Ομάδες Βεδουΐνων ληστών νέμονταν την Παλαιστίνη επί του Χαλίφη Αρούν Αλ Ρασίδ (786-809). Πολλές ληστρικές επιδρομές έγιναν απ’ αυτούς και κατά των μοναστηρίων. Στα έτη 795 και 796 επέδραμον πρώτα κατά της Παλαιάς Λαύρας του Αγίου Χαρίτωνα ή Σουκά παρά τη Θεκωέ (Προς δυσμάς της Νεκράς θάλασσας). Αφού απογύμνωσαν τη Μονή και κακοποίησαν τους μοναχούς ανέλαβαν επιδρομή και κατά της Μονής του Αγίου Σάββα. Οι μοναχοί είχαν πληροφορίες, παρ’ όλα αυτά όμως αποφάσισαν να παραμείνουν και όχι να δραπετεύσουν, επειδή σύνδεσαν τη εκεί παραμονή με τη σωτηρία της ψυχής τους και διαφύλαξη της ιστορικής Λαύρας. Είχαν λάβει όμως προφυλάξεις, για να διασωθούν, όσοι ήταν δυνατό εντός της Λαύρας.
Μετά από εναγώνια αναμονή πολλών μηνών, ειδοποιήθηκαν από τους βιγλάτορες (σκοπευτήρες) ότι οι επιδρομείς κατέφθασαν. (13 Μαρτίου 796). Αφού μπήκαν με τη βία, άλλους από τους μοναχούς φόνευαν, άλλους πλήγωσαν και άλλους έστελναν στο Ναό για να τους εξαναγκάσουν με βασανιστήρια να υποδείξουν το σκευοφυλάκιο ονειρευόμενοι κραγώνες χρημάτων. Οι μοναχοί πρόσφεραν τρόφιμα και ότι άλλο είχαν, εκτός βέβαια από χρήμα, γιατί δεν υπήρχαν. Τούτο εξαγρίωσε τους ληστές και συγκέντρωσαν τους μοναχούς σε σπήλαιο, στην πύλη του οποίου άναψαν πυρά, της οποίας ο καπνός άλλους εθανάτωσε και άλλους άφησε ημιθανείς. Δεν κατόρθωσαν να ανακαλύψουν το μοναχό και ιατρό Θωμά. Αυτόπτης μάρτυρας των επεισοδίων αυτών ήταν ο Στέφανος ο μελωδός (807), πού μας τα διέσωσε στην αφήγησή του και έγραψε και ύμνους για τους μοναχούς πού μαρτύρησαν, των οποίων τη μνήμη η εκκλησία τελεί στις 20 Μαρτίου.
Ο μοναχός και ιατρός Θωμάς, πού αναφέραμε, μετά την επιδρομή εκλέχτηκε Πατριάρχης Ιεροσολύμων (807-820). Είναι μάλλον το πρόσωπο, πού στάλθηκε ως αντιπρόσωπος στην Ζ΄ Οικουμενική Σύνοδο. Επί της Πατριαρχείας του άρχισαν να έρχονται στους Αγίους Τόπους προσκυνητές και από τη Δύση με τη μεσολάβηση του Καρόλου του Μεγάλου, αυτοκράτορα των Φράγγων, στον Αρούν Αλ Ραδίδ. Λατίνοι (Δυτικοί πριν το σχίσμα) μοναχοί διέμεναν τότε στο όρος των Ελαιών. Το 809 ο λαός θέλησε να εμποδίσει τη συμμετοχή τους στον εορτασμό των Χριστουγέννων στη Βηθλεέμ, επειδή τους άκουσε να απαγγέλλουν το σύμβολο της Πίστεως με την προσθήκη του Φιλιόκβε (και εκ του Υιού).
