Μετά το θάνατο του Ωριγένη και του Αγίου Αλεξάνδρου στις φυλακές της Τύρου το 251, Επίσκοπος Ιεροσολύμων γίνεται ο Μαζαβάνης. Ακολουθούν ο Υμέναιος, ο Ζάμβδας και ο Ερμών. Αυτοί επισκοπεύουν από το 251 μέχρι το 312 περίπου, πού είναι και περίοδος μεγάλων διωγμών για την εκκλησία της Παλαιστίνης. Πολλοί χριστιανοί αρνούνται την πίστη τους. Αυτοί λέγονται οι πεσόντες, επειδή εκπίπτουν της πίστεως από φόβο η ανάγκη. Τοπική σύνοδος στην Αντιόχεια εξετάζει, αν πρέπει να γίνουν δεκτοί ξανά στους κόλπους της Εκκλησίας. Από τα πρακτικά αυτής της συνόδου αλλά και άλλων συνόδων βλέπουμε ότι ο Επίσκοπος Ιεροσολύμων ή της Αιλίας αρχίζει να παίρνει τιμητική θέση. Την ονομασία «COLONIA» AELIA CAPITOLINA. Είχε δώσει στην Ιερουσαλήμ το 130 ο αυτοκράτορας Αδριανός Αίλιος.

Το 303 ξεσπάει ο διωγμός του Διοκλητιανού με πρώτο θύμα στην Καισάρεια τον Μεγαλομάρτυρα Προκόπιο, που αποκεφαλίζεται, επειδή ομολογεί ότι ένας Θεός υπάρχει και αρνείται να θυσιάσει στα είδωλα. Κι’ άλλοι χριστιανοί οδηγούνται στα βασανιστήρια. Ορισμένοι έχουν θάρρος, άλλοι όμως δειλιάζουν. Με αφορμή αυτή την δειλία, οι ειδωλολάτρες απολύουν και τους ομολογητές ακόμη, ορισμένους μάλιστα ακρωτηριασμένους, κατηγορώντας τους ψευδώς ότι τελευταία στιγμή υπέκυψαν. Στην Καισάρεια ο Τιμόθεος, ο Αγάπιος και η Θέκλα στη Γάζα.

Τον Διοκλητιανό διαδέχτηκε το 305 ο Γαλέριος (305-311). Ο διωγμός συνεχίζεται σφοδρότερος. Πρώτος μάρτυρας είναι ο Απφιόν μαθητής του εκκλησιαστικού ιστορικού Ευσεβίου. Κατακαίεται στα άκρα και ρίπτεται ύστερα στην θάλασσα της Καισαρείας, επειδή προσπάθησε να αποτρέψει τον διοικητή να θυσιάσει στα είδωλα. Ακολουθεί ο μάρτυρας Αγάπιος στην Καισάρεια, πού ρίπτεται στα θηρία αντί για κάποιο εθνικό δούλο, προκειμένου να διασκεδάσει τα πλήθη. Βασανιστήρια υφίσταται και ρίπτεται στην θάλασσα της Καισαρείας η μάρτυς Θεοδοσία, την ημέρα του Πάσχα 2 Απριλίου του 307. Πολλοί αποστέλλονται σε μεταλλεία χαλκού, μεταξύ των οποίων και ο επίσκοπος Γάζης Σιλβανός. Φυλακίζεται ο ιερός Παμφίλιος, διδάσκαλος του Ευσεβίου, πρεσβύτερος στην εκκλησία της Καισαρείας, ιδρυτής της εκεί βιβλιοθήκης, συνεχιστής και συντηρητής του έργου του Ωριγένη. Έγραψε απολογία υπέρ του Ωριγένη, αλλά δε σώθηκε, όπως δε σώθηκε και η δική του βιογραφία από τον μαθητή του Ευσέβιο. Μετά από νηστεία και προσευχή στις φυλακές αποκεφαλίζεται το 310.

Από το 308 και εξής ο διωγμός συνεχίζεται με μεγαλύτερη σφοδρότητα. Χριστιανοί περιφέρονται στους δρόμους και χλευάζονται. Τα σώματα των μαρτύρων παραμένουν άταφα και γίνονται βορά των θηρίων. Πολλούς μάρτυρες αποκτάει η εκκλησία από την Ασκάλωνα, τη Γάζα, την Ελευθερούπολη. Από την Ιερουσαλήμ μαρτυρεί ο διάκονος Ουάλης, που γνώριζε από στήθους την Αγία Γραφή. Ακολουθεί ο Πορφύριος, απελευθερωθείς δούλος του Πάμφιλου. Την ημέρα που ο Πάμφιλος μαρτύρησε στην Καισάρεια, βρήκαν μαρτυρικό θάνατο και άλλοι 12 χριστιανοί.

Ένας από αυτούς ο Θεόδουλος, υπηρέτης του διοικητού της Καισαρείας Φιρμιλιανού, πού είχε εκτελέσει τα περισσότερα μαρτύρια υπέστη σταυρικό θάνατο. Τελευταίοι μάρτυρες, που επισφραγίζουν την ιστορία των μαρτύρων της Παλαιστίνης, είναι ο Αδριανός και ο Εύβουλος το 310 την ημέρα του εορτασμού της θεάς Τύχης στο αμφιθέατρο της Καισαρείας.

Οι διωγμοί συνεχίζονται μέχρι το 312 οπότε ο Χριστιανισμός αφήνεται ελεύθερος. Επίσκοπος Ιεροσολύμων ήταν ακόμη ο Ερμών.