) υποδουλώθηκε στους Πέρσες, αλλά στηρίχτηκε από τον μετέπειτα Πατριάρχη Μόδεστο και λευτερώθηκε από τον αυτοκράτορα Ηράκλειο. Στο μέσο του 7ου αιώνα (638) δέχτηκε επίθεση από τους Άραβες μουσουλμάνους, αποκόπηκε πλέον από το Βυζάντιο κι’ έμεινε υπό την Αραβική κυριαρχία για πέντε αιώνες, μέχρι το 1099.
