Την πληροφορία αυτή δηλαδή της παραιτήσεως του Δωροθέου υπέρ του Θεοφίλου αντλούμε από κώδικα (χειρόγραφο σε σχήμα βιβλίου) του 1420 στην αραβική γλώσσα. «Επληρώθη το παρόν διμηναίον, Σεπτέμβριος και Οκτώβριος, δια συνδρομής και εξόδου του θείου πατρός ημών Δωροθέου, πρώην μεν πατριαρχούντος της αγίας Πόλεως Ιερουσαλήμ· νύν δε πατριαρχούντος του παναγιωτάτου ημών κύρ Θεοφίλου του υιού αυτού, επί της βασιλείας κυρ Μανουήλ του Παλαιολόγου… εύχεσθε υπέρ του γράψαντος Ράκυ του Θύτου». Η συνήθεια αυτή της προετοιμασίας των διαδόχων τους και της παραίτησής τους από το θρόνο ακολουθήθηκε από πολλούς πατριάρχες στους εφεξής χρόνους. επί του επομένου πατριάρχου Ιωακείμ έπεσε από σεισμό ο θόλος του ναού της Αναστάσεως. Δόθηκαν όλα τα εκκλησιαστικά κειμήλια και 6.500 βενετικά χρυσά νομίσματα, για να μην τον μεταβάλλουν σε τέμενος οι Μαμελούκοι.
Αξιοσημείωτο γεγονός στη ζωή της εκκλησίας Ιεροσολύμων είναι η τοπική σύνοδος των Ιεροσολύμων του 1443 στην οποία μετείχαν αντιπρόσωποι των τεσσάρων αρχαίων ανατολικών πατριαρχείων και στην οποία καθορίστηκε η στάση των ορθοδόξων έναντι της Συνόδου της Φλωρεντίας του 1439. Ως γνωστό, στη σύνοδο αυτή και οι ορθόδοξοι επίσκοποι εκτός από το Μάρκο Ευγενικό υπόγραψαν την ένωση των εκκλησιών. Η σύνοδος των Ιεροσολύμων κατεδίκασε ό,τι από ανάγκη είχε γίνει δεκτό στη σύνοδο της Φλωρεντίας, δηλ. την προσθήκη του Φιλιόκβε στο σύμβολο της πίστεως, τη χρήση των αζύμων και το μνημόσυνο του πάπα. Η σύνοδος αυτή, σύμφωνα με τα πρακτικά της, έγινε το 6951 έτος από κτίσεως κόσμου, ήτοι (6951-5508 συμβολική χρονολογία δημιουργίας του κόσμου κατά την εκκλησία) το 1443.
Βρισκόμαστε στις παραμονές της πτώσεως της Κωνσταντινούπολης, οπότε οι Μαμελούκοι εκτράπηκαν σε βίαιους διωγμούς κατά των χριστιανών των Ιεροσολύμων (1452). Ερήμωσαν πολλά μοναστήρια, κυρίως όμως της Βηθλεέμ και της Σιών. Ανέσκαψαν τους λόφους.
Αμέσως μετά την πτώση της Πόλης ο τότε πατριάρχης Ιεροσολύμων Αθανάσιος προέβλεψε την επέκταση των Τούρκων μέχρι και την Παλαιστίνη και ήρθε κρυφά στην Κωνσταντινούπολη και υπέβαλε στον Μωάμεθ Β΄ Πολιορκητή όλα τα σχετικά προσκυνήματα έγγραφα από του Ομάρ και εξής και ζήτησε αναγνώριση.
Το σχετικό διάταγμα του Μωάμεθ λέγει μεταξύ των άλλων ότι «ήλθε μετά των καλογήρων του και ο εις Ιερουσαλήμ πατριάρχης των Ρωμαίων Αθανάσιος μοναχός και ενεφάνησε τα ιερά θεσπίσματα και αυτόγραφα του Ομάρ Χαράμπ και εξητήσατο, ίνα έχει υπό την εξουσία του τον Καμαμέν, την εκκλησία της Γεννήσεως εν Βηθλεέμ ευρισκόμενα χριστιανικά γένη, τα τω πατριάρχη υποκείμενα και κατά το ανέκαθεν γεγονός προς αυτούς έλεος επρόσταξα, ίνα υπερασπίζονται τον πατριάρχην και τους καλογήρους της Ιερουσαλήμ». Το διάβημα αυτό του πατριάρχη Αθανασίου επέτεινε τους διωγμούς των Μαμελούκων, επειδή το είδαν ως αναγνώριση άλλης πολιτικής αρχής, είχε όμως ανυπολόγιστη αξία για το προσεχές μέλλον, κατά το οποίο τα προσκυνηματικά δικαιώματα χρειάζονταν σουλτανική επικύρωση. Απ’ αυτής της πλευράς προλειάνθηκε η οδός υπέρ των ορθοδόξων.
Κατά τα τελευταία έτη της δυναστείας των Μαμελούκων οι Πατριάρχες ήταν ως επί το πλείστον αραβόφωνοι αλλά και ελληνόφωνοι Παλαιστίνιοι. Λόγω του διωγμού των Μαμελούκων, δεν υπήρχαν πρόσοδοι, και οι πατριάρχες και η εκκλησία ολόκληρη περιέπεσαν σε μεγάλη φτώχεια. Όπως μας αναφέρει ο μετέπειτα πατριάρχης ιεροσολύμων Δοσίθεος στο έργο του «Περί των εν Ιεροσολύμοις πατριαρχευσάντων» «αφ’ ότου οι Οθωμανοί εξουσίασαν της Πόλεως, κατεφρονήθησαν οι Ρωμαίοι εν τη Ιερουσαλήμ, οι πατριάρχες επένοντο, τα μοναστήρια διετέλουν εν κακή καταστάσει, προσκυνηταί ήρχοντο ελάχιστοι, ουδεμίαν ανακαίνισιν εγίνετο, άμφια και ιερά σκεύη ουκ είχον και πανίοις ιεροίς ελειτούργουν» Η κατάσταση αυτή ευνόησε την απόκτηση προσκυνηματικών δικαιωμάτων από τα άλλα χριστιανικά δόγματα. Τότε οι Φραγκισκανοί έλαβαν δικαιώματα να λειτουργούν στο νότιο τμήμα του Γολγοθά. Τα πράγματα παρέμειναν έτσι μέχρι την κατάλυση του κράτους των Μαμελούκων από τους Οθωμανούς το 1517.
Με το 1517 κλείνει η δεύτερη ή μέση περίοδος της ιστορίας της εκκλησίας των Ιεροσολύμων, πού άρχισε το 638 με την αραβική κατάκτηση. Η τρίτη περίοδος της Ιστορίας της Εκκλησίας των Ιεροσολύμων εκτείνεται από το 1517 μέχρι σήμερα. Β΄ περίοδος ή μέση: 638-1517. Δυναστεία Αράβων: 638-1099. Σταυροφορίες: 1099-1291.
