Επόμενο ήταν μετά την απαλλαγή από τον κίνδυνο των Περσών να θελήσει ο Ηράκλειος να απαλλαγεί και από τον κίνδυνο των μονοφυσιτών για χάρη της ενότητας του κράτους. Ήθελε να έχει εξασφαλισμένα τα νώτα σ’ ενδεχόμενες επιθέσεις εχθρών, με τους οποίους κατά κανόνα συμμαχούσαν οι μονοφυσίτες από μίσος προς το βυζαντινό κράτος. Προκειμένου λοιπόν να τους ευχαριστήσει και να τους ενσωματώσει στο ορθόδοξο πλήρωμα, υιοθέτησε και προσπάθησε να επιβάλει το μονοθελητισμό, τη γνώμη δηλαδή ότι ο χριστός ναι μεν έχει δύο φύσεις, μια όμως θέληση η ενέργεια. Την άποψη αυτή αντέκρουσαν ο Μάξιμος ο Ομολογητής και ο Σωφρόνιος, πρώτα σαν μοναχός κι’ έπειτα σαν πατριάρχης Ιεροσολύμων (634) πού διαδέχτηκε το Μόδεστο. Στην «ειρηνική» του επιστολή συμπεριέλαβε Ομολογία πίστεως κατά του μονοθελητισμού. Η διδασκαλία του όμως δεν έγινε δεκτή. Το πρόβλημα έλυσε αργότερα η ΣΤ΄ Οικουμενική Σύνοδος (681) με την απόφασή της ότι στο πρόσωπο του Χριστού υπάρχουν δύο φυσικά θελήματα χωρίς να εναντιώνονται το ένα στο άλλο. Το ανθρώπινο υποτάσσεται στο θείο.