Τα Χριστούγεννα του 1099 προέβηκαν οι σταυροφόροι στην εκλογή και ενθρόνιση Λατίνου Πατριάρχη των Ιεροσολύμων, ο οποίος είχα αποσταλεί από τη Ρώμη ως παπικός λεγάτος (απεσταλμένος, Πρεσβευτής). Αυτό τον τίτλο έφερε στα πρώτα έτη μετά την άλωση, ίσως από τον φόβο επειδή ζούσε ακόμη ο ορθόδοξος Πατριάρχης των Ιεροσολύμων Συμεών, πού πέθανε το 1106. Ο πρώτος αυτός λατίνος πατριάρχης ονομαζόταν Δαϊβέρτος. Εξορίστηκε από το διάδοχο του Γοδεφρείγου, βασιλιά Βαλδουΐνο, επειδή ήθελε να εξουσιάζει των Ιεροσολύμων και της Ιόππης.
Μετά απ’ αυτόν χρημάτισαν Πατριάρχες διάφοροι λατίνοι, πού έρχονταν σε προστριβές με τις πολιτικές αρχές, επειδή ήθελαν να έχουν και κοσμική εξουσία, και με το λατινικό πατριαρχείο της Αντιόχειας, επειδή διασάλεψαν τα παλαιά ενοριακά όρια πού είχε χαράξει η Δ΄ Οικουμενική Σύνοδος. Επεξέτειναν δη. κανονικές μητροπόλεις του πατριαρχείου Ιεροσολύμων και σε μητροπόλεις του θρόνου Αντιοχείας, όπως π.χ. της Τύρου, Βυρηττού, Σιδώνας, Πανειάδας κ.α. Ορισμένες επισκοπές όπως π.χ. της Γάζας, αφέθηκαν στους Ορθοδόξους.
Μετά πάροδο ολίγων ετών οι Σταυροφόροι αντικατέστησαν την Αγιοταφίτικη Αδελφότητα, πού διέμενε τώρα στο Ναό της Αναστάσεως και τελούσε σ’ αυτόν τις ακολουθίες, με λατινικό αγιοταφίτικο τάγμα, του οποίου ο ηγούμενος ήταν ανεξάρτητος από το λατίνο Πατριάρχη και πρώτος μετά απ’ αυτόν. Ο τίτλος του ήταν (Dei Gratia prior Dominici Sepulchri) Χάριν του θεού ηγούμενος του Τάφου του Δεσπότου. Σταδιακά κατέλαβαν και άλλα μοναστήρια εντός και εκτός των Ιεροσολύμων, όπως της Σιών, του Όρους των Ελαιών, της Αγίας Άννας, της Βηθανίας, της Μονής του Σταυρού, οι αμπελώνες παραχωρήθηκαν στους Λατίνους μοναχούς του Αγίου Τάφου. Ορισμένα από τα κατασχεθέντα παραχωρούσαν στους Ιακωβίτες, εφ’ όσον υποτάσσονταν, διοικητικά σ’ αυτούς. Ιακωβίτες ονομάστηκαν, οι μονοφυσίτες ιθαγενείς της Συρίας από τον αναδιοργανωτή της αίρεσης τους Ιάκωβο.
Ενώ στους πρώτους σταυροφοριακούς χρόνους ελάχιστοι τόποι αφέθηκαν στους ορθοδόξους, στους μεταγενέστερους αυξήθηκαν. Οδοιπορικά της εποχής των σταυροφόρων αναφέρουν ως ελληνικό το ναό της ευρέσεως του Τιμίου Σταυρού. Πριν από τον άγιο Τάφο ιδιαίτερη Αγία Τράπεζα των ορθοδόξων. Μετά την αφαίρεση του Πατριαρχείου κέντρο των ορθοδόξων έγινε το μετόχι της λαύρας του Αγίου Σάββα παρά τον πύργο του Δαυίδ. Εκεί διέμενε και ο ηγούμενος της λαύρας, πού κατά την απουσία του πατριάρχη αναγνωρίζονταν και από τους Λατίνους αντιπροσώπους της Ορθόδοξης Εκκλησίας. Η ορθόδοξοι διατήρησαν τη μονή της Μεγάλης Παναγίας εντός της Ιερουσαλήμ και εκτός αυτής τα μοναστήρια του Χοζεβά, του Προδρόμου και του Καλαμώνα παρά τον Ιορδάνη, του Αγίου Θεοδοσίου, Σάββα, Ευθυμίου, Χαρίτωνα, και του Όρους Θαβώρ. Τη μονή Σταυρού διατήρησαν οι ορθόδοξοι Ίβηρες. Σώζονται στην Ιερουσαλήμ και Σιναϊτική βιβλιοθήκη χειρόγραφα της εποχής αυτής πού αντιγράφονταν σ’ αυτά τα μοναστήρια.
Αναφορικά με τη λατρεία, έχουμε πληροφορίες, ότι στο Ναό της Αναστάσεως προσεύχονταν ορισμένες φορές από κοινού Λατίνοι και ορθόδοξοι επειδή είχαν παρέλθει πολλοί χρόνοι από το σχίσμα (1054) και δεν είχαν διακοπεί τελείως η εκκλησιαστική επικοινωνία. Σ’ αυτές τις περιπτώσεις αναγινώσκονταν τα αναγνώσματα πρώτα στη λατινική, έπειτα στην ελληνική και τέλος στην αραβική για τους αραβόφωνους ορθόδοξους, τους οποίους οι χρονογράφοι αποκαλούν Σύρους ή Συριάνους. Οι αραβόφωνοι αυτοί, Έλληνες ή Άραβες στην καταγωγή, υπάγονταν σ’ ορθόδοξους επισκόπους άρχοντες. Ορισμένοι απ’ αυτούς έδειχναν ζήλο προς τα γράμματα, όπως δείχνουν χειρόγραφα της βιβλιοθήκης, μάλλον δε από τότε, συνάγονταν για την τέλεση των ακολουθιών στο Ναό του Αγίου Ιακώβου, πού είχε ιδρυθεί επί αραβοκρατίας. Λεπτομέρειες των ακολουθιών και ιδιαίτερα της Μεγάλης Εβδομάδος μας παρέχει το Τυπικό του Ναού της Αναστάσεως γραμμένο από τον Ιεροσολυμίτη μοναχό Βασίλειο το 1122. Απ’ αυτόν και από άλλες πηγές γνωρίζουμε ότι ετελείτο τότε η τελετή του Αγίου Φωτός.
Οι πατριάρχες Ιεροσολύμων επί των σταυροφόρων διέμεναν, ως επί το πλείστον, στην Κωνσταντινούπολη, ενώ Βυζαντινοί αυτοκράτορες είχαν στην Ιερουσαλήμ αντιπρόσωπο με τον τίτλο Κριτού της Αγίας Πόλεως και Σκευοφύλακας της Αγίας Χριστού του Θεού ημών Αναστάσεως, επειδή δεν επιτρεπόταν στους ορθοδόξους να εκλέξουν σκευοφύλακα. Ο Πατριάρχης Ιωάννης Θ΄ Μερκουρόπουλος (1156) είναι ο συγγραφέας του βίου του Δαμασκηνού και Κοσμά του Μελωδού.
