Η Τρίτη ή νέα περίοδος της ιστορίας εκκλησίας Ιεροσολύμων αρχίζει το 1517 με την κατάλυση του κράτους των Μαμελούκων από τον Τούρκο Σουλτάνο Σελήμ τον Α΄, ο οποίος με επίσημο έγγραφο αναγνώρισε την κυριότητα των ορθοδόξων στα προσκυνήματα, και ελευθερία στην τέλεση των θρησκευτικών καθηκόντων.
Το έγγραφο αυτό σώζεται μεταφρασμένο στον Γ΄ τόμο του έργου του Αθανασίου Παπαδοπούλου-Κεραμέως, «Ανάλεκτα Ιεροσολυμιτικής σταχυολογίας». (Ανάλεκτα συλλογή άρθρων, μελετών, διατριβών επί διαφόρων θεμάτων από ένα συγγραφέα. Παράγεται από το ρήμα αναλέγω, συναθροίζω, συλλέγω, μαζώνω, σταχυολογία-σταχυολόγημα, η πράξη της συλλογής των σταχιών του σιταριού). Στο έγγραφο αυτό λέγεται ότι «μετά από αίτηση του πατριάρχου των Ρωμαίων Δωροθέου του Β΄ Αττάλα (1506-37) πρόσταξε ο Σελήμ ο Α΄ να εξουσιάζουν οι Ρωμαίοι την αποκαθήλωση, τάς δύο καμάρας του Γολγοθά και τας επτά, αι οποίαι κείνται επί του τόπου του λεγομένου της δεσποίνης Μαρίας, το μέσον της Μεγάλης Εκκλησίας, ήτοι το καθολικόν, τον Τάφο και τον κουμπέ, την εν τοις Πατριαρχείοις εκκλησίαν της Αγίας Ελένης και της Αγίας Θέκλας, το μνημείο της Δεσποίνης Μαρίας, το εν Βηθλεέμ σπήλαιον, και ο πατριάρχης των Ρωμαίων να πρωτεύει πασών των φυλών».
Βλέπουμε λοιπόν να δημιουργούνται ευνοϊκότερες συνθήκες με την έναρξη της Τουρκικής κατάκτησης. Ταυτόχρονα όμως άρχισαν να προσλάβουν την κυριότητα και τα προνόμια των ορθοδόξων οι άλλες χριστιανικές κοινότητες και να αμφισβητούν την παρουσία τους και τους αγώνες τους στους προηγούμενους ακόμη αιώνες. Οι ορθόδοξοι αγωνίστηκαν και τώρα, όχι για να επιβάλλουν σαν έθνος ελληνικό τον εαυτό τους στη Αγία γή, αλλά επειδή στη γή αυτή θεωρούσαν απαραίτητη την παρουσία της ορθοδοξίας, της ορθής δηλαδή γνώμης, πίστης, λατρείας του αληθινού. Πίστευαν ότι οι τόσοι αγώνες στην περίοδο της Αραβοκρατίας, των Σταυροφοριών και των Μαμελούκων δικαιολογούσαν και απαιτούσαν την συνέχιση της παρουσίας τους και τώρα. Δεν θέλησαν να έχουν μονοπώλιο των προσκυνημάτων, γι’ αυτό και βλέπουμε και τις άλλες κοινότητες να αποκτούν σ΄αυτή την περίοδο δικαιώματα σ’ αυτά, ούτε και επέτρεψαν όμως να παραγκωνιστούν. Με την προοπτική αυτή αντιμετωπίζουν στο εξής τα προσκυνηματικά προβλήματα, πού γίνονται υπόθεση του γένους ολόκληρου.
Οι προσκυνητές συρρέουν και πάλι ελεύθερα, οργανώνονται αδελφάτα, υπέρ του αγίου τάφου και οικογένειες ή κοινότητες ολόκληρες γράφονται σαν συνδρομητές. Στέλνονταν χρήματα για ανακαινίσεις, αναθήματα για τους ναούς, δωρίζονται μετόχια και μοναστήρια και πολλές φορές οι πατριάρχες οι ίδιοι περιοδεύουν για εράνους υπέρ των Αγίων Τόπων.
Σ’ αυτή την εποχή και επί του σουλτάνου Σουλεϊμάν του μεγαλοπρεπούς διώχτηκαν οι φραγκισκανοί μοναχοί από τη Σιών και ο ναός τους μεταβλήθηκε σε τέμενος. Ο ίδιος ο σουλτάνος, προκειμένου να χτίσει τα σημερινά τείχη των Ιεροσολύμων (1542) κατακρήμνισε τους τοίχους της μονής του Αγίου Προδρόμου, πού είναι κοντά στον ξενώνα της Ευδοκίας, και προκειμένου να επισκευάσει το Χάραμ Σερίφ, έλαβε την ορθομαρμάρωση του ναού της Βηθλεέμ. Ο ίδιος επίσης εγκατέστησε φύλακες μουσουλμάνου στην πύλη του Ναού της Αναστάσεως, πού μέχρι σήμερα έχουν κληρονομικά το δικαίωμα να ανοίγουν και να κλείνουν το ναό με πληρωμή.
Σ’ αυτή την εποχή πατριάρχης Ιεροσολύμων μετά το Δωρόθεο έγινε ο Γεράσιμος (1537-1579) πρώην ηγούμενος της μονής του αγίου Σάββα και συντελεστής νέας ζωής στην εκκλησία Ιεροσολύμων. Σ’ αυτόν οφείλεται η αναδιοργάνωση της Αγιοταφιτικής Αδελφότητος και η στενή συνένωση της με το Πατριαρχείο.
Ο πατριάρχης ανέλαβε καθήκοντα ηγουμένου στην αδελφότητα και η αδελφότητα ανέλαβε ποιμαντορικά καθήκοντα έναντι του ποιμνίου, την κάλυψη δηλαδή πνευματικών και υλικών αναγκών: συντήρηση του κλήρου, ίδρυση ναών, σχολείων και νοσοκομείων. Μέλη της αδελφότητας, επίσκοποι ή ηγούμενοι, στέλνονταν στις επαρχίες για την τέλεση του ποιμαντικού έργου. Μ’ αυτό τον τρόπο παύει η αδελφότητα να έχει αποκλειστικό της έργο τη διαφύλαξη των προσκυνημάτων. Εκτός απ’ αυτό έχει την φροντίδα του ποιμνίου με κεφαλή τον Πατριάρχη. Δεν είναι πλέον μόνο μία μοναστική αδελφότητα αλλά και ποιμαίνουσα εκκλησία.
Με την ένωση αυτή ισχυροποιήθηκαν οι δυνάμεις και των δύο, πατριαρχείου και αδελφότητος, και αντιμετωπίστηκε επιτυχέστερα ο προσηλυτισμός, πού επακολούθησε από τους Λατίνους. Αν δεν συνέβαινε αυτό, πιθανόν να μην υπήρχαν σήμερα ορθόδοξοι στην Παλαιστίνη και η αδελφότητα θα ήταν μια μονή απλώς, όπως π.χ. του Σινά, πού μοναδικό της έργο θα ήταν η φύλαξη των προσκυνημάτων.
Μετά την εκλογή του ο ίδιος ο Γεράσιμος, μετέβηκε για ποιμαντικό έργο πέραν του Ιορδάνου. Όταν τέλειωσε το έργο εκείνο, ανέλαβε ταξίδι στην Κωνσταντινούπολη 91537). Εκεί κατόρθωσε να αποσπάσει φιρμάνι (σουλτανικό διάταγμα) από το Σουλεϊμάν το Μεγαλοπρεπή, το οποίο (φιρμάνι) επικύρωνε όλα τα δικαιώματα, πού είχε παραχώρησε στον Πατριάρχη Δωρόθεο (Αττάλα) ο σουλτάνος πατέρας του Σελήμ ο Α΄. Ονομαστικά αναφέρονται όλα τα προσκυνήματα και μοναστήρια, πού είναι υπό την κατοχή των Ρωμαίων, υπόκεινται των Πατριάρχη οι Χαμπέσιοι και οι Κόπται και όλα τα αφιερώματα των αποθνησκόντων καλογήρων και Μητροπολιτών και Επισκόπων και καλογραιών, τα κατάλοιπα να παραλαμβάνει ο Πατριάρχης. “Οι Πατριάρχαι των ρωμαίων να πρωτεύωσι και να προετεύωσι των άλλων φυλών».
Κατά την παραμονή του στην Κωνσταντινούπολη καθόρισε τις σχέσεις, πού μέχρι σήμερα επικρατούν, μεταξύ πατριαρχείου Ιεροσολύμων και αρχιεπισκοπής Σιναίου. Διευθέτησε επίσης το θέμα της υπαγωγής των Σέρβων μοναχών στον πατριάρχη Ιεροσολύμων. Το 18ο αιώνα Σέρβοι μοναχοί κατείχαν τη μονή του αγίου Σάββα, με μετόχι τους στα Ιεροσόλυμα τη μονή των Αρχαγγέλων. Ανέλαβε επίσης ο πατριάρχης έρανο υπέρ του Αγίου Τάφου, μάλιστα μέχρι και τη Ρωσία, με τη βοήθεια του εκεί ευρισκομένου μοναχού Μαξίμου του Γραικού ή του Έλληνα για μετάφραση και διόρθωση λειτουργικών και γενικά εκκλησιαστικών βιβλίων. Μετά τη λήξη της αποστολής του επέστρεψε στα Ιεροσόλυμα ο Πατριάρχης Γερμανός, μετέβηκε όμως και για δεύτερη φορά το 1545 για την έκδοση φιρμανίου του Ναού της Αναστάσεως, πού είχε βλαφθεί από σεισμό του έτους εκείνου. Ο μεταξύ του Αγίου Ιακώβου και των 40 μαρτύρων Ναός και τμήμα του καμπαναριού είχαν καταπέσει τότε.
Επί του πατριάρχου Γερμανού αρχίζει το προσκυνηματικό ζήτημα: Με διάφορους τρόπους είχαν προσπαθήσει και προηγουμένως οι Λατίνοι να αποκτήσουν δικαιώματα στα προσκυνήματα. Θα είχαν περισσότερα ερείσματα για τούτο αν αποκτούσαν οπαδούς από τον ορθόδοξο λαό. Οι ορθόδοξοι αντιδρούσαν, γιατί η πράξη αυτή αντίκειται στους κανόνες της εκκλησίας. Εφ’ όσον ο λαός αυτός είχε κατηχηθεί εδώ και αιώνες, είχε βαπτιστεί, γνώριζε και ζούσε το Χριστιανισμό σαν ορθοδοξία, κάθε προσπάθεια των Λατίνων ήταν όχι ιεραποστολή αλλά προσηλυτισμός. Πραγματικά με τη μέθοδο αυτή απέσπασαν το 1550 δύο ορθοδόξους εργάτες και σχημάτισαν την πρώτη Λατινική κοινότητα στη Βηθλεέμ. Σ’ αυτούς προστέθηκε αργότερα ένας τρίτος, γιός ορθοδόξου ιερέα. Πάντως οι τρεις πρώτες γενεές της λατινικής κοινότητας στη Βηθλεέμ ήταν προβαφτισμένοι ορθόδοξοι, πού προσχώρησαν στο ρωμαιοκαθολικισμό, και μόλις η τέταρτη γενιά βαφτίστηκε κανονικά από Λατίνους ιερείς.
Μόλις το 1558 οι Λατίνοι κατέλαβαν τμήμα του Γολγοθά από τους Έλληνες και τους Ίβηρες και μόλις το 1559 οι Φραγκισκανοί μοναχοί κατέλαβαν από τους Ίβηρες, πού βρίσκονταν σε παρακμή, τη Μονή του Σωτήρος (St. Salvator), όπου και κατοικούν μέχρι σήμερα. Το 1565 άρπαξαν με δόλο το σπήλαιο της Γεννήσεως και τα κλειδιά των πυλών, τα οποία είχε εμπιστευθεί ο έλληνας μοναχός στο Λατίνο, προκειμένου να μεταβεί στα Ιεροσόλυμα για τον εορτασμό του Πάσχα. Με τη δικαστική οδό απέσπασε ο πατριάρχης Γερμανός τα κλειδιά της νότιας μόνο πύλης, τι δικαίωμα λιτανείας στο σπήλαιο τρεις φορές το έτος, καθώς και τη Μονή του αγίου Γεωργίου, πού είχαν καταλάβει προηγουμένως οι Λατίνοι.
Κατά των προσκυνηματικών αυτών αντιξοοτήτων και κατά των οικονομικών δυσχερειών της αδελφότητος προσπαθούσε ο πατριάρχης Γεράσιμος να ανταπεξέλθει είτε με τους εράνους πού ανελάμβανε είτε ο ίδιος προσωπικά, είτε οι μοναχοί πού εκείνος απέστελλε σε περιοδείες. Το 1561, μετά την αποπεράτωση των επισκευών του Ναού της Αναστάσεως, επισκεύασε το Ναό και το Μοναστήρι της Βηθλεέμ. Το 1569 απέστειλε για έρανο δύο μοναχούς «εξάρχους και δούλους του Αγίου Τάφου» με εγκύκλιο γράμμα για όλο το ορθόδοξο γένος. Αποσπάσματα του γράμματος αυτού φανερώνουν την τότε επικρατούσα κατάσταση: «Γινώσκετε όσα πάσχομεν, ότι και αυτόν τον άρτον μετά δακρύων πολλών εσθίομεν, ότι εις αυτόν τον Θεοβάδιστον Ναόν ου δυνάμεθα εισελθείν, ει μη μετά κόπων πολλών χλευασμένοι και υβρισμένοι και ότι πολλάκις τυπτομένους ημάς έλκουσιν άκοντας έσωθεν. Ελεήσατε ίνα ελεηθήτε». Μπορούμε να υποθέσουμε από την επιστολή ότι τον άγιο Τάφο το 1574 είχαν καταλάβει οι λατίνοι και για το ζήτημα αυτό μετέβηκε για Τρίτη φορά στην Κωνσταντινούπολη ο Γερμανός.
Λίγα όμως έτη αργότερα (1579) αισθάνθηκε τις δυνάμεις του να τον εγκαταλείπουν και υπερβαίνοντας την ανθρώπινη αδυναμία του εγωϊσμού και της εξουσίας, αποφάσισε να προετοιμάσει τον διάδοχό του. Αφού τον ανεκοίνωσε στους προύχοντες του ορθοδόξου λαού, συνήλθαν οι παρευθέντες επίσκοποι «και έγραψαν εις τρία φύλλα ονόματα τρία και τη δεύτερη ημέρα έθηκαν αυτά εν τη αγία Τραπέζη και ελειτούργησαν και μετά την απόλυσιν εισήγαγον παιδίον εις το Άγιο Βήμα και έφεραν έξω εν τω τριών φύλλων και έτυχε να είναι το όνομα του πάπα Σωφρονίου γεγραμμένον και πάντες ηθέλησαν αυτώ (τον ενέκριναν) και ο πατριάρχης Γερμανός» ο οποίος ζήτησε να έχει στο εξής ισόβια την επαρχία Λύδδας και Ρέμλης, να διακυβερνάται από το νέο πατριάρχη Σωφρόνιο και να θωρείται απ’ αυτόν σαν πατέρας. Με το σύνδεσμο πατριαρχείου και αδελφότητας, με το σύνδεσμο του Αγίου Τάφου και ορθοδόξου Γένους, με τους αγώνες για τα προσκυνήματα έγινε αληθινά ο Γερμανός συνεχιστής της ιστορίας της εκκλησίας Ιεροσολύμων.
