Τα προσκυνηματικά περιήλθαν σε μεγάλη οξύτητα ύστερα από την ανοικοδόμηση του Ναού της Αναστάσεως (1810) από τους ορθοδόξους και την επισκευή των προσκυνημάτων, ιδιαίτερα της Βηθλεέμ, ύστερα από το σεισμό του 1834. Οι δύο αυτές περιπτώσεις άφησαν μεγάλες διαφορές μεταξύ Αρμενίων και ορθοδόξων, ιδίως στη Βηθλεέμ. Η λύση των διαφορών στο σπήλαιο είχε ανατεθεί στο οικουμενικό πατριαρχείο το 1846, έτος κατά το οποίο επενέβη ο υπουργός εξωτερικών της Τουρκίας με πρόταση να δοθεί το κλειδί της εξωτερικής θύρας της Βηθλεέμ στους Αρμενίους ή να διοριστεί μουσουλμάνους θυρωρός, όπως υπήρχε και στο Ναό της Αναστάσεως. Ύστερα από διαμαρτυρία του Οικουμενικού Πατριάρχη, καταρτίστηκαν οι επιτροπές των ορθοδόξων και των Αρμενίων και παραπέμφθηκε για λύση το όλο θέμα στον πατριάρχη Κύριλλο, αλλ’ έμεινε άλυτο.
Το 1847 οι Λατίνοι άρχισαν ανασκαφές στο Νεκροταφείο τους στη Βηθλεέμ, πλησίασαν το νεκροταφείο των ορθοδόξων, μέρος του οποίου κατέρρευσε, και προχωρούσαν με σκοπό να φτάσουν κάτω από το Ναό, ο Οποίος είναι κενός. Οι εργασίες σταμάτησαν, ύστερα από πολλές διαμαρτυρίες των ορθοδόξων. Κάποια Κυριακή του έτους αυτού ο Βηθλεέμ Διονύσιος κατέβηκε στο νεκροταφείο μαζί με τρεις ορθοδόξους έλληνες των Ιεροσολύμων, οπότε δέχτηκε επίθεση Λατίνων ροπαλοφόρων. Λόγω της Κυριακής, έφθασαν πολλοί χριστιανοί, δημιουργήθηκε πολλή σύγχυση, μέσα στην οποία κλάπηκε ο αστέρας, πού οι Λατίνοι είχαν τοποθετήσει στο σπήλαιο το 1711. Κλάπηκε μάλλον από τους Λατίνους, με σκοπό να ζητήσουν τοποθέτηση νέου αστέρα και συνεπώς την απόκτηση περισσοτέρων δικαιωμάτων. Πραγματικά οι Λατίνοι ζήτησαν να τοποθετήσουν νέο αστέρα, με την προστασία της Γαλλίας, η οποία ανέλαβε να λύσει το Όλο ζήτημα των αγίων τόπων.
Το ζήτημα υποκίνησε η Γαλλία με διακοίνωσή της προς την Υψηλή Πύλη το 1850, με την Οποία διακοίνωση απαίτησε ν’ αποκατασταθούν όσα δικαιώματα των Λατίνων διαλαμβάνει η συνθήκη του 1740. Τις αξιώσεις της Γαλλίας υποστήριξαν η Σαρδηνία και η Νεάπολη, η Ισπανία, το Βέλγιο και η Αυστρία. Η υψηλή πύλη απήντησε ότι έχουν επέλθει μεταβολές και επομένως πρέπει να συγκροτηθεί επιτροπή, για την εξέταση του τεθέντος ζητήματος. Το 1851 ο πρεσβευτής της Γαλλίας διαμαρτυρήθηκε και ζήτησε από την πύλη ν’ απαντήσει, αν θεωρεί ισχύουσα τη συνθήκη του 1740. η Πύλη απήντησε ότι ισχύουν όσα άρθρα δεν έχουν μεταβληθεί με νεότερες διατάξεις. Το ίδιο έτος καταρτίστηκε επιτροπή πού απέρριψε τον Αχτιναμέ του Ομάρ, επειδή όμως παραιτήθηκε, ορίστηκε δεύτερη επιτροπή, η οποία τον ανεγνώρισε. Η επιτροπή αυτή (1851) έφθασε στα εξής συμπεράσματα :
1. Ο μεγάλος τρούλος του Ναού της Αναστάσεως μπορεί να μην ανήκει σε μια ορισμένη ομολογία, επειδή καλύπτει τόπο προσευχής.
2. Ως κάτοχοι του μικρού τρούλου αναγνωρίζονται οι Έλληνες, επειδή υπάρχουν πολλά αρχαία φιρμάνια υπέρ αυτού.
3. Παραχωρούνται στους Λατίνους ορισμένα δικαιώματα στο Ναό της Γεσθημανής, επειδή μόνοι αυτοί δεν είχαν μέχρι τώρα.
4. Ο Ναός της Βηθλεέμ, βάσει παλαιών φιρμανιών, ανήκει αποκλειστικά στους Έλληνες.
5. Το σπήλαιο παραμένει κοινό για όλες τις χριστιανικές ομολογίες.
6. Οι Λατίνοι έχουν το δικαίωμα να περνούν μόνοι τους από το Ναό της Βηθλεέμ, για να πηγαίνουν στο Ναό τους.
7. Πρέπει να διατηρηθεί το καθεστώς.
Για αποζημίωση των Ελλήνων, επειδή παραχωρήθηκε στους λατίνους το δικαίωμα λειτουργίας στον Τάφο της Παναγίας, τους ανεγνώρισε το Υπουργικό Συμβούλιο της Τουρκίας, πού καθόρισε και τα παραπάνω άρθρα, δικαίωμα λειτουργίας στο Ναό της Αναλήψεως.
Οι αποφάσεις αυτές δεν ικανοποίησαν τον πρεσβευτή της Γαλλίας, η οποίος διαμαρτυρήθηκε και ζήτησε να απουσιάσει προσωρινά. Στην απουσία του επενέβηκε ο αντιπρόσωπος της Ρωσίας και προκάλεσε υπέρ των ορθοδόξων Χάττι Σερίφ, πού επικύρωνε τις ως άνω αποφάσεις, και δήλωση του Μ. Βεζύρη για το ότι δεν θα δοθεί κλειδί της Βηθλεέμ στους Λατίνους. Το 1853 αναγνωρίστηκε το φιρμάνι (Χάττι Σερίφ) στις κοινότητες των Ιεροσολύμων, αφού προηγουμένως είχε τοποθετηθεί ο αργυρός αστέρας στη θέση του παλιού και είχε δοθεί κλειδί στους Λατίνους, χωρίς όμως κανένα δικαίωμα ιδιοκτησίας. Έτσι ικανοποιήθηκαν η Γαλλία και η Ρωσία και φάνηκε ότι έληξε το ζήτημα.
Το ζήτημα όμως των Αγίων Τόπων ανακινήθηκε εκ νέου από το Μενσικώφ, απεσταλμένο της Ρωσίας στην Τουρκία, με τις εξής αξιώσεις:
1. Να εκδοθεί φιρμάνι υπέρ των ορθοδόξων για το κλειδί του Ναού και τον αστέρα του Σπηλαίου της Βηθλεέμ, για τους κήπους της Βηθλεέμ και για τον Τάφο της Θεοτόκου
2. Να ανοικοδομήσουν αποκλειστικά οι ορθόδοξοι το Μεγάλο Τρούλο του Ναού της Αναστάσεως
3. Να γίνει ιδιαίτερη σύμβαση με τη Ρωσία, στην οποία θα καθαρίζεται αυστηρά το καθεστώς των αγίων Τόπων, η θέση των χριστιανών υπηκόων της Τουρκίας, ως προστατευομένων της Ρωσίας.
Η Πόλη εξέδωσε δύο φιρμάνια (1853), με τα οποία όριζε ότι:
1. Οι Λατίνοι κρατούν το κλειδί του Ναού της Βηθλεέμ, θυρωρός όμως παραμένει ορθόδοξος Έλληνας.
2. Οι Λατίνοι έχουν το δικαίωμα να περνούν από το Ναό
3. Δικαίωμα επί του αργυρού αστέρα έχει μόνο η Πύλη, η οποία και τον τοποθέτησε,
4. Η λειτουργία στον τάφο της Θεοτόκου γίνεται με τη σειρά
5. Η χρήση των κήπων είναι κοινή, όπως μέχρι τώρα, για τους Έλληνες και τους Λατίνους
6. Ως προς τα υπόλοιπα, παραμένει το καθεστώς ως έχει.
Με το δεύτερο φιρμάνι του ιδίου έτους (1853) δόθηκε στους ορθοδόξους Έλληνες το δικαίωμα να ανοικοδομήσουν αυτοί αποκλειστικά το μεγάλο τρούλο του Ναού της Αναστάσεως. Επειδή όμως δεν ικανοποιήθηκε η τρίτη αξίωση της Ρωσίας, η αναγνώρισή της δηλαδή ως προστάτιδας δύναμης των χριστιανών υπηκόων της οθωμανικής αυτοκρατορίας, εξεράγη ο Κριμαϊκός πόλεμος (1853), από τον οποίο η Ρωσία βγήκε ηττημένη.
Μετά τη λήξη του πολέμου, το συνέδριο των Παρισίων (1856) αναγνώρισε την Τουρκία ως μέλος των κρατών της Ευρωπαϊκής οικογένειας και όλες τις δυνάμεις ως προστάτιδες των χριστιανών υπηκόων της Τουρκίας. Ως προς το ζήτημα των Αγίων Τόπων, πού είχε γίνει αφορμή του πολέμου, αποφασίστηκε να τηρηθεί αυστηρά το καθεστώς πού καθορίστηκε πριν από τον πόλεμο. Σύμφωνα μ’ αυτό πρωτεύουσα θέση στα προσκυνήματα κατέλαβαν οι ορθόδοξοι, υποχρεωθέντες να έχουν ορισμένα προσκυνήματα κοινά με τους Λατίνους και τους Αρμενίους και να αποβάλουν τις ελπίδες για επανάκτηση ορισμένων άλλων.
Ευτύχημα υπήρξε για τους ορθοδόξους ότι υπήρξαν κάτοχοι πολλών προσκυνημάτων, ύστερα από την επανάκτησή τους με τα διατάγματα του 1757. Οι διαπληκτισμοί τόσων μεταξύ των τριών κοινοτήτων για τη διακράτηση ή την απόκτηση προσκυνημάτων ήταν αναμφισβήτητα κάτι το αντιχριστιανικό, δεν μπορούσε όμως οι ορθόδοξοι να τα παραχωρήσουν με ελαφρά τη συνείδηση στην άπληστη διάθεση των δύο άλλων κοινοτήτων. Χάρη στους αγώνες τους περισώθηκαν, όσα είχαν κατά τον καθορισμό του προσκυνηματικού καθεστώτος.
Έτσι μετά τον Κριμαϊκό πόλεμο το ζήτημα των προσκυνημάτων μπαίνει σε νέα φάση. Η θέση των τριών κοινοτήτων σ’ αυτά είναι καθορισμένη. Ενδεχόμενη αμφισβήτηση για κάποιο προσκύνημα αυτού του καθεστώτος προέκυψαν στην ακολουθούσα πεντηκονταετία μικροφιλονικίες, πού ορισμένες φορές κατέληξαν σε αιματοχυσίες. Η αγιοταφιτική αδελφότητα αγωνίστηκε στο εξής για την τήρηση του προσκυνηματικού καθεστώτος.
