Ό πατριάρχης Ιεροσολύμων Σωφρόνιος (1579-1608) έλαβε από το σουλτάνο Μουράτ Γ΄ επικύρωση των πατριαρχικών του δικαιωμάτων, και του δικαιώματος της αδελφότητας να κληρονομεί τους αδελφούς και εξασφάλισε τα κτήματα της αδελφότητας. Φιλοξένησε το Σωλομώντα Σιωπηκότα προτεστάντη επισκέπτη, πού έφερνε συστατήρια γράμματα από τον πωτοσύγγελο του πατριάρχη Αλεξανδρείας Μελέτιο Πηγά.
Στο ημερολόγιο του ο ως άνω επισκέπτης αναφέρει ότι παρεκάθησε με τον με τον πατριάρχη σε κοινή τράπεζα με τριάντα περίπου μοναχούς, ότι συζητήθηκε, άν νηστεύουν οι προτεστάντες, ότι στα Ιεροσόλυμα υπήρχαν το έτος εκείνο 150 Έλληνες χριστιανοί (griechische christen), 10 Συριάνοι, 5 Γεωργιανοί, 20 Κόπτες, 9 Ιουδαίοι, 2 οικογένειες Μαρωνιτών κι ότι οι υπόλοιποι ήταν μουσουλμάνοι Άραβες. Αρμένιοι και Λατίνοι κάτοικοι δεν αναφέρονται καθόλου, παρά μόνο αντιπρόσωποί τους μοναχοί, στις αντικανονικές ενέργειες των οποίων αντιδρούσε η αδελφότητα. Η πάλη αυτή έφερε χρέη. Για την εξόφλησή τους ανέλαβε έρανο ο Σωφρόνιος στην Κωνσταντινούπολη το 1584, όπου έλαβε μέρος σε σύνοδο της Κωνσταντινούπολης, για την ανακήρυξη συνόδου του Πατριαρχείου της Μόσχας κι εν συνεχεία μετέβηκε για έρανο στη Μολδοβλαχία, πού είχε αρχίσει να αποβαίνει κέντρο του Ελληνισμού.
Για αρκετά έτη έπειτα τον απασχόλησε το σιναϊτικό ζήτημα, μετά την παράνομη σιμωνιακή εκλογή και χειροτονία από δύο μόνο επισκόπους, του Αρχιεπ. Σινά Λαυρεντίου. Ο Λαυρέντιος προέβηκε σε πολλές άτοπες ενέργειες και πολλές φορές καταδικάστηκε με τοπικές συνόδους. Για την αντιμετώπιση των οικονομικών δυσχερειών της αδελφότητας έστειλε εγκύκλιο, προς το ορθόδοξο γένος, την οποία σύνταξε ο Μάξιμος Μαργούνιος απ’ αυτή φαίνεται ότι πολλοί γράφονταν στα αδελφάτα συνδρομητές, «αδελφοί του Αγίου Τάφου» και έστελναν ετήσιες συνδρομές.
Για διεξαγωγή εράνων έστειλε και στον τσάρο της Ρωσίας Βογόρη (1603) τον αρχιμανδρίτη Θεοφάνη, μετέπειτα πατριάρχη, μαζί με μοναχούς δώρα και συστατικά γράμματα, πού πραγματικά προκαλούν τη συμπάθειά μας. «Εχρεώθη ο Άγιος Τάφος 10.000 χρυσά εις τόση μεγάλη πτώχειαν και ένδειαν εκαταντήσαμεν, ώστε υστερείσθαι των αναγκαίων χρειών και τροφής πολλάκις. Ο Θεοφάνης έλαβε μικρή βοήθεια και επέστρεψε στα Ιεροσόλυμα, πού ήταν αναστατωμένα, γιατί η Οθωμανική Κυβέρνηση είχε ανανεώσει τη συνθήκη της με την Γαλλία και είχε παραχωρήσει στους Λατίνους μοναχούς της Βηθλεέμ και των Ιεροσολύμων το δικαίωμα να μεταβαίνουν ελεύθερα και ανενόχλητα από τότε σε τόπο για εγκατάσταση. Τούτο όμως διευκόλυνε τους προσηλυτιστικούς τους σκοπούς ανάμεσα στο ορθόδοξο ποίμνιο. Με την ως άνω συνθήκη του 1604 δεν έλαβαν οι Λατίνοι δικαιώματα στο Γολγοθά. Γι’ αυτό έδωσαν έπειτα 6000 φλουριά και απόκτησαν το Γολγοθά. Διπλάσια έδωσε το 1605 ο Σωφρόνιος, προκειμένου να αποσπάσει με φιρμάνι το τμήμα του Γολγοθά, πού μέχρι σήμερα κατέχουν οι ορθόδοξοι. Το 1608, αφού είχε ανακαινίσει ορισμένα προσκυνήματα, παραιτήθηκε ο Σωφρόνιος, παρουσία του πατριάρχη Αλεξάνδρειας Κυρίλλου του Λουκάρεως, υπέρ του αρχιμανδρίτη Θεοφάνη.
