Η δ΄ Οικουμενική Σύνοδο, όπως είδαμε, διατύπωσε το Χριστολογικό δόγμα, ότι δηλαδή «υπάρχουν δύο φύσεις σ’ ένα και το αυτό πρόσωπο, σε μία υπόσταση του Ιησού Χριστού». Κατά της αποφάσεως αυτής τάχτηκαν οι μονοφυσίτες μοναχοί της Αιγύπτου και Συρίας, κατηγορώντας τη Δ΄ οικουμενική Σύνοδο σαν νεστοριανίζουσα, ότι δηλαδή επικύρωσε το δόγμα του Νεστορίου «για δύο Χριστούς, δύο Υιούς, δύο πρόσωπα εν τω Θεό Λόγο». Αυτοί δε μπορούσαν να κάμουν διάκριση μεταξύ φύσεως και προσώπου, αλλά ταύτιζαν φύση και πρόσωπο. Τις γνώμες αυτές διέδωσε κάποιος Αιγύπτιος μοναχός Θεοδόσιος, επιστρέφοντας από την Χαλκηδόνα στην Ιερουσαλήμ, με την υποστήριξη των μονοφυσιτών μοναχών της Παλαιστίνης, πλην του αγίου Ευθυμίου, κατόρθωσε να διώξει τον Ιουβενάλιο, να γίνει εκείνος Πατριάρχης Ιεροσολύμων, να αντικαταστήσει τους ορθοδόξους επισκόπους της Παλαιστίνης με μονοφυσίτες και να αναγκάσει το λαό να ασπαστεί το μονοφυσιτισμό. Στις ενέργειες αυτές τον βοήθησε η Ευδοκία, σύζυγος του Θεοδοσίου του Β΄, από αντίδραση στην αυτοκράτειρα Πουλχερία, σύζυγο του αυτοκράτορα Μαρκιανού, πού έστειλε εν τέλει στρατεύματα στην Ιερουσαλήμ, για να αποκαταστήσουν την τάξη στην εκκλησία. Τότε ο Θεοδόσιος κατέφυγε στο Σινά, κι’ ο Ιουβενάλιος ανέλαβε το θρόνο του. Συγκάλεσε έπειτα τοπική Σύνοδο στα Ιεροσόλυμα (453), για να αναγνωρίσουν κι’ επίσημα τις αποφάσεις της Δ΄ Οικουμενική Σύνοδο. Η Ευδοκία μεταπείστηκε από τον Συμεών τον Στυλίτη και τον άγιο Ευθύμιο να απορρίψει τον μονοφυσιτισμό.
Μετά την αποκατάσταση της ορθοδοξίας ιδρύθηκε από τον Μαρκιανό και την Πουλχερία ο ναός της Κοιμήσεως της Θεοτόκου στη Γεσθημανή κι’ εισήχθη στο εορτολόγιο της Εκκλησίας Ιεροσολύμων, από τον Ιουβενάλιο, η γιορτή των Χριστουγέννων (25 Δεκεμβρίου), πού επεκράτησε οριστικά τον ζ΄ αιώνα.
Το 467 πέθανε ο άγιος Θεόκτιστος κι’ ο διάδοχος του αγίου Ιουβεναλίου, ο Πατριάρχης Ιεροσολύμων Αναστάσιος παρακάλεσε τον άγιο Ευθύμιο να αναλάβει την επιστασία του κοινοβίου. Τότε ο άγιος Ευθύμιος ανέθεσε την ηγουμενία στον αδελφό του Ασπεβέτου, μοναχό Μάρη, κι’ εκείνος, ανέλαβε την πνευματική καθοδήγηση των μοναχών. Διατήρησε στην μονή του το λαυρεωτικό σύστημα (δηλ. αναχωρητική μοναχική ζωή) κι όσους προσέρχονταν να μονάσουν, έστελνε πρώτα στα κοινόβια του αγίου Θεοκτίστου και του αγίου Γερασίμου, για να προγυμναστούν.
Ο άγιος Γεράσιμος καταγόταν από την Λυκία, ήρθε στους Αγίους Τόπους το 451 και μόνασε σ’ αναχωρητήριο κοντά στη Νεκρά Θάλασσα. ¨όταν με την μεσολάβηση του αγίου Ευθυμίου αρνήθηκε τον μονοφυσιτισμό, ίδρυσε στις όχθες του Ιορδάνη «Λαύρα» και στο μέσο της «Κοινόβιο», γνωστό με την ονομασία «Μονή Καλαμώνος» ή Λαύρα Αγίου Γερασίμου. Συνασκητή του είχε τον άγιο Κυριακό, πού καταγόταν από την Κόρινθο κι’ είχε σταλεί για προκαταρκτική δοκιμασία στο κοινόβιο του, από τον άγιο Ευθύμιο, μετά την προσκύνηση των Αγίων Τόπων. Το 473 κοιμήθηκε ο Άγιος Ευθύμιος. Το σπήλαιο, πού ασκήτευε μεταβλήθηκε σε ναό από τον Πατριάρχη Ιεροσολύμων Αναστάσιο και εκεί τοποθετήθηκε το λείψανό του. Στις αθόρυβες ενέργειές του οφείλεται η πρώτη παύση των μονοφυσιτικών ταραχών στην εκκλησία Ιεροσολύμων. Λίγα έτη αργότερα (457) κοιμήθηκε κι’ ο άγιος Γεράσιμος.
Οι μονοφυσιτικές ταραχές επαναλήφθηκαν στην Ιερουσαλήμ, όταν ο ΒΑΣΙΛΙΚΟΣ άρπαξε τον αυτοκρατορικό θρόνο και εξέδωσε «Εγκύκλιο» (476) κατά της Δ΄ Οικουμενική Σύνοδο. Με την ευκαιρία αυτή επαναστάτησαν και οι Σαμαρείτες, αλλά η επανάστασή τους απαγορεύθηκε να ανεβαίνουν στο Όρος Γαριζίν, επί του οποίου αργότερα ο αυτοκράτορας ΖΗΝΩΝΑΣ έκτισε ναό της Θεοτόκου.