Είχαμε δεί ότι ο Ωριγένης είχε περιπέσει σε ορισμένες πλάνες (προΰπαρξη ψυχών, αποκατάσταση των πάντων κ.α.) και ότι αυτές οι πλάνες έγιναν η αιτία να χωριστούν πολλοί από τους συγχρόνους του αλλά και τους μεταγενέστερους, σε θαυμαστές και αντιπάλους του. Κύριοι πολέμιοί του ήταν ο Επιφάνιος Σαλαμίνας της Κύπρου και ο Ιερώνιμος, λατίνος πατέρας της εκκλησίας. Επίκεντρο των ταραχών αυτών, πού εκδηλώθηκαν στο τέλος του 4ου αιώνα, ήταν η εκκλησία της Παλαιστίνης. Ναι μεν έπαυσαν προς στιγμή με τον θάνατο του Ιερωνύμου (410), εμφανίστηκαν όμως και πάλι δειλά στους μοναχούς, πού αποσπάστηκαν από τη Μεγάλη Λαύρα του Αγίου Σάββα (494) και ίδρυσαν τη Νέα Λαύρα στην Θεκωέ. Αυτοί ονομάστηκαν νεολαυρίτες ωριγενιστές, επειδή ίδρυσαν τη νέα Λαύρα και αποσπάστηκαν τις πλανεμένες δοξασίες του ωριγένη.
Όσο ζούσε ο Άγιος Σάββας, δεν τόλμησε να υψώσουν κεφαλή, εκδηλώθηκαν όμως αμέσως μετά το θάνατό του, και προσπάθησαν να κατεδαφίσουν την παλαιά Λαύρα με επικεφαλής τον κορυφαίο ωριγενιστή Νόννο. Οι προσπάθειές τους αποτύχανε προσωρινά, συνέχισαν όμως, και κατόρθωσαν να εγκαταστήσουν σε ορισμένες περιοχές επισκόπους ωριγενιστές, στον Ναό της Αναστάσεως σκευοφύλακα ωριγενιστή και δικό τους ηγούμενο στην Μονή του Αγίου Σάββα. Μάλιστα μετά τον θάνατο του Πέτρου Ιεροσολύμων, ανέβασαν στο θρόνο τον ωριγενιστή Πατριάρχη Μακάριο.
Πολέμιοι του ωριγενισμού στην δεύτερη αυτή φάση του 6ου αιώνα ήταν ο άγιος Κυριακός και ο Άγιος Ιωάννης επίσκοπος Κολωνίας ο ησυχαστής, για τους οποίους μιλήσαμε σε προηγούμενα μαθήματα. Στην διάλυση των ωριγενιστών συντέλεσε ο διχασμός τους σε ισόχριστους, πού πίστευαν ότι οι άνθρωποι μετά την αποκατάστασή τους στην Δευτέρα παρουσία γίνονταν ίσοι με τον Χριστό, και σε πρωτοκτίστες, πού δέχονταν, ότι η ανθρώπινη φύσει του Χριστού είναι ανώτερη από τα άλλα κτίσματα. Άλλος παράγοντας, πού έπαιξε ρόλο στην σταδιακή εξάλειψη των ωριγενιστών ήταν η Ε΄ Οικουμενική Σύνοδος στην Κωνσταντινούπολη το 553, πού κατεδίκασε τις ωριγενιστικές διδασκαλίες και δοξασίες.
Όταν τελικά οι ωριγενιστές απομακρύνθηκαν από την Νέα Λαύρα (555), εγκαταστάθηκαν εκεί 120 ορθόδοξοι μοναχοί, ανάμεσά τους κι’ ο Κύριλλος ο Σκυθοπολίτης, γεννημένος το 524 στην Σκυθόπολη (Μπέτ- Σιάν) της Β΄ Παλαιστίνης. Οι γονείς του ήταν ευσεβείς και διατηρούσαν σχέσεις με τον Άγιο Σάββα και τους αγιοσαββίτες πατέρες. Το σπίτι τους είχε μεταβληθεί σε ξενοδοχείο των πατέρων. Σε μια από τις επισκέψεις του στην Σκυθόπολη, λίγο πριν από τον θάνατό του, ο άγιος Σάββας γνώρισε τον Κύριλλο σαν παιδί ακόμη. Σε μικρή ηλικία έγινε μοναχός σε κάποιο μοναστήρι της Σκυθούπολης, μετά στο κοινόβιο του Καλαμώνα και αργότερα του αγίου Ευθυμίου και κατέληξε οριστικά στην Νέα Λαύρα το 555, όπως είδαμε παραπάνω. Στην δεκαετία αυτή συγκέντρωσε πληροφορίες για τη ζωή των μεγάλων ασκητών από σύγχρονούς τους αυτόπτες μάρτυρες της ζωής τους.
Πολύτιμες ήταν οι ειδήσεις του Ιωάννου του Ησυχαστή για τον βίο του Αγίου Ευθυμίου και του Αγίου Σάββα. Τις πληροφορίες, πού χωρίς κανένα σύστημα συνέλεξε αρχικά, αποφάσισε ύστερα να ταξινομήσει και να γράψει τις «μοναχικές ιστορίες», τις βιογραφίες δηλαδή των παλαιστίνων ασκητών, οι οποίες τον ανέδειξαν σε Πλούταρχο της εκκλησιαστικής φιλολογίας. Σώθηκαν μέχρι σήμερα οι εξής βιογραφίες :
α) του αγίου Ευθυμίου
β) του αγίου Σάββα
γ) του αγίου Ιωάννου του ησυχαστή
δ) του αγίου Θεοδοσίου
ε) του αγίου Κυριακού
ζ) του αγίου Θεογνίου, επισκόπου Βιτυλίου
η) του αγίου Αβραμίου
θ) του αγίου Γερασίμου
Χαρακτηριστικά των βιογραφιών αυτών είναι η απλότητα της αφήγησης και η έλλειψη κάθε ρητορικής επίδειξης. Τούτο οφείλεται μάλλον στην έλλειψη της θύραθεν παιδείας του Κυρίλλου. Αποφεύγει με επιμέλεια τις επαναλήψεις γύρω από τα ίδια πρόσωπα ή τα ίδια πράγματα. Κάθε τι το περιττό απουσιάζει. Κυριαρχεί η ιστορική ακρίια. Μας παραδίδει πληροφορίες, τις οποίες έχει ελέγξει προηγουμένως κι’ έχει διαπιστώσει ότι είναι ορθές. όπως λέγει ο ίδιος «έχει μνημονεύσει ακρίβειαν χρόνων και τόπων και προσώπων και ονομάτων». Η «ζήτησις της αλήθειας» σ’ αυτές τις ιστορικές δεν είναι «αβασάνιστος». Αποβαίνει έτσι ο Κύριλλος αληθινός ιστοριογράφος.
Οι βιογραφίες του είναι ιστορικό μνημείο μεγάλης σπουδαιότητας την Ιστορία της εκκλησίας Ιεροσολύμων, για την ιστορία της εκκλησίας ολόκληρης, για την ιστορία του βυζαντίου κράτους και για την ιστορία του πολιτισμού.