Οι δίκες των Αρμενίων κατά των ορθοδόξων για απόκτηση περισσοτέρων δικαιωμάτων συνεχίστηκαν και μετά την ανοικοδόμηση του Ναού της Αναστάσεως. Σουλτανικό διάταγμα του 1811 όρισε τους Αρμενίους «συγκοινωνούς των προσκυνημάτων), δηλαδή συγκατόχους, συνιδιοκτήτες με τους ορθοδόξους, με τον όρο να δεχτούν οι τελευταίοι αποζημίωση για την ανοικοδόμηση και να επιτρέψουν στους Αρμενίους τα εξιδιασμένα τους μέρη. Οι διαμαρτυρίες και οι ενστάσεις της επιτροπής των ορθοδόξων με επικεφαλής τον πατριάρχη Πολύκαρπο δεν έφεραν αποτελέσματα. Οι ορθόδοξοι αρνήθηκαν να λάβουν την εξευτελιστική αποζημίωση, πού τους προτάθηκε, υποχρεώθηκαν όμως στο τέλος να επιστρέψουν, έστω και χωρίς αποζημίωση, τους εξιδιασμένους χώρους των Αρμενίων, όχι μόνο στο Ναό της Αναστάσεως, αλλά και στη Βηθλεέμ και τη Γεσθημανή.
Ταυτόχρονα συντόνισαν τις ενέργειές τους οι Λατίνοι και κατέλαβαν όσα μέρη κατέχουν τώρα, επιπλέον και το κουβούκλιο, όπου εγκατέστησαν δικό τους φύλακα, το τρικάμαρο της δυτικής πύλης του καθολικού, όπου εγκατέστησαν τα μεγαλόφωνα μουσικά τους όργανα, την εύρεση του τιμίου Σταυρού και τη δυτική κλίμακα του Γολγοθά. Οι πολιτικές αρχές αποκατέστησαν τα πράγματα, όπως ήταν πριν, οι ορθόδοξοι όμως δαπάνησαν υπέρογκα ποσά σε δίκες, πού επακολούθησαν για συμπλοκές, πού είχαν γίνει. Μειώθηκε η φωνή των μουσικών οργάνων των Λατίνων, αλλ’ υποχρεώθηκαν οι ορθόδοξοι να δεχτούν τους λατίνους και τους Αρμένιους συμμέτοχους στο κουβούκλιο του αγίου Τάφου. Το 1817 καθορίστηκε το καθεστώς του κουβουκλίου από τους ορθοδόξους, ύστερα από διακοπή πολλών ετών καθορίστηκε το καθεστώς του κουβουκλίου με ειδικό σουλτανικό διάταγμα (Ανάλεκτα Ιεροσολυμιτικής σταχυολογίας Γ΄ 246-48 196).
