Μετά την αποχώρηση των σταυροφόρων από την Παλαιστίνη, η εξουσία περιήλθε στους Μαμελούκους σουλτάνους της Αιγύπτου. Η δυναστεία αυτή κράτησε ευνοϊκή στάση απέναντι των Ιουδαίων των Ιεροσολύμων, γι’ αυτό και στην περίοδο αυτή συνέρευσαν πολλοί Ιουδαίοι προσκυνητές. η στάση της ήταν σκληρή κυρίως έναντι των χριστιανών της δύσεως όμως και της Ανατολής. Η προσέλευση χριστιανών προσκυνητών δεν εμποδίζονταν, επιβλήθηκε όμως φόρος εισόδου στο Ναό της Αναστάσεως και τοποθετήθηκαν φρουροί στην πύλη του.
Τους χριστιανούς ευνοούσε η ανάγκη των Μαμελούκων να διέρχονται τα στενά του Βοσπόρου και του Ελλησπόντου για στρατολογία στον Καύκασο. Ήταν στην καταγωγή Κιρκάσιοι, Τσερκέζοι, και πατρίδα τους ήταν η περιοχή του Καυκάσου. Ήταν γι’ αυτό αναγκασμένοι να διατηρούν καλές σχέσεις με τους Βυζαντινούς αυτοκράτορες και τους Ίβηρες (Γεωργιανούς) μοναχούς, πού είχαν ως κέντρο τους τη Μονή του Σταυρού. Οι δύο αυτοί μεσολάβησαν πολλές φορές στους Μαμελούκους υπέρ των χριστιανών. Τούς βυζαντινούς μάλιστα αυτοκράτορες αναγνώριζαν ως φυσικούς προστάτες των αγίων Τόπων με δικαίωμα επικύρωσης της εκλογής των πατριαρχών.
Και οι ίδιοι οι Μαμελούκοι σουλτάνοι σ’ ορισμένες περιπτώσεις χορηγούσαν στους ορθοδόξους πατριάρχες βεράτιο (σουλτανικό διάταγμα πού επικυρώνει την εκλογή των πατριαρχών, ή μητροπολιτών, ή παραχωρεί προνόμια σε άτομο ή και σ’ εθνική ολότητα). Για την κυριότητα επί των προσκυνημάτων εξέδιδαν τα Χοτζέτια (έγγραφοι έγκυροι τίτλοι ιδιοκτησίας ακινήτων). Τη εποχή αυτή εκτός από τους ορθοδόξους μοναχούς υπήρχαν και λατίνοι, τους οποίους, πλην των φραγκισκανών, απομάκρυναν οι Μαμελούκοι το 1309.
Από τους πατριάρχες των Ιεροσολύμων του ιδ΄ αιώνα πρέπει να μνημονευθεί ο πατριάρχης Λάζαρος (1335-1368) για την αγιότητα του βίου του και για τα βασανιστήρια πού υπέστη από το σουλτάνο Σαλαχ ελ δίν, ίμπν ελ Νάσερ, προκειμένου να αρνηθεί το Χριστό. Επειδή σ’ αυτό το διωγμό δεν καταδιώχτηκαν οι Κόπτες, ως Αιγύπτιοι μεσολάβησε ο Κόπτης Πατριάρχης Αλεξάνδρειας και αποφυλακίστηκε ο πατριάρχης Λάζαρος. Όταν επέστρεψε στην Ιερουσαλήμ, τιμήθηκε από την εκκλησία ως ομολογητής. Επί της πατριαρχείας του γνωρίζουμε ότι εγκαταστάθηκαν 12 φραγκισκανοί μοναχοί στην Σιών, επί του τόπου, όπου ο Χριστός μετά την ανάσταση ψηλαφίστηκε από το Θωμά, και τους παραχωρήθηκε δικαίωμα προσευχής στον ναό της Αναστάσεως, επί του χώρου, όπου φυλάσσεται τμήμα της κολώνας, στην οποία, κατά την παράδοση, δέθηκε ο Κύριος και φραγγελώθηκε. Αυτό έγινε μετά από παράκληση του πάπα Κλήμεντα, στον αυτοκράτορα Ιωάννη Κατακουζηνό, ο οποίος παρέπεμψε το θέμα στον πατριάρχη Λάζαρο.
Στα πρακτικά της Συνόδου του 1368 στην Κωνσταντινούπολη για την κατοχύρωση των γνωμών του Γρηγορίου του Παλαμά και την αναγραφή του ονόματος του στο ημερολόγιο της εκκλησίας ως αγίου, φέρεται υπογεγραμμένος «Λάζαρος ελέω Θεού πατριάρχης Ιεροσολύμων, Αγίας Σιών, πάσης Παλαιστίνης, Συρίας, Αραβίας, πέραν του Ιορδάνου και Κανά της Γαλιλαίας». Έχουμε άρα μια ιστορική μαρτυρία του ιδ΄ αιώνα για τη σημερινή φήμη των πατριαρχών Ιεροσολύμων. Το ιδ΄ αιώνα αποκτούν δικαιώματα στα προσκυνήματα με τη βοήθεια των Μαμελούκων οι οπαδοί του μονοφυσιτικού δόγματος Συριάνοι, Κόπτες και Αβυσινοί. Ως βοηθοί εμφανίζονται οι Ίβηρες (Γεωργιανοί) μοναχοί, πού είχαν εγκατασταθεί από τον ιδ΄ αιώνα κ. εξ. ανέδειξαν ως κέντρο τους τη Μονή του Σταυρού και του Αγίου Ιακώβου, του Ζεβεδαίου, πού αργότερα κατέλαβαν οι Αρμένιοι. Εκεί μετέφραζαν ελληνικά χειρόγραφα στην γεωργιανή γλώσσα. Στις αρχές του ιδ΄ αιώνα εγκαταστάθηκαν στην Ιερουσαλήμ και Σέρβοι μοναχοί με κέντρο τους τη μονή των Αρχαγγέλων και του αγίου Σάββα.
Επί της δυναστείας των Μαμελούκων ο πατριάρχης Ιεροσολύμων Δωρόθεος Α΄ (1376-1417), αγιορείτης και αγιοσαββίτης, γίνεται υποκινητής και υποστηρικτής πνευματικής κίνησης στα Ιεροσόλυμα. Το κελί του, πού ήταν πάνω από το ναό του Αγίου Ιακώβου, γίνεται κέντρο αντιγραφής χειρογράφων είτε από τον ίδιο από λόγιους άντρες πού εκείνος υποστήριζε. Αυτοί ήταν ελληνόφωνοι, πού γνώριζαν την αραβική ή αραβόφωνοι πού γνώριζαν την Ελληνική. Αρκετά από τα τότε αναγραφέντα χειρόγραφα σώζονται στη Μεγάλη Ιεροσολυμητική βιβλιοθήκη. Το 1417 παραιτήθηκε υπέρ του υιού του (υποτακτικού του Θεοφίλου Β΄).
