Μετά τη λύση του προσκυνηματικού με το διάταγμα του 1757 η αδελφότητα στράφηκε προς ανακαινιστικά έργα. Σ’ αυτό συντέλεσε και η οικονομική ευχέρεια, πού ήταν αποτέλεσμα της λύσης του προσκυνηματικού. Έτσι στα αμέσως μετά το διάταγμα χρόνια και επί πατριάρχου Παρθενίου κατασκευάστηκε κουβούκλιο του τάφου της Παναγίας, εικονοστάσι του Ναού της Βηθλεέμ και ανοικοδομήθηκε Ναός της Ναζαρέτ. Από τον πατριάρχη Παρθένιο εκπονήθηκε εσωτερικός κανονισμός της Αδελφότητος με βάση προηγουμένους κανονισμούς. Οι γενικές διατάξεις του κανονισμού αυτού απαιτούσαν από τους μοναχούς ήθος ανάλογο με την ορθόδοξη πίστη, συμμετοχή στη λατρεία, σεβασμό προς τους προεστώτες και καθόριζαν τον τρόπο λειτουργίας των διακονημάτων, τις σχέσεις των μοναχών προς τους έξω και τις ποινές για τις παραβάσεις.
Μετά την παραίτηση του Παρθενίου, εκλέχτηκε διάδοχός του Εφραίμ ο Β΄ (1766-1771), άνδρας ενάρετος και πεπαιδευμένος πού μόλις πρόλαβε να αναλάβει έρανο στη Μολδοβλαχία και να αντιμετωπίσει ορισμένα προσκυνηματικά πού δημιούργησαν οι λατίνοι. Μετά το θάνατο του στη Κωνσταντινούπολη εκλέχτηκε διάδοχός του ο Σωφρόνιος ο Ε΄ (1771-1775), ο από Πτολεμαΐδος. Επί της Πατριαρχείας του έληξε ο Ρωσοτουρκικός πόλεμος και υπογράφτηκε η συνθήκη του Κιουτσούκ Καϊναρτζή (1774), στην οποία η Τουρκία υποσχέθηκε «να προστατεύει τη χριστιανική θρησκεία και τους ναούς της και να δέχεται την επέμβαση του Ρώσου πρεσβευτή, οσάκις οι όροι της συνθήκης καταπατούνται». μ’ αυτό το άρθρο της συνθήκης αναγνωρίστηκε στο εξής η Ρωσία προστάτιδα δύναμη των χριστιανών της Ανατολής και επιτράπηκε η ελεύθερη μετάβαση των προσκυνητών στους αγίους Τόπους.
Ως διάδοχος του Σωφρονίου μετά τη μετάθεσή του στον Οικονομικό θρόνο της Κωνσταντινουπόλεως, εκλέχτηκε ο Αβράμιος (1775-1787), ο οποίος στη δωδεκαετή πατριαρχεία του ανόρθωσε με εράνους τα οικονομικά της αδελφότητος και ανεκαίνισε τον ξενώνα των προσκυνητών στην Ιόππη, μοναστήρια και ναούς των Ιεροσολύμων και μετόχια του αγίου Τάφου στη Σμύρνη και στο Βουκουρέστι. Τα μετόχια αυτά ήταν κέντρα συλλογής εράνων, αλλά και σταθμοί για τους προσκυνητές, πού μετέβαιναν από τη Ρωσία και τη Μικρασία στα Ιεροσόλυμα.
Τον Αβράμιο διαδέχτηκε ω πατριάρχης Προκόπιος για ένα μόνο έτος (1787-1788), λόγω γήρατος. την ημέρα ακριβώς της παραίτησής του εκλέχτηκε πατριάρχης ο Άνθιμος (1788-1808), διακεκριμένος κληρικός, λόγω των αρετών και της παιδείας του. Υπέρ της παιδείας εργάστηκε πολύ εκδίδοντας συγγράμματα, ενισχύοντας το κήρυγμα του θείου λόγου, συντηρώντας τις ήδη υφιστάμενες σχολές ή ιδρύοντας νέες. Σημαντικά ενίσχυσε τη Σχολή των Ιεροσολύμων, η οποία λειτουργούσε από των ημερών του πατριάρχου Παρθενίου και του διδασκάλου Ιακώβου του Πατμίου. Στις ημέρες του Ανθίμου, μετά το Ρωσοτουρκικό πόλεμο των 1787-1791, έγινε συνθήκη μεταξύ Ρωσίας και Τουρκίας και αναγνωρίστηκε πάλι η Ρωσία ως προστάτρια των χριστιανών της Ανατολής. Στα αμέσως επόμενα χρόνια, 1797-1781, έγινε η εκστρατεία του Ναπολέοντα στην Αίγυπτο. Ένα έτος αργότερα, 1799, κατέλαβε τις πόλεις της Παλαιστίνης, Γάζα, Ιόππη και Ρέμλη, χωρίς να προχωρήσει μέχρι τα Ιεροσόλυμα.
Η αναγνώριση της Ρωσίας ως προστάτριας των χριστιανών και η εισβολή του Ναπολέοντα στην Παλαιστίνη εξόργισαν τους μουσουλμάνους με αποτέλεσμα να αναλάβουν επιδρομές εναντίον των χριστιανών σε διάφορες πόλεις και κυρίως στη Ρέμλη. Κατέσφαξαν, λήστεψαν και αιχμαλώτισαν πολλούς χριστιανούς. Τους αιχμαλώτους εξαγόραζε η αδελφότητα, συντηρούσε για ένα διάστημα στα μοναστήρια των Ιεροσολύμων και κατοίκιζε ξανά στις πόλεις, από τις οποίες είχαν εκδιωχτεί. Εν τω μεταξύ ο Ναπολέοντας νίκησε μεγάλη νίκη στο Θαβώρ και κατέλαβε την Πτολεμαΐδα, αλλ’ έπειτα αναχώρησε και η Παλαιστίνη περιήλθε πάλι στους Οθωμανούς.
Ο πατριάρχης Άνθιμος αντιμετώπισε και προσκυνηματικά ζητήματα, όπως τις απόπειρες των Αρμενίων να καταλάβουν το Γολγοθά και το σπήλαιο της Βηθλεέμ και το ναό της Γεσθημανής. Απόπειρα των Λατίνων να καταλάβουν το Ναό της Γεσθημανής, είχε ως αποτέλεσμα την κατάληψη του πλησίον σπηλαίου. Το σπουδαιότερο όμως προσκυνηματικό πρόβλημα αυτή της εποχής υπήρξε η πυρπόληση του Ναού της Αναστάσεως (1808), την οποία δεν προκάλεσαν όπως λέγεται, οι Αρμένιοι. Η φωτιά άρχισε από το παρεκκλήσιο των κατηχουμένων των Αρμενίων και διαδόθηκε σ’ όλα σχεδόν τα μέρη του Ναού. Οι μοναχοί και των τριών κοινοτήτων εγκατέλειψαν το Ναό, όταν αντιλήφθηκαν ότι οι προσπάθειές τους να περιορίσουν την πυρκαγιά απέβαιναν μάταιες. Η φωτιά κατέλαβε το μολυβδένιο θόλο του ναού και τον κατέριψε. Βρίσκοντας εύφλεκτες ύλες πέρασε στα εικονοστάσια του Ναού, στο ιερό βήμα του καθολικού και στο Γολγοθά. Επί δύο ημερονύκτια μαινόταν στο Ναό και τον μετέβαλε σ’ ερείπια. Άμφια και ιερά σκεύη κατακάηκαν. Διασώθηκαν το κουβούκλιο του αγίου Τάφου και η ξύλινη πόρτα του, το σπήλαιο της εύρεσης του Τιμίου Σταυρού, το παρεκκλήσιο των κλαπών και το μεγάλο Σκευοφυλάκιο με τα κειμήλια και τα άγια λείψανα. Η είδηση της καταστροφής άργησε να φτάσει στην Κωνσταντινούπολη, όπου βρισκόταν ο πατριάρχης Άνθιμος. Όταν έφτασε, ο Άνθιμος είχε ήδη πεθάνει και τον είχε διαδεχτεί ο Πολύκαρπος (1808-1827). Έτσι η μεν καταστροφή έλαχε στον Άνθιμο, η είδηση όμως γι’ αυτή και η ανοικοδόμηση έλαχε στο διάδοχό του τον Πολύκαρπο.
Ο πατριάρχης Πολύκαρπος ανακοίνωσε τη θλιβερή είδηση της καταστροφής στους πρόκριτους του Γένους, οι οποίοι δέχτηκαν ομόφωνα να αναλάβουν το γένος των ελλήνων τις δαπάνες της ανοικοδόμησης. Συντάχτηκε αναφορά προς το σουλτάνο Μαχμούτ και υπογράφτηκε από τους πατριάρχες Κωνσταντινούπολης και Ιεροσολύμων και από αρχιερείς και πρόκριτους γένους.
Ο σουλτάνος με διάταγμα του 1809 επέτρεψε να ανοικοδομήσουν οι ορθόδοξοι τα καταστραφέντα μέρη του Ναού χωρίς καμιά προσθήκη. Αμέσως μετά στάλθηκαν πατριαρχικές εγκύκλιοι προς τους απανταχού ορθοδόξους για συνδρομή. Μυτιληναίος Αρχιτέκτονας, ο Αλέξιος ο Κομνηνός προσήλθε στον πατριάρχη στην Κωνσταντινούπολη και ζήτησε να αναλάβει δωρεάν την επιστασία της ανοικοδόμησης. Παρέλαβε μαζί του κατάλληλους τεχνίτες και οικοδομικά υλικά και ανεχώρησε για την Ιερουσαλήμ. Ορισμένα από αυτά τα υλικά κατακρατήθηκαν στο τελωνείο της Γιάφφας. Ο Κομνηνός κατασκεύασε στο πατριαρχείο νέα δίπτυχη πύλη του Ναού. Όταν επεχείρησαν οι ορθόδοξοι να την εγκαταστήσουν, οι Αρμένιοι είχαν εξεγείρει μουσουλμάνους ιθαγενείς και διασκόρπισαν τους τεχνίτες, ενώ οι Λατίνοι είχαν κατασκευάσει άλλη πύλη του Ναού και παρουσίασαν διατάγματα της κοινού ανοικοδόμησης του Ναού επί πατριάρχου Χρυσάνθου. Οι ορθόδοξοι δέχτηκαν επανεξέταση του θέματος μόνο στην Κωνσταντινούπολη, διέκοψε τις εργασίες στην πύλη και άρχισαν να εργάζονται στο Καθολικό. Επειδή οι Λατίνοι και οι Αρμένιοι δημιούργησαν επεισόδια συνεχώς, αποφάσισαν οι αρχές να εισέρχονται στο Ναό μόνο οι τεχνίτες. Έτσι την 4η Αυγούστου ο πατριαρχικός επίτροπος, Μητροπολίτης Πέτρας Μισαήλ, με άλλους αρχιερείς κατήλθαν και διάβασαν τις ευχές για θεμελίωση ναού και άρχισαν οι εργασίες από το Ιερό βήμα. Μέχρι τον Οκτώβριο είχαν ελευθερωθεί τα κατακρατηθέντα υλικά στο τελωνείο της Γιάφφας, είχαν συμπληρωθεί η ανοικοδόμηση του Καθολικού, των γύρω καμάρων και του παρεκκλησίου του Γολγοθά. Έγιναν οι απαραίτητες εγκαταστάσεις για την ανακαίνιση και του κουβουκλίου του Παναγίου Τάφου και αναμενόταν η σουλτανική έγκριση. Αντιρρήσεις είχαν οι Λατίνοι και οι Αρμένιοι, επειδή το κουβούκλιο δεν είχε καταστραφεί καίρια από την πυρκαγιά. Γι’ αυτό αρνήθηκαν να απομακρύνουν τα δικά τους ιερά αντικείμενα, παραπετάσματα και εικόνες. Οι Αρμένιοι ήγειραν δίκη κατά των Ελλήνων στην Κωνσταντινούπολη για το ότι τους αδικούν και τους αφαιρούν τα προσκυνήματα με σκοπό να τους απομακρύνουν εντελώς. η εξαμελής επιτροπή των ορθοδόξων παρουσίασε παλαιά σουλτανικά έγγραφα και απέδειξαν. Ότι μόνο αυτοί είχαν το δικαίωμα επισκευών του Ναού ήδη από την Άλωση. Η επταμελής επιτροπή των Αρμενίων παρουσίασε σουλτανικά έγγραφα, τα πρωτότυπα των οποίων δεν βρέθηκαν στα αρχεία του κράτους και διεκδίκησε συμμετοχή στην ανοικοδόμηση. Οι ορθόδοξοι απέκρουσαν την πρόταση και παρουσίασαν έγγραφα, πού φανέρωνε ότι η μονή του αγίου Ιακώβου ήταν δική τους και την έλαβαν οι Αρμένιοι με ενοίκιο. Τότε οι δικαστικές αρχές έφεραν σε συμβιβασμό τις δύο επιτροπές, προτείνοντας να κρατήσουν οι Αρμένιοι χωρίς ενοίκιο τη μονή του αγίου Ιακώβου, εφ’ όσον από πολλά έτη οι ορθόδοξοι είχαν παραιτηθεί του δικαιώματος του ενοικίου και να επισκευάσουν το Ναό μόνοι τους οι ορθόδοξοι με την υποχρέωση να επιστρέψουν μετά τις επισκευές στους Αρμενίους τους δικούς τους χώρους και τα εκκλησιαστικά τους αντικείμενα, πού καταγράφτηκαν με λεπτομέρεια.
Με ενέργειες του αραβομαθούς, βοηθού του δραγουμάνου, Προκοπίου Αράπογλου αποκρούστηκαν οι αντιδράσεις των Αρμενίων και των Λατίνων για ανακαίνιση του κουβουκλίου. Τον Οκτώβριο του 1809 απομακρύνθηκαν τα ιερά τους σκεύη, γκρεμίστηκε το κουβούκλιο και φάνηκε το σπήλαιο του αγίου Τάφου, αποτελούμενο από μονόλιθο. Μεγάλες ταραχές προκλήθηκαν από τους Λατίνους και τους Αρμενίους. Οι ορθόδοξοι διχάστηκαν προς στιγμή, γιατί άλλοι ήθελαν να χρησιμοποιηθεί η κόκκινη πέτρα, πού είχε αποκοπεί από τους βράχους της Μονής του Σταυρού και άλλοι τα μάρμαρα, πού είχαν αποσπάσει από την Κωνσταντινούπολη. Τελικά επικράτησε η πρώτη γνώμη και άρχισαν οι εργασίες. εμπόδια παρεμβλήθηκαν και από τους Κόπτες, πού ζήτησαν να χτιστεί εκ νέου το παρεκκλήσιό τους πίσω από τον άγιο Τάφο. Το έχτισαν οι ορθόδοξοι με μικρότερες διαστάσεις από το προηγούμενο, για να μην ενοχλεί στις λιτανείες. Στο τέλος του Νοεμβρίου ήταν έτοιμο το καθολικό και άρχιζε η θεμελίωση του εικονοστασίου.
Οι εργασίες προχώρησαν κανονικά μέχρι τις 17 Δεκεμβρίου του έτους αυτού, οπότε εξεγέρθηκαν οι Γενίτσαροι των Ιεροσολύμων, επειδή ο πασάς της Δαμασκού τους είχε βγάλει από τα τείχη, ύστερα από την απόφαση του σουλτάνου Μαχμούτ να διαλύσει το τάγμα τους και να το αντικαταστήσει με τακτικό στρατό. Προκειμένου να εκβιάσουν τους ορθοδόξους να πείσουν τον πασά να τους επαναφέρει μέσα στα τείχη αντί των στρατιωτών, κατέλαβαν το Ναό της Αναστάσεως, διεσκόρπισαν τους εργάτες, σκότωσαν ορισμένους, έσπασαν μάρμαρα και κολώνες τις ορθομαρμαρώσεις, καταλήστεψαν τα κελιά των μοναχών και στη συνέχεια ήρθαν στο κεντρικό μοναστήρι ζητώντας να συλλάβουν και να φονεύσουν τους σημαίνοντες αδελφούς, οι οποίοι τελικά διασώθηκαν σε υπόγεια, στέρνες ή σ’ αραβικές οικογένειες εντός και εκτός των Ιεροσολύμων. Μετά το κεντρικό κατέλαβαν και άλλα μοναστήρια των Ιεροσολύμων και εγκαταστάθηκαν οριστικά στο Ναό της Αναστάσεως. Οι μοναχοί εξαγόρασαν ορισμένα από τα κλαπέντα αντικείμενα και ζήτησαν προθεσμία, για να μεσολαβήσουν στον πασά της Δαμασκού. Εν των μεταξύ όμως (Ιανουάριος 1810) εισήλθε τουρκικός στρατός στην Ιερουσαλήμ και διέλυσε τελειωτικά τους Γενίτσαρους.
Μετά τη λήξη του γεγονότος αυτού οι εργασίες συνεχίστηκαν, αλλά οι Αρμένιοι υπέβαλαν νέες ενστάσεις κατά των ορθοδόξων, στην Κωνσταντινούπολη, προκειμένου να επισκευάσουν τους εξιδιασμένους τους χώρους μόνοι εκείνοι, και να τους κοινούς χώρους του κοινού, επικαλούμενοι το προηγούμενο της από κοινού επισκευής επί πατριάρχου Χρυσάνθου. Το φιρμάνι του Σουλεϊμάν προς τον πατριάρχη Γερμανό για το ότι το δικαίωμα ανακαινίσεως στο Ναό έχουν μόνο οι ορθόδοξοι δε λήφθηκε υπόψη από τις τουρκικές δικαστικές αρχές, γιατί έκλιναν προς το μέρος των Αρμενίων και πίεζαν τους ορθοδόξους να δεχτούν τις προτάσεις τους.
Οι ορθόδοξοι δεν είχαν άλλη λύση από την επίσπευση των εργασιών, προτού να εκδοθεί η δικαστική απόφαση. Αυτό και έγινε, οπότε το Μάρτιο του 1810 ήταν συμπληρωμένη η ανοικοδόμηση του κουβουκλίου με τη χαρακτηριστική επιγραφή «κτήμα και αφιέρωμα τω Χριστώ των ορθοδόξων Ρωμαίων ΙΛΙ» στη βάση και με την εξής επιγραφή πάνω από την πύλη «Ανωκοδομήθη το Κουβούκλιο του Παναγίου Τάφου, όλον εκ θεμελίου δι’ ελέους των ορθοδόξων Ρωμαίων επί της πατριαρχείας κ.κ. πολυκάρπου εν έτει αωι΄ κατά μήνα Μάρτιον». Ταυτόχρονα έληξαν οι εργασίες γύρω από το κουβούκλιο. Στη βάση της βασιλικής καμάρας έγραψε ο Κομνηνός «Ρωμαίοι ορθόδοξοι κτήτορες του αγίου Τάφου αωι.»
Τον Αύγουστο έληξαν οι εργασίες του καθολικού, όπως φαίνεται από τις επιγραφές «Οι αναστήσαντές με το γένος των Ρωμαίων… ανέστησαν εκ του πτώματος εις ό βλέπετέ με κάλλος επί της πατριαρχείας κ.κ. Πολυκάρπου αωι΄ κατά μήνα Αύγουστον. Κατακέκρυμαι εν έτει σωτηρίω αωη΄ Σεπτεμβρίου 30 ημέρα δ΄ ώρα 10 της νυκτός. Άρξατο η ανακαίνισίς μου εν έτει αωθ΄ επιτροπεύοντος Πέτρου Μισαήλ τη δ΄ Αυγούστου και δ΄ της εβδομάδος. Συγχρόνως έληξαν οι εργασίες στην Εύρεση του τιμίου Σταυρού και το Γολγοθά. Το Σεπτέμβριο του 1810 είχε λήξει κάθε εργασία της ανοικοδόμησης του Ναού, πού ήταν θαύμα της πίστεως των ορθοδόξων.
