Μετά την ίδρυση της Σχολής του Σταυρού από τον πατριάρχη Κύριλλο παρουσιάστηκε στην αδελφότητα η τάση αγοράς και ανάδειξης παλαιών εγκαταλελειμμένων μονών στην έρημο της Ιουδαίας και στη Γαλιλαία. Νέα μοναστηριακά κέντρα δημιουργήθηκαν στην Τιβεριάδα, στο Θαβώρ και στον Ιορδάνη ποταμό. Με προσπάθειες του Σχολάρχη Φωτίου αγοράστηκαν τότε τα ερείπια της μονής Αββά Θεοδοσίου.
Ως αποτέλεσμα της κατάσχεσης των μοναστηριακών κτημάτων της Ρουμανίας παρουσιάστηκε η τάση της αγοράς νέας κτηματικής περιουσίας. Στην τάση αυτή οφείλεται η νεότερη περιουσία της αδελφότητος. Δημιούργησε όμως διαμαρτυρίες ή μη συνετή διαχείριση της περιουσίας του πατριαρχείου από τον πατριάρχη Κύριλλο και η άρνηση του να αποδίδει λόγο για τα εισπραττόμενα και δαπανώμενα. Επίσης η άρνησή του να αποδεχθεί εσωτερικό κανονισμό ως ρυθμιστή της ζωής της αδελφότητος, κορύφωναν την εσωτερική αταξία.
Ο κανονισμός αυτός θα έδινε δύναμη στην ήδη υφισταμένη σύνοδο και θα εξασφάλιζε το μοναστηριακό σύστημα διοίκησης της εκκλησίας Ιεροσολύμων, όπως αυτό είχε διαμορφωθεί από αιώνες, σε σχέση με το προσκυνηματικό καθεστώς. Οι ζητούντες τον κανονισμό προέβηκαν στη σύνταξη 13 άρθρων, τα Οποία απέρριψαν ως φιλελεύθερα ο πατριάρχης Κύριλλος και οικουμενικός. Έτσι επήλθε η αντίθεση μεταξύ του πατριάρχη Κύριλλου και της αδελφότητας.
Την αντίθεση αυτή επίτεινε το βουλγαρικό ζήτημα, πού αναφάνηκε εν τω μεταξύ. Οι Βούλγαροι, ως γνωστό, μετά τον Κριμαϊκό πόλεμο (1854) άρχισαν να κινούνται προς την κατεύθυνση ανεξαρτητοποίησης από το οικουμενικό πατριαρχείο και δημιουργίας εθνικής Βουλγαρικής εκκλησίας. Τα κίνητρα, ως επί το πλείστον μεταξύ των βουλγαρικών αιτημάτων ήταν και η κατά το ήμισυ συμμετοχή βουλγάρων επισκόπων στη σύνοδο του οικουμενικού πατριαρχείου με τον απώτερο σκοπό τον εκβουλγαρισμό του. Και του οικουμενικού πατριαρχείου η στάση δεν ήταν ανεπηρέαστη από κίνητρα φυλετικά.
Στη μεγάλη Σύνοδο (1872) στη Κωνσταντινούπολη για την αντιμετώπιση του θέματος έλαβε μέρος ο Ιεροσολύμων Κύριλλος, διαφώνησε όμως και υποστήριξε τη βουλγαρική θέση επειδή του είχαν γίνει εν τω μεταξύ υπαινιγμοί για κατάσχεση των αγιοταφιτικών κτημάτων στη Βεσσαραβία (περιοχή της Ρωσίας σήμερα· παλιά Ουκρανία και Μολδαβία) και για ανάδειξή του Ιεροσολύμων σε οικουμενικό πατριάρχη, ύστερα από την υποκατάσταση του δευτέρου από το Βούλγαρο έξαρχο.
Η αναχώρηση του Ιεροσολύμων από την Κωνσταντινούπολη, πριν την λήψη των εργασιών της Συνόδου προκάλεσε δυσφορία κατά την άφιξή του στην Ιερουσαλήμ. Έγινε τότε σύγκληση της συνόδου και της αδελφότητος και αποφασίστηκε η καταδίκη των Βουλγαρικών ενεργειών και η αναγνώριση του βουλγαρικού σχίσματος. Το είχε κηρύξει εν τω μεταξύ η μεγάλη Σύνοδος της Κωνσταντινούπολης. Η πράξη αυτή ισοδυναμούσε με έμμεση αποκήρυξη του πατριάρχου Κύριλλου η οποία διατυπώθηκε και επίσημα ύστερα από λίγους μήνες της άρνησης του να συμφωνήσει με τα αποφασισθέντα της Συνόδου. Η Σύνοδος είχε δίκαιο να επιμένει, γιατί η στάση της εκκλησίας Ιεροσολύμων για το Βουλγαρικό ζήτημα είχε καθορισθεί συνοδικά το 1869 με συμφωνία και του πατριάρχου. Την απόφαση αυτή της Συνόδου αθέτησε ο πατριάρχης εκ των υστέρων από υπολογιστικότητα.
Όταν ο πατριάρχης απομονώθηκε και από τους στενούς συνεργάτες του, προέβηκε σε σπασμωδικές και βίαιες ενέργειες κατά της αδελφότητος. Πολιόρκησε με στρατιώτες τα μοναστήρια αναζητώντας τους πρωταιτίους αδελφούς για εξορία. Πολλοί μοναχοί κακοποιήθηκαν από τον αραβόφωνο λαό, πού εξήγειρε ο πατριάρχης. Το Δεκέμβριο του 1872 αναχώρησε τελικά για την Κωνσταντινούπολη ο πατριάρχης όπου έζησε για μια ακόμη πενταετία, χωρίς νά βαρυγκωμήσει κατά της αδελφότητος, την οποία υπηρέτησε πιστά αλλά και ταλαιπώρησε.
Ως συνέπεια της αποκήρυξης του πατριάρχη ήρθε η κατάσχεση των αγιοταφιτικών κτημάτων στην Βεσσαραβία και των Καύκασο με πρωτεργάτη τον κόμη Ιγνάτιεφ, πού επηρέαζε τον πατριάρχη και στο Βουλγαρικό ζήτημα. Από τις προσόδους αυτών των κτημάτων δόθηκε ετήσια επιχορήγηση 10.000 ρουβλίων στον πατριάρχη Κύριλλο με ενέργειες του Ιγνάτιεφ. Ο τελευταίος κατεύθυνε τον πατριάρχη στο να εξεγείρει τους αραβόφωνους, οι οποίοι επηρεαζόμενοι και από το προηγηθέν βουλγαρικό ζήτημα διέκοψαν σχέσεις προς την αδελφότητα, δεν ανεγνώρισαν τον εκλεγέντα πατριάρχη Προκόπιο Β΄ (1873-1875), διέκοψαν τις τελετές στον άγιο Ιάκωβο και την επικοινωνία τους με το Ναό της Αναστάσεως, κατέλαβαν ορισμένα μοναστήρια και ζήτησαν από την τουρκική κυβέρνηση στην Κωνσταντινούπολη νέο σύστημα διοίκησης της εκκλησίας των Ιεροσολύμων. Λόγω της κατάσχεσης των κτημάτων της Βεσσαραβίας, διακόπηκε η λειτουργία της Σχολής του Σταυρού και του νοσοκομείου. Αιματηρή συμπλοκή μεταξύ των ορθοδόξων και Λατίνων στη Βηθλεέμ επί του μη ικανού πατριάρχη Προκοπίου δεν διασάλεψε ευτυχώς το προσκυνηματικό καθεστώς.
